伐清檄文由教育学博士李存真亲自撰写，其中最为引人注目的文字就是：驱除鞑虏，蓄发汉服，恢复华夏，再造神州。
李军兵分两路，一路由马逢知、韩代虎、熊柏通率领战兵两万北上攻打通州和海门。主力则由李存真率领，攻打苏州府。十月十三日，通州、海门相继被攻克，崇明北面威胁被解除，马逢知率兵南下与李存真汇合。初十，常熟攻克。十万李军兵锋直抵苏州城下。
十万人攻打苏州气势惊人。苏州知府早就吓傻了，一面哆哆嗦嗦地向江宁和浙江求救，一面组织防御。听说李存真爱钱，打算缴纳赎城费，一开口就是一百万两，结果遭到拒绝。
对于苏州城李存真等人早就研究透了。仅仅用了五天，到了十五日，李存真使用城墙爆破法，攻破苏州。苏州知府无奈自尽。李存真采取此前张煌言大军秋毫无犯，争取民心的政策，使苏州府全部归附。
李存真夺取苏州的目的是引诱清军江南主力西进争夺苏州，自己率水师跳跃式进攻，直抵瓜州，然而郎廷佐等人十分保守打死不出江宁，导致李存真声东击西的计谋没有得逞。根据常琨的情报，清军此时正朝南京集结。二十日，李存真不顾清军在江宁集结，回头率军东进，攻打松江府，松江府绿营五百人及三千团勇归降，李军兵不血刃拿下松江。
二十二日，李存真率领主力北上，越过常州直接攻打瓜州。清军的长江水师三百多战船前来阻挡，可惜全是小船，被李军连轰带撞击沉了两百多艘，其余逃散。
自从蒋国柱被革职，朱国治成为江南巡抚后就打算重建瓜州水城，用铁索拦江。正是这个朱国治导致郎廷佐没有办法再遵守与李存真之间的协议，当然，他本来也没打算严格遵守。当朱国治继任巡抚之后，郎廷佐就把协议抛之脑后。朱国治是铁杆的满清走狗，靠着撕咬汉人同胞上位，虽然他想重建水城和水师。但是，郎廷佐和蒋国柱已经把钱全花光了，朱国治不得不征收重税，特别是搜刮大户，这样一来他又被冠以“朱扒皮”的外号。顺治十七年的三月份以来，许多工匠都被崇明吸引去做工，导致朱国治人手不足，时间也过于仓促。水城和铁索没有建立起来。李存真率领军舰冲到瓜州城外开炮乱轰，夹板船上的四十八镑火炮大显神威。
顺治十七年十月二十九日，瓜州投降。十一月五日，李存真率军兵临镇江城下。镇江在两年内已经被反复攻陷多次，这一次不要说镇江的百姓，就连绿营也大多认为镇江是守不住的，只有江宁才是安全的。十一月六日，绿营借口增援江宁出逃，镇江开城投降，镇江光复。一个月，李军势如破竹，连破三府，特别是攻克苏州当为大事，兵力由最初的十二万发展到十五万人。江南再次震动。
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