主塔内的守卫更加精锐，他们穿着重型暗物质战甲，手持大型暗物质武器，战斗力极强。队员们依靠灵活的战术和默契的配合，与守卫展开激战。绿星人的空间法师释放空间禁锢术，限制守卫的行动；七域的龙族战士用龙晶能量攻击战甲的弱点；星尘精灵的弓箭手发射带有生命能量的箭矢，穿透暗物质防御。经过半个小时的血战，队员们终于杀到了顶层，来到能量核心所在的房间。
房间中央是一个巨大的球形能量核心，直径约十米，表面覆盖着无数暗物质能量线，连接着周围的仪器。核心内部闪烁着黑色的光芒，散发着令人心悸的能量波动，超级人造黑洞的雏形已经在核心内部形成，不断吞噬着周围的能量。几名暗影联盟的科学家正在疯狂地操作仪器，试图加快超级黑洞的形成。
“阻止他们！” 绿星人首领大喊着，队员们立刻向科学家发起攻击。科学家们虽然没有战斗力，但他们启动了核心的防御系统，房间四周的墙壁上伸出无数暗物质能量炮，向队员们开火。一名队员躲闪不及，被能量炮击中，隐形作战服瞬间被摧毁，身体被暗物质能量侵蚀，倒在地上失去了生命体征。
“为了宇宙和平！” 队员们怒吼着，不顾伤亡地向能量核心冲去。绿星人首领拿出最后一枚空间坍缩弹，设定好时间后，奋力扔向能量核心。但一名暗影联盟科学家启动了能量屏障，挡住了炸弹的去路。“炸开屏障！” 绿星人首领大喊，队员们集中火力攻击屏障，屏障表面的光芒不断闪烁，出现了裂痕。
就在炸弹即将爆炸的瞬间，屏障被炸开一个缺口，炸弹准确地击中了能量核心。巨大的爆炸产生强烈的空间坍缩效应，能量核心被坍缩成一个小点，然后发生剧烈的能量爆炸，超级人造黑洞的雏形被彻底摧毁。研发基地开始剧烈坍塌，绿星人首领立刻下令：“撤退！通过空间桥梁撤离！”
队员们迅速向预定的撤离点跑去，星尘精灵的空间法师早已在那里搭建好了空间桥梁。当最后一名队员穿过桥梁时，整个研发基地在爆炸中化为灰烬。突击组成功完成了任务，但也付出了惨重的代价，五十名队员永远留在了暗能星系。
与此同时，第三阶段的战斗在暗能星系外围激烈进行。凌风带领的主力舰队与暗影联盟的主力舰队展开了大规模的太空战。暗影联盟的舰队虽然数量少于同盟舰队，但他们的战舰配备了先进的暗物质武器，战斗力极强。暗物质主炮的光束击中同盟战舰的能量护盾，护盾瞬间就会出现裂痕，几轮攻击就能摧毁一艘战舰。
“集中火力攻击敌舰的引擎！” 凌风发现暗影联盟战舰的弱点，通过通讯器向各舰队下达命令，“他们的暗物质武器威力大，但引擎防御薄弱，是他们的致命伤！”
同盟舰队立刻调整战术，集中火力攻击敌舰的引擎。绿星人的空间舰队利用空间跳跃技术，不断在敌舰周围穿梭，发射空间鱼雷；七域的舰队则组成防御阵型，用改进后的能量护盾抵挡暗物质主炮的攻击，同时用反暗物质武器进行反击；星尘精灵的舰队释放出大量的空间无人机，干扰敌舰的瞄准系统。
战斗进行得异常激烈，双方的战舰不断被摧毁，爆炸产生的光芒在星空中此起彼伏。凌风所在的 “星尘号” 战舰成为了暗影联盟的重点攻击目标，数十艘敌舰围攻 “星尘号”，战舰的能量护盾在暗物质主炮的攻击下不断闪烁，随时可能崩溃。
“启动星尘防护罩！” 凌风下令，“星尘号” 舰身上的能量晶体同时亮起，释放出一道绿色的能量防护罩，这是结合了星尘精灵生命能量和七域时空能量的新型防护罩，能有效抵御暗物质能量的侵蚀。星尘防护罩成功挡住了敌舰的攻击，为 “星尘号” 争取了喘息之机。
“反击！主炮充能，瞄准敌舰指挥舰！” 凌风抓住机会，下令 “星尘号” 主炮充能。主炮聚集起强大的时空能量，发射出一道绿色的能量光束，准确击中了暗影联盟指挥舰的引擎。指挥舰失去动力，在星空中漂浮，暗影联盟的舰队失去了指挥，陷入了混乱。
“同盟舰队，全面反击！” 凌风大喊着，同盟舰队趁势发起猛攻，摧毁了大量的敌舰。暗影联盟舰队见大势已去，开始撤退，但同盟舰队紧追不舍，将大部分撤退的敌舰摧毁在暗能星系外围。
当突击组通过空间桥梁返回主力舰队时，战斗已经基本结束。绿星人首领向凌风汇报了摧毁超级黑洞研发基地的经过，当听到有队员牺牲时，凌风沉默了片刻，然后严肃地说道：“他们的牺牲是值得的，他们拯救了整个宇宙。我们会永远记住他们的名字，将他们的精神传承下去。”
战斗结束后，宇宙防御同盟的舰队在暗能星系展开了清理工作，摧毁了暗影联盟残余的军事设施和能量采集站，释放了被囚禁的各个星系的生灵。绿星人首领带领族人返回了绿星星系，开始重建家园。七域联盟则在暗能星系建立了永久的前哨站，防止暗影联盟死灰复燃。
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