在玄武湖改造期间，孙长青表现积极，在刘洪谟等人的影响下逐渐意识到自己曾经的“反动”性质，表示要洗心革面从新做人。为此，文笔不错的孙长青写了很多文章“揭露满清罪行”和“满清军官反动本质”而受到嘉奖。但是，这个时候明李和满清的坐天山大战正进行得如火如荼，孙长青没有赶上最好的立功机会。
劳动改造结束后，孙长青加入明军成为了把总，三个月后在萨哈林的居间之下进入南京讲武堂学习两个月。后来孙长青参加了明李讨伐江西的战役，由于表现突出被提拔为千总部宣教官，进攻长沙的作战中孙长青表现优异被提拔为千总。
可能是因为经历相似吧，马得功特别看重孙长青并引为知己。
此时的神策军只能算是明李军队中的乙种部队，其中一个主要原因便是军官不足。旧军官改造速度很慢，一时半会无法下放到部队；南京讲武堂的学生迟迟不毕业，短期培训的学生无法胜任把总以上官职；长林军的建设又分走了不少军官，因此马得功不得不面临无人可用的窘境。在这种情况之下，马得功便提议由孙长青代理第一团团长的职务。这立刻便得到关盛年的同意，报给南京也得到了批复。
此时的孙长青正站在青草堆西面上坡上，拿着一只单筒千里镜往山下望去。他已经打退了清军第一次进攻。他没有沾沾自喜，因为他知道这是一次试探性的进攻，更猛烈的冲击还在后面。
从孙长青的角度看过去，清军这一波次的两队之间距离拉开得很大。更后面的清军正在整队。由于从山上往山下看，有一些视觉死角，因此后面有多少人他也不太清楚。但是孙长青认为，人少不了。
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