建安十三年（公元208年，戊子年）
春天，正月，司徒赵温征召曹操的儿子曹丕。曹操就上表说“赵温征召我的子弟，这选举之举并非出于真心，不符合实际”，于是朝廷就下令罢免了赵温的官职。
曹操回到邺城后，修建了玄武池，用来训练水军。
起初，巴郡的甘宁带着八百名僮客去归附刘表。刘表是个文人，不熟悉军事。甘宁看刘表这形势，觉得他终究成不了大事，担心哪天队伍散了，自己也跟着遭殃，就打算往东去投奔东吴。当时黄祖驻守在夏口，甘宁的队伍过不去，就只能留下来，依附黄祖三年。黄祖却只把甘宁当普通人看待。孙权攻打黄祖时，黄祖的军队战败逃跑，孙权的校尉凌操带兵紧追不舍。甘宁箭术高超，他在后面带兵，一箭射死了凌操，黄祖这才得以逃脱。战斗结束回到营地，黄祖还是像以前一样对待甘宁。黄祖的都督苏飞多次推荐甘宁，黄祖都不重用。甘宁想离开，又怕逃不掉。苏飞就向黄祖建议，让甘宁去做邾县县长。甘宁这才借机逃到孙权那里。周瑜和吕蒙一起向孙权推荐甘宁，孙权对甘宁很重视，把他当作老臣一样对待。
甘宁向孙权献计说：“如今汉朝的国运越来越衰弱，曹操早晚会篡权夺位。荆州这个地方，山川地势很有优势，实在是咱们东吴西边的战略要地。我看刘表，目光短浅，他的儿子们又没什么才能，不是能继承家业、传承基业的人。您应该早点谋划，不能落在曹操后面。要拿下荆州，应该先攻打黄祖。黄祖现在已经老糊涂了，钱财和粮食都匮乏，身边的人还贪婪放纵，官兵们心里都有怨气。战船和作战装备，都破旧废弃没人修理，农事也懈怠，军队毫无纪律。您现在去攻打，肯定能打败他。打败黄祖的军队后，咱们就大张旗鼓地往西推进，占据楚关，这样势力范围就更大了，之后就可以慢慢谋划夺取巴郡和蜀郡。”孙权觉得甘宁说得很有道理，非常认同。当时张昭也在场，提出反对意见说：“现在东吴这边局势还不太稳，如果真的出兵，恐怕会引发混乱。”甘宁对张昭说：“国家把萧何那样的重任交给您，您留守后方却担心出乱子，又怎么能期望您像古人一样有作为呢！”孙权举起酒杯对甘宁说：“兴霸（甘宁字兴霸），今年出征讨伐黄祖的事，就这么定了，就像这杯中的酒，我决定交给你去办。你只要好好谋划策略，一定要打败黄祖，那你的功劳，哪还用在意张长史（张昭）说的话呢！”
于是孙权就往西去攻打黄祖。黄祖在沔口横着摆了两艘蒙冲战船，守住沔口，用粗大的棕榈绳系着大石头当船锚，船上有一千人，用弩交叉射击，箭如雨下，孙权的军队根本没法前进。偏将军董袭和别部司马凌统都担任先锋，各自带领一百名敢死队员，每人都穿两层铠甲，乘坐大船，冲进蒙冲战船中间。董袭亲自用刀砍断两根棕榈绳，蒙冲战船就横在水上漂流，孙权的大军这才得以继续前进。黄祖命令都督陈就率领水军迎战。平北都尉吕蒙带领前锋部队，亲手斩杀了陈就，砍下他的首级。于是将士们乘胜追击，水陆并进，逼近黄祖的城池，全力攻城，最后血洗了这座城。黄祖脱身逃跑，被追上后斩杀，还俘虏了城中男女几万人。
孙权事先准备了两个木盒，打算用来装黄祖和苏飞的首级。孙权为将领们摆酒庆功，甘宁离开座位，向孙权叩头，哭得满脸是血和泪，向孙权诉说苏飞过去对自己的恩情，说：“我甘宁要是没有苏飞，早就死在荒郊野外了，也不可能为您效力。现在苏飞按罪应当被处死，我特意求您饶他一命。”孙权被他的话感动，问他：“我现在饶了他。要是他跑了怎么办？”甘宁说：“苏飞能免去杀身之祸，得到重生的机会，就算赶他走他都不会跑，怎么会想着逃跑呢！要是他真跑了，我的头愿意代替他放进木盒里。”孙权就赦免了苏飞。凌统因为甘宁杀了他父亲凌操，一直想找机会杀甘宁。孙权下令让凌统不许记仇，还让甘宁带兵驻扎到别的地方。
夏天，六月，朝廷废除三公官职，重新设置丞相和御史大夫。癸巳日，任命曹操为丞相。曹操任命冀州别驾从事崔琰为丞相西曹掾，司空东曹掾陈留的毛玠为丞相东曹掾，元城县令河内人司马朗为主簿，司马朗的弟弟司马懿为文学掾，冀州主簿卢毓为法曹议令史。卢毓是卢植的儿子。崔琰和毛玠一起负责选拔人才，他们举荐任用的都是清正廉洁的人。那些当时名气很大但行为不本分的人，根本得不到晋升。他们提拔老实敦厚的人，排斥华而不实、虚伪的人，推举谦逊低调的人，抑制结党营私的人。从这以后，天下的士人都用廉洁的操守来激励自己，就算是那些备受宠信的大臣，车马服饰也不敢太过奢华。甚至有些地方官员回来述职，满脸污垢，穿着破旧的衣服，独自乘坐简陋的柴车。军中官员进入丞相府，都穿着朝服步行。上面的官员廉洁，下面的风气也跟着改变。曹操听说后，感叹道：“用人能做到这样，让天下人自我约束，我还有什么可操心的呢！”
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