吴又可知道，抗疫的第一步，必须摸清底细，而人口最密集、流动性最大、也最容易爆发大规模疫情的地方，莫过于军营！他立刻带着皇帝的手谕和几名随从，马不停蹄地赶往了京营所在的校场。
英国公张世泽和甲子营提督董琦早已接到旨意，在此等候。张世泽虽然表面上对这位皇帝新任命的“吴太保”毕恭毕敬，但眼神中却难掩一丝疑虑和审视。在他看来，将如此重要的抗疫大权，交给一个名不见经传的“江湖游医”，实在有些儿戏。但他还是按照吴又可的要求，如实汇报了各营的疫情状况。
情况比吴又可预想的还要严峻！虽然张世泽整顿后的老京营和周经武带来的神武军，因为纪律相对严明、且有独立营区，疫情尚算轻微。但董琦负责的、由大量流民和囚犯组成的甲子营，以及刚刚成立的幼军营，因为人员混杂、居住拥挤、卫生条件差，已经成了瘟疫爆发的重灾区！“什么？！甲子营和幼军营加起来，已经死了近百人了？！” 吴又可闻报大惊失色！
“情况万分紧急！” 吴又可当机立断，对着张世泽和董琦下达了命令，语气不容置疑，“必须立刻对甲子营和幼军营进行最严格的隔离！所有病患立刻转移到临时设立的隔离营区！所有死亡士卒的尸体，立刻拉到城外集中焚烧！所有营区，每日必须用石灰、艾草进行消毒！此事关乎京师安危，更关乎皇宫安危！绝不容许疫情从军营蔓延开来！英国公，董提督，本官需要你们立刻调集人手，全力配合！”
张世泽看着眼前这个貌不惊人、却语气坚决、条理清晰的“江湖游医”，虽然心中仍有疑虑，但对方手持尚方宝剑般的皇权，又言之凿凿，他也只能拱手领命：“下官……遵命！”
一场由吴又可主导，以雷霆手段推行的抗疫之战，首先在京师的军营中，艰难地打响了。
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