初元元年（公元前48年）
春天正月辛丑日，汉宣帝被安葬在杜陵，朝廷大赦天下。
三月丙午日，汉元帝立王氏为皇后，封皇后的父亲王禁为阳平侯。
朝廷把三辅、太常、郡国公田以及可以节省的皇家园林拿出来，帮助贫民发展生产；对财产不满千钱的贫民，借给他们种子和粮食。
汉元帝封外祖父平恩戴侯许广汉同胞弟弟的儿子、中常侍许嘉为平恩侯。
夏天六月，因为百姓中发生瘟疫，汉元帝下令太官减少膳食，裁减乐府的人员，减少皇家园林中的马匹，用来救济贫困的百姓。
秋天九月，关东十一个郡和封国发大水，发生饥荒，甚至出现人吃人的现象，朝廷调运附近郡的钱粮来进行救助。
汉元帝早就听说琅邪人王吉、贡禹都精通经学且品行高洁，就派使者去征召他们。王吉在途中生病去世。贡禹到京后，被任命为谏大夫。汉元帝多次虚心地向贡禹询问政事，贡禹上奏说：“古代的君主很节俭，只征收十分之一的税，没有其他的赋税和徭役，所以百姓家庭富足。高祖、孝文、孝景皇帝时，宫女不过十几人，马厩里的马不过一百多匹。但后世的君主争着奢侈，而且越来越严重，臣下也跟着效仿。我觉得要像远古时代那样很难，不过应该稍微效仿古代来自我节制。如今宫殿已经建成，没办法改变了，其他方面都可以减少花费。以前齐地负责制作宫廷服饰的三服官，进贡的衣物不过十竹箱；现在齐地的三服官，每个部门有几千名工匠，一年的花费高达数万金，马厩里吃粮食的马将近一万匹。汉武帝的时候，又选了几千名美女充实后宫。等到他去世，陪葬了大量的金钱、财物，还有鸟兽、鱼鳖等共一百九十种；还把很多宫女安置在陵园守陵。到孝宣皇帝的时候，陛下忌讳提这些事，群臣也就沿袭旧例，这实在让人痛心啊！所以使得天下人都跟着这种风气，娶妻都大大超过限度，诸侯的妻妾有的多达几百人，富豪官吏和百姓家养歌女的也有几十人，这样就导致宫内有很多哀怨的女子，宫外有很多单身的男子。而且普通百姓埋葬死者，也都是把地上的财物大量埋入地下。这些过错都是从上面产生的，大臣们因循旧例也有责任。希望陛下能深入了解古代的做法，选择节俭的方式。大幅度减少皇帝使用的车马服饰和器物，减掉三分之二；挑选后宫贤能的女子，留下二十人，其余的都送回家，各个陵园中没有子女的宫女，也应该全部遣散；马厩里的马不要超过几十匹，只保留长安城南的园林作为打猎的场所就行。如今天下发生饥荒，难道不应该大力自我减损来拯救百姓，顺应天意吗？上天降生圣人，是为了万民，而不只是让圣人自己享乐的。”汉元帝认为他的话很好并采纳，下诏让那些很少去的宫殿馆舍不要再修缮；太仆减少马匹的谷物供应；水衡都尉减少肉食兽的喂养。
司马光评论说：忠臣侍奉君主，应该要求君主去做困难的事，那么容易的事不用费力就自然能做好；弥补君主的短处，那么君主的长处不用劝勉也能得到发扬。汉元帝刚即位的时候，虚心向贡禹请教，贡禹应该先讲当务之急，后讲不太急迫的事。然而，当时优柔寡断、谗佞之人掌权是大患，贡禹却不提及；恭谨节俭是汉元帝本来就有的志向，贡禹却孜孜不倦地讲这件事，这是为什么呢！如果贡禹的智慧不足以察觉这些，又怎么能称为贤能呢！如果知道却不说，那罪过就更大了！
匈奴呼韩邪单于又上书说民众生活困苦。汉元帝下诏让云中、五原郡转运二万斛谷物给他。
这一年，汉朝开始设置戊己校尉，让他们在车师旧地屯田。
初元二年（公元前47年）
春天正月，汉元帝前往甘泉宫，在泰畤祭祀天神。乐陵侯史高凭借外戚身份兼管尚书事务，前将军萧望之、光禄大夫周堪为他的副手。萧望之是着名的儒者，和周堪都因为曾是汉元帝的老师，有旧日的恩情，所以汉元帝很信任他们，多次在闲暇时召见他们，谈论国家治乱，陈述王道之事。萧望之推荐并选拔了通晓经学、品行端正的宗室子弟散骑、谏大夫刘更生担任给事中，与侍中金敞一起在汉元帝身边随时纠正皇帝的过失。这四人同心商议，用古代的制度来劝导汉元帝，想匡正很多事，汉元帝很愿意采纳他们的意见。史高只是虚居其位，因此与萧望之产生了矛盾。
中书令弘恭、仆射石显，从汉宣帝时就长期掌管朝廷机要事务，精通法令条文。汉元帝即位后，身体多病，因为石显长期负责事务，又是宦官没有宫外的党羽，精明专注值得信任，就把政事委托给他，事情无论大小，都通过石显上奏并由他决断，石显尊贵受宠，权势倾朝，百官都恭敬地侍奉他。石显为人乖巧聪慧，熟悉事务，能深切领会皇帝的微妙旨意，内心却非常狠毒，擅长诡辩，用这些来中伤别人，谁要是得罪了他，哪怕只是瞪他一眼，他就会用严酷的法律陷害对方。他还与车骑将军史高内外勾结，议论事情常常坚持旧例，不依从萧望之等人的意见。
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