1996年6月5日，内蒙古自治区高级人民法院做出终审判决，该院认为，"原审判决定罪准确，量刑适当，审判程序合法，呼格吉勒图上诉理由不能成立"，因此裁定："驳回上诉，维持原判"。并核准以故意杀人罪判处呼格吉勒图死刑，剥夺政治权利终身。
1996年6月10日，呼格吉勒图被执行死刑，距离案发仅62天。一个年轻的生命就这样匆匆结束，而案件的真相却被掩埋在历史的尘埃中。
五、真凶出现
呼格吉勒图被执行死刑9年后的2005年10月23日，内蒙古系列强奸、抢劫、杀人案的犯罪嫌疑人赵志红落网。赵志红的落网，为呼格吉勒图案的平反带来了曙光。
赵志红落网后，主动交代了其1996年犯下的第一起强奸杀人案，就在呼和浩特赛罕区邻近卷烟厂的公厕里。令人震惊的是，赵志红准确指认了早就被拆除重新建设的案发地点，甚至说出了诸如"南北朝向，女厕在南"的厕所方位、内部结构、被害人身高、年龄、当时扼颈杀死被害人的方式、尸体摆放位置等其他作案细节，都有清晰、肯定的记忆。
赵志红对案件表述的准确程度远远超过了1996年就已经被执行枪决的呼格吉勒图。例如，赵志红回忆作案时间是"1996年夏天大约五六月份"，并进一步确认公厕是"南北走向、女厕在南"，通过扼颈碰触被害人头发判断她"留着短发"。更令人震惊的是，赵志红在2005年12月26日的供述中详细描述了作案过程："1996年4月，具体哪天忘了。路过烟厂，急着小便，找到那个公厕。听到女厕有高跟鞋往出走的声音，判断是年轻女子，于是径直冲进女厕。两人刚好照面，我扑上去让她身贴着墙，用双手大拇指平行卡她喉咙，她双脚用力地蹬。五六分钟后，她没了呼吸。"
赵志红甚至准确描述了被害人的身高和体重："她皮肤细腻，很年轻。我身高1米63，她比我矮，1米55到1米60的样子，体重八九十斤。"这些细节与呼格吉勒图的供述存在明显差异，而与实际情况更为吻合。
六、艰难申诉
赵志红的供述引起了媒体的关注。汤计，某社内蒙古分社记者，成为呼格吉勒图案最早的报道者。他在了解案情后，连续发表了五篇内参，推动了案件的复查。
2005年11月23日，汤计发表第一篇内参《内蒙古一死刑犯父母呼吁警方尽快澄清十年前冤案》。随后，在2006年12月8日发表《呼市"系列杀人案"尚有一起命案未起诉让人质疑》，并在12月20日加急情况反映《"杀人狂魔"赵志红从狱中递出"偿命"申请》，附上了赵志红的"偿命申请书"。
2007年初，汤计发表《死刑犯呼格吉勒图被错杀？——呼市1996年"4?09"流氓杀人案透析（上）》和《死者对生者的拷问：谁是真凶？——呼市1996年"4?09"流氓杀人案透析（下）》两篇报道，引起了广泛关注。
2007年11月28日，汤计发表《内蒙古法律界人士建议跨省区异地审理呼格吉勒图案件》，与时任内蒙古自治区检察长邢宝玉交流后，针对法院程序提出跨省区异地审理的建议。
2011年5月5日，汤计发表《呼格吉勒图冤死案复核6年陷入僵局，网民企盼让真凶早日伏法》，此时的内蒙古高院院长，推动呼格案复查。
这五篇内参引起了上面的重视，为呼格吉勒图案的平反奠定了基础。
七、迷雾重重
尽管赵志红的供述和证据已经足够引起对呼格吉勒图案的质疑，但案件的平反之路却异常艰难。从2005年赵志红供述到2014年案件再审，整整过去了9年时间。
为何呼格吉勒图案迟迟未能PF？其中一个重要原因是，当年办理"4?09案"的办案人，后来几乎都得到了提拔，在公检法各条战线上成为把关人。这个案件一旦被翻转过来，问责机制产生的影响将是巨大的。
此外，呼和浩特市中院曾表示，仅有赵志红的口供，没有犯罪物证，不能认定真凶就是赵志红，那也就不存在呼格吉勒图案的错判问题。这种逻辑显然存在问题，因为如果赵志红的口供不足以认定他是真凶，那么呼格吉勒图的定罪同样缺乏足够的证据支持。
2006年，内蒙古自治区政法委成立了核查组，对案件进行复查。核查组结论以法律的术语强调，当年判处呼格吉勒图死刑的证据明显不足。内蒙古自治区公安厅也组织了调查组，重新调查"4?09"命案，结论也报给了内蒙古自治区政法委。但"4?09"命案始终没有开启重审程序。
八、冤案昭雪：迟到的正义
2014年10月30日，内蒙古政法委、公安厅等机构证实，最快下月开始启动针对呼格吉勒图的法律重审程序。11月20日，内蒙古自治区高级人民法院立案庭工作人员把呼格吉勒图一案的《再审决定书》送达李三仁夫妇。同时，内蒙古高院召开新闻发布会宣布，经过申诉审查，认为"呼格吉勒图案"原审据以定罪量刑的证据不确实、不充分，符合再审条件，决定立案。
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