星涡塔的重建接近尾声时，黑袍人发动了第一次大规模袭击。他率领暗裔议会的成员，在大陆各处制造时空乱流。北境的星涡塔被卷入异次元空间，塔身的法则阵图在不同维度中扭曲变形；南境的塔则遭遇深渊领主的围攻，镇守海眼的玄龟被混沌力量腐化，掀起吞噬一切的黑色海啸。林茗天不得不将混沌尘埃的力量分散到各座塔中，却发现自己的力量正在被某种未知存在缓慢吸收。
苏璃在寻找星象塔的途中，遭遇了神秘的“时间旅者”。这些人来自不同的时空，他们警告苏璃，试图改变星轨的行为将引发更严重的后果。其中一位来自未来的旅者展示了一段记忆：当人们成功偏移星轨后，原初之暗并没有被阻止，反而以更恐怖的形态降临，整个宇宙开始逆向坍缩。但苏璃坚信，一定存在第三条道路。
叶灵霜和洛璃在银面会城堡的核心区域，发现了被囚禁的鸿蒙本源碎片。这些碎片正在被一种名为“混沌熔炉”的装置炼化，一旦融合完成，永夜之主将提前苏醒。她们在解救碎片的过程中，遭遇了银面会首领的阻拦。首领摘下银色面具，露出的竟是林茗天的面容——但那双眼睛中，跳动着属于原初之暗的幽紫色火焰。
“欢迎来到真相的核心。”假林茗天的声音像是从多个维度同时传来，“林茗天不过是原初之暗选定的容器之一，而我，才是真正的觉醒者。”他随手一挥，空间中裂开无数缝隙，从中走出的，是各个时空被腐化的林茗天，他们的装扮和力量各不相同，却都散发着令人绝望的气息。
陆离在关键时刻赶到，他用概率操控能力扰乱了假林茗天的攻击轨迹。但他的力量消耗过大，开始出现身体崩溃的迹象。盲眼琴师不知何时出现在他身边，将一把古朴的琴递给他：“试试用音乐引导概率，就像我们第一次相遇时那样。”陆离轻抚琴弦，琴声化作金色的概率波纹，与假林茗天的混沌力量碰撞，产生了奇异的中和效果。
林茗天在抵御黑袍人的攻击时，体内的鸿蒙本源突然产生共鸣。他看到了千年前的真相：第一批星涡守护者确实发现了原初之暗的威胁，但他们最终选择献祭自己，将原初之暗的意识封印在鸿蒙本源中。而现在，随着本源碎片的散落，封印正在松动。他必须在成为容器之前，找到彻底摧毁原初之暗的方法。
苏璃与时间旅者们达成协议，他们共同启动了“星轨修复计划”。这个计划需要在特定的时间节点，利用六大宗门的镇派之宝，在星空中绘制出古老的封印阵图。但他们面临着两难抉择：一旦成功，现有的时空秩序可能会被彻底颠覆；若失败，原初之暗将吞噬一切。在准备过程中，苏璃发现时间旅者中也存在内鬼，他们试图破坏计划，让原初之暗提前降临。
叶灵霜、洛璃和陆离与假林茗天的战斗进入白热化。假林茗天召唤出了“永夜之主”的投影，投影所到之处，所有的法则都被抹除，只剩下纯粹的虚无。叶灵霜将冰渊混沌剑与洛璃的梦境之力、陆离的概率之音融合，创造出能够短暂凝固虚无的“永恒之刻”。在这一刻，她们终于击碎了假林茗天的防御，救出了被囚禁的鸿蒙本源碎片。
黑袍人在察觉到银面会的失败后，发动了最后的杀招。他打开了深渊与混沌海之间的所有通道，无数混沌古兽与深渊魔物涌入大陆。这些怪物的身体结构完全违背现有法则，有的古兽拥有无数个心脏，每次被摧毁一个就能分裂成两个；有的魔物能够将攻击转化为对自身的治愈。六大宗门的防线在怪物的冲击下摇摇欲坠。
林茗天在战斗中逐渐被原初之暗的意识侵蚀，他的时间法则开始失控，所到之处，时间时而加速，时而倒流。叶灵霜在关键时刻赶到，她将自己的冰系法则与林茗天的时间法则强行融合，创造出“时冰领域”。在这个领域中，时间的流动被冰层封印，他们终于有机会将混沌尘埃注入黑袍人的体内。
经过惨烈的战斗，黑袍人被击败，但他在消散前大笑道：“你们以为这就是结束？原初之暗的意识已经渗透到每个鸿蒙本源碎片中，包括你们手中的！”果然，被救出的鸿蒙本源碎片开始黑化，它们相互吸引，在空中组成了原初之暗的巨大虚影。
苏璃带领时间旅者们完成了星轨修复计划。当镇派之宝的光芒照亮星空时，整个宇宙产生了剧烈的震荡。时空开始回溯与重组，那些被混沌侵蚀的区域逐渐恢复，但同时，一些新的平行时空也在诞生。在时空震荡的过程中，众人看到了无数种可能的未来，有的美好，有的绝望。
林茗天在时冰领域中，与原初之暗的意识展开了最后的较量。他发现，要彻底摧毁原初之暗，不能依靠单纯的力量对抗，而需要理解其本质。他将自己的意识融入鸿蒙本源，在混沌与秩序的夹缝中，看到了宇宙诞生的瞬间——原初之暗并非邪恶，而是宇宙重启的必要力量，当秩序走向僵化，它就会出现，将一切归零。
叶灵霜感受到林茗天意识的变化，她选择相信他的判断。两人将所有的鸿蒙本源碎片融合，创造出全新的“混沌秩序之核”。这个核心既包含了原初之暗的毁灭之力，也拥有秩序法则的重建之力。他们将核心注入星涡塔，新的塔不再是单纯的防御工事，而是成为了维持宇宙平衡的枢纽。
战后的大陆百废待兴，但新的问题也随之而来。那些在混沌裂隙中诞生的新物种，开始争夺生存空间；不同平行时空的生物偶尔会穿越到主世界，引发混乱；更重要的是，随着原初之暗的秘密被揭开，一些势力开始觊觎混沌秩序之核的力量。
林茗天和叶灵霜决定成立“宇宙平衡司”，负责维护各个维度的稳定。苏璃带着时间旅者们继续守护星轨，防止类似的危机再次发生；陆离和盲眼琴师走遍大陆，用音乐安抚那些被混沌力量影响的心灵；洛璃则建立了梦境学院，教导人们如何解读和掌控梦境中的预言。
然而，在宇宙的某个角落，一双巨大的眼睛正在苏醒。这双眼睛不属于混沌海，也不属于原初之暗，它的存在超越了现有的认知。当它睁开的那一刻，整个多元宇宙都产生了共鸣。新的危机，正在黑暗中悄然酝酿。
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