从建武三年（公元27年 丁亥年）开始，到建武五年（公元29年 己丑年），这三年时间里，发生了好多大事。
建武三年春天，正月甲子日，冯异被任命为征西大将军。邓禹觉得自己领了任务却没啥功劳，心里挺惭愧，就多次带着饥饿的士兵去和赤眉军挑战，可每次都没占到便宜。于是他率领车骑将军邓弘等人从黄河北岸渡河到湖县，邀请冯异一起攻打赤眉军。冯异说：“我和贼军对峙几十天了，虽然俘虏了他们的一些大将，但剩下的人还很多，可以慢慢用恩德和信义去诱导他们投降，很难一下子就靠武力打败他们。皇上现在让各位将领驻扎在渑池，截断他们东逃的路，而我从西边攻击，这样一举就能拿下他们，这才是万无一失的计策啊！”邓禹和邓弘不听，邓弘就和赤眉军大战了一整天。赤眉军假装战败，丢弃了辎重逃跑，车上装的都是土，上面盖了一层豆子，汉军士兵饿坏了，都去抢豆子。赤眉军趁机回头攻击邓弘，邓弘的军队一下子就乱了套。冯异和邓禹合兵去救援，赤眉军才稍微后退了一点。冯异觉得士兵们又饿又累，应该先休息。邓禹不听，又接着打，结果被打得大败，死伤了三千多人，邓禹只带着二十四名骑兵逃到了宜阳。冯异也只好丢了马，徒步逃跑，跑到回溪这个偏僻的地方，和几个部下回到营地，收拢了一些散兵，又坚守营寨。
正月辛巳日，在洛阳建立了四座亲庙，祭祀父亲南顿君以及往上到春陵节侯。
正月壬午日，实行大赦。
闰月乙巳日，邓禹上交大司徒、梁侯的印绶。刘秀下诏把梁侯的印绶还给他，任命他为右将军。冯异和赤眉军约定日期会战，他让一些壮士穿上和赤眉军一样的衣服，埋伏在道路旁边。第二天，赤眉军派一万人攻打冯异的前部，冯异只派出少量兵力救援。贼军看到冯异这边势弱，就全军出动攻打冯异，冯异这才发动全部兵力大战。到了傍晚，贼军士气低落，这时伏兵突然杀出，因为衣服一样，赤眉军都分不清敌我，顿时惊慌失措，溃不成军。冯异乘胜追击，在崤底把赤眉军打得大败，收降了男女八万人。刘秀下玺书慰劳冯异说：“开始你在回溪受挫，像鸟儿垂下翅膀，但最终能在渑池奋起，如同振翅高飞，可以说是在东边的角落有所失，却在西边的桑榆处有所得。现在正要论功行赏，来报答你的大功。”
赤眉军剩下的人往东向宜阳逃去。甲辰日，刘秀亲自统领六军，严阵以待。赤眉军突然遇到大军，吓得不知所措，就派刘恭去请求投降，说：“刘盆子带着百万大军向陛下投降，陛下打算怎么对待我们呢？”刘秀说：“饶你们不死罢了！”丙午日，刘盆子和丞相徐宣以下三十多人袒露上身投降，献上了得到的传国玉玺。堆积在宜阳城西的兵器铠甲，和熊耳山一样高。赤眉军还有十多万人，刘秀命令各县的厨房给他们提供食物。第二天早上，刘秀在洛水边大摆兵马，让刘盆子君臣列队观看。刘秀对樊崇等人说：“你们后悔投降吗？朕现在放你们回营，整顿兵马，击鼓再战，一决胜负，不想强迫你们屈服。”徐宣等人磕头说：“我们从长安东都门出来，君臣就商量好了，要归顺陛下的圣德。老百姓可以一起享受成功的喜悦，但很难在一开始就和他们谋划大事，所以就没告诉众人。今天能够投降，就像离开虎口回到慈母身边，实在是又欢喜又高兴，没有什么可遗憾的！”刘秀说：“你们可算是铁里面比较坚硬的，普通人里面比较出众的了。”戊申日，刘秀从宜阳返回。刘秀让樊崇等人各自带着妻子儿女住在洛阳，赐给他们田地和住宅。后来樊崇、逢安造反，被诛杀；杨音、徐宣在故乡去世。刘秀可怜刘盆子，让他做赵王的郎中。后来刘盆子生病失明，刘秀就把荥阳均输官的土地赐给他，让他终身享受这块土地的税收。刘恭为更始帝报仇，杀了谢禄，然后自己投案入狱，刘秀赦免了他，没有诛杀。
二月，刘永封董宪为海西王。刘永听说伏隆到了剧县，也派使者去封张步为齐王。张步贪图王爵，犹豫不决。伏隆劝说道：“高祖和天下人约定，不是刘氏家族的人不能封王，现在你最多只能当个十万户侯！”张步想把伏隆留下来，和他一起守住青州和徐州。伏隆不答应，要求回去复命，张步就把伏隆抓了起来，接受了刘永的封王。伏隆秘密派使者给刘秀上书说：“臣伏隆奉命出使，却没办好事情，被凶恶叛逆的人抓住。我虽然身处困境，但不会贪生怕死。而且，当地的官吏和百姓知道张步反叛，心里并不归附他，希望陛下赶紧进兵，不要挂念我。我如果能活着回到朝廷，接受有关部门的惩处，这就是我最大的心愿。要是我死在贼寇手里，就把我的父母、兄弟长久地托付给陛下了。愿陛下和皇后、太子永远享有天下，和上天一样没有尽头！”刘秀收到伏隆的奏书，把他的父亲伏湛召来，流着泪给他看，说：“真后悔没答应张步的要求，急着让伏隆回来！”后来张步就把伏隆杀了。刘秀当时北边担心渔阳的彭宠，南边要对付梁、楚的刘永，所以张步得以独自占据齐地，拥有十二个郡。
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