刘秀从长安返回。
冬天，十月，公孙述派刺客假装成逃亡的奴仆，投降岑彭，夜里，刺杀了岑彭。太中大夫监军郑兴暂时统领他的军队，等吴汉到来后交给他。岑彭治军严谨，对百姓秋毫无犯。邛谷王任贵听说岑彭的威望，从几千里外派使者来投降；正好赶上岑彭已经被害，刘秀把任贵所献的东西都赐给了岑彭的妻子儿女。蜀人为岑彭建立庙宇祭祀他。
马成等人攻破河池，接着平定了武都。先零羌的各个部落几万人，聚集起来进行侵扰掠夺，在浩亹隘口抵抗汉军。马成和马援深入敌境讨伐，把他们打得大败，把投降的羌人迁徙安置到天水、陇西、扶风。
当时，朝廷大臣们认为金城郡破羌县以西，路途遥远，又常有贼寇，商议着要放弃这片地方。马援上书说：“破羌县以西，城池大多完好坚固，容易据守。那里土地肥沃，灌溉便利。如果让羌人留在湟中，那他们造成的危害就不会停止，这片地方不能放弃。”刘秀听从了他的建议。有三千多百姓回归，马援为他们设置了官吏，修缮了城郭，修筑了坞堡哨所，开通了沟渠，鼓励他们耕种畜牧，郡里的百姓安居乐业。马援又招抚塞外的氐、羌，他们都来投降归附，马援上奏恢复他们侯王君长的地位，刘秀全都同意了。于是撤回马成的军队。
十二月，吴汉从夷陵率领三万人逆长江而上，讨伐公孙述。
郭汲担任并州牧，路过京城时，刘秀问他施政的得失，郭汲说：“选拔补充各种官职，应当挑选天下的贤才俊杰，不应该只任用南阳人。”当时在位的官员大多是刘秀的同乡故旧，所以郭汲才这么说。
评论：建武十一年，刘秀政权在军事、政治等方面呈现出复杂且关键的发展态势。
军事上，刘秀对公孙述的征伐进入关键阶段。岑彭在荆门之战中展现出卓越的军事指挥才能，他力排众议，坚持水战策略，利用火攻成功突破蜀军防线，一路势如破竹，深入蜀地，其治军严谨，秋毫无犯，赢得了百姓的支持。然而，来歙与岑彭这两位重要将领先后被刺杀，给战事带来重大挫折。来歙重伤之下仍心系国事，体现出他的忠诚与担当；岑彭被害，使汉军失去一员大将，令人惋惜。不过，臧宫在局势不利的情况下，凭借果敢和智慧，假传圣旨扩充兵力，大败延岑，为战事推进立下大功。
在边疆事务方面，马援出任陇西太守后，成功击败先零羌，之后又妥善处理金城以西的问题，力主不放弃该地区，并采取一系列有效措施，如安置百姓、修缮城郭、招抚外族等，稳定了边疆局势，展现出其卓越的边疆治理能力。
政治层面，鲍永弹劾赵王刘良以及鲍恢的刚正不阿，维护了朝廷礼仪与法纪的严肃，使得皇亲国戚有所忌惮。郭汲对官员选拔提出的建议，反映出当时朝廷用人存在地域偏向问题，也体现了有识之士对公正选拔人才的重视。
总体而言，这一年刘秀政权虽在军事上遭遇将领遇刺等困境，但在各方努力下，对公孙述的征伐仍在推进，边疆地区也逐渐稳定，政权在曲折的历程中持续稳固。
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