美中不足的便是国姓爷郑成功的死亡。李存真使劲了浑身解数，可郑成功还是在西元1662年，农历五月初八病故。神医张安也没有挽救他的性命。
郑成功是民族英雄不假，但也是海盗和商人，他和他的父亲，同属民族英雄的郑芝龙是十七世纪大航海时代的中国代表。同样也代表了资产阶级。如果非要按照马圣人的社会发展五阶段论来看的话，郑家父子无疑是所有反抗清军势力当中最先进的，因为他们代表资产阶级也代表东方的海洋文明和海洋战略。
郑家父子的抗清活动其实应该属于一场“资产阶级”革命，也就是资本壮大之后打算控制国家的企图，只是这场“革命”被扼杀了。明郑的灭亡不仅是汉人的悲剧，历史的悲剧，更是中国的悲剧。新兴的资产阶级成了明朝迷惘的陪葬品。
李存真横空出世，改变了很多东西。在郑家这里，他阻止了明郑数名大将被满清擒杀，阻止了黄梧挖郑家祖坟，阻止了满清迁界禁海。但是李存真没有办法阻止苏克萨哈杀郑芝龙泄愤，更没有办法让郑经正经一些，不要和自己的乳娘乱来，生下郑克臧。也没有能力像给南洋十三太保、杨家姐弟、张一鸣得人当教师爷一样，改变郑成功的性格。派去了神医张安也挽救不了郑成功的性命。
更何况，郑成功极有可能是被人下毒害死的，李存真虽然来之后世却并不清楚来龙去脉，如何防范？
而郑成功的个人悲剧正是其性格使然。郑成功本就残忍好杀，近乎暴虐。占领台湾之后，刚愎自用、果于杀戮的毛病愈演愈烈。文官稍有微故就被全家杀掉，凶暴如此，最后逼得亲儿子郑经与金厦军民联手拒命，将之孤立于台湾。导致其在久盼金厦音讯未果的绝望和悲愤中气急身亡。即便是遭人下毒也是因为郑成功太过狠辣，下毒者为求自保而已。
纵观国姓爷的一生，为了狭隘的私利多次不顾抗清大局，但收复台湾毕竟使汉家衣冠在这个海外孤岛又延续了二十年。他为抗清练出了一支强大的军队，即使在他逝世后，郑氏军队的战力仍保持了相当长的时间。
南明吴王二年，李存真在洪武门小广场上抱着甘辉痛哭失声，是高兴还是难过，其中滋味自有人知。
吴王三年，当初没有和甘辉一同北上的明郑猛将周全斌因为与洪旭不和，恐回台遭不测，便在三月来到厦门投靠明李，这一来又带来了四千多兵，一百三十三艘战舰。
此前，也就是在甘辉到达南京之前，郑鸣骏、郑缵绪和郑袭便率领万余精兵，一千六百多官员，近七百艘战舰投奔明李。
国姓爷郑成功的死让李存真坐收渔翁之利。李存真心道：世事不由吾辈！国姓爷啊，没有想到厦门一别竟是永别，我还以为能够和你一起恢复中国，驰骋大海，开疆拓土，为我华夏开拓生存空间，构筑一段历史佳话呢！没想到这个愿望永远无法实现了。但是，你放心吧，革命事业吾辈必将继续。
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