永光三年（公元前41年）
春天二月，冯奉世回到京城，改任左将军，被赐予关内侯的爵位。
三月，汉元帝立皇子刘康为济阳王。
夏天四月癸未日，平昌考侯王接去世。秋天七月壬戌日，任命平恩侯许嘉为大司马、车骑将军。
冬天十一月己丑日，发生地震，还下了雨。
恢复盐铁官的设置；设立博士弟子名额一千人。这是因为朝廷财政用度不足，很多百姓都享有免除赋税徭役的待遇，导致无法供给朝廷内外的徭役需求。
永光四年（公元前40年）
春天二月，大赦天下。
三月，汉元帝前往雍城，祭祀五畤。
夏天六月甲戌日，汉宣帝陵园的东阙发生火灾。
戊寅日是月末，出现日食。汉元帝于是召集之前说日食变异是因为周堪、张猛的人进行责问，这些人都叩头谢罪。汉元帝因此下诏称赞周堪的优点，征召他到自己所在的地方，任命他为光禄大夫，俸禄为中二千石，兼管尚书事务；张猛再次担任太中大夫、给事中。中书令石显掌管尚书事务，尚书的五名官员都是他的党羽。周堪很少能见到皇帝，常常要通过石显奏报事情，事情也都由石显说了算。恰逢周堪生病不能说话，最终去世。石显诬陷张猛，致使张猛在公车署自杀。
当初，贡禹上奏说：“汉惠帝、汉景帝的宗庙，按照亲尽的原则都应该毁掉，还有各郡国的宗庙不符合古代礼制，应该加以整顿确定。”汉元帝认可他的建议。秋天七月戊子日，撤销昭灵后、武哀王、昭哀后、卫思后、戾太子、戾后的陵园，都不再进行祭祀，只裁减设置一些官吏士卒守护。冬天十月乙丑日，撤销各郡国的祖宗庙。
各个皇陵分别归三辅管辖。把渭城寿陵亭部原上作为汉元帝自己的初陵。汉元帝下诏，初陵不要设置县邑，也不要迁徙郡国的百姓。
永光五年（公元前39年）
春天正月，汉元帝前往甘泉宫，祭祀泰畤。三月，前往河东，祭祀后土。
秋天，颍川发生水灾，淹死了一些百姓。
冬天，汉元帝到长杨射熊馆，进行大规模打猎活动。
十二月乙酉日，按照韦玄成等人的建议，毁掉太上皇、汉惠帝的寝庙园。
汉元帝喜好儒术和文辞，对汉宣帝时期的政策有较大改动。向皇帝上书言事的人大多能得到召见，每个人都觉得自己的意见符合皇帝心意。此外，傅昭仪和她的儿子济阳王刘康深受汉元帝宠爱，超过了皇后和太子。太子少傅匡衡上疏说：“我听说国家治乱安危的关键，在于审慎地考虑用心之处。接受天命的开国君主，致力于开创基业、传承国统，使之无穷无尽；继位的君主，心里应想着继承和宣扬先王的德行，并光大他们的功绩。从前周成王继位后，思考着遵循周文王、周武王的治国之道来修养自己的品德，把美好的功业都归到两位先王身上，而不敢独占美名，因此上天享用他的祭祀，鬼神也保佑他。陛下圣德如天覆盖万物，像爱护子女一样关爱天下百姓，然而阴阳尚未调和，奸邪尚未禁止，大概是因为议论政事的人没有大力宣扬先帝的伟大功绩，反而争着说以前的制度不可用，一定要变更，而变更的内容有的不可行又再改回来，因此群臣相互指责，官吏和百姓都无所适从。我私下里为国家放弃已经成功的事业，却白白陷入这种混乱局面而感到遗憾！希望陛下全面审视国家大业，留意遵循先帝制度、弘扬先帝功绩，以此来稳定群臣之心。《大雅》说：‘不要忘记你的祖先，努力修养你的品德。’这是最高道德的根本。《传》说：‘审明好恶，修养情性，那么王道就完备了。’修养情性的方法，一定要审视自己的长处并强化自己的短处，大概聪明通达的人要警惕过于苛察，见闻浅陋的人要警惕被蒙蔽，勇猛刚强的人要警惕过于暴躁，仁爱温良的人要警惕优柔寡断，沉着冷静的人要警惕错失时机，胸怀宽广的人要警惕疏忽遗忘。一定要审视自己应当警惕的地方，用义来加以匡正，这样中和的教化就会相应显现，奸巧虚伪的人就不敢结党营私谋求晋升。希望陛下能引以为戒，这是尊崇圣德的方法！
“我又听说家庭关系处理好了，天下的治理就能得当，所以《诗经》以《国风》开篇，《礼记》以冠礼、婚礼为根本。以《国风》开篇，是推原人的情性来明确人伦关系；以冠礼、婚礼为根本，是端正基础以防患于未然。所以圣明的君主一定要慎重处理妃嫔皇后之间的关系，区别嫡子与庶子的地位，这是礼在内部的体现。地位低的不超越地位高的，新的不排在旧的前面，这样来统御人情、调理阴气；尊重嫡子而使庶子地位卑下，嫡子在阼阶举行冠礼，用醴酒来行礼，其他儿子不能参与，这是为了尊重正统、明确嫌疑。这并非只是虚增礼仪形式，而是内心对他们有区别对待，所以礼能探究内心的情感并表现在外。圣人的一举一动、日常起居所亲近的人、事物都能井然有序，那么天下人就会自我修养，百姓也会顺从教化。如果应当亲近的人反而疏远，应当尊贵的人反而卑下，那么奸佞取巧的人就会趁机行动，扰乱国家。所以圣人谨慎地防范事情的开端，在事情还未发生时就加以禁止，不因为个人私情而损害公义。《传》说：‘端正家庭，天下就能安定了！’”
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