2003年5月13日，浙江省对杨秀珠立案侦查。同年6月14日，一场由浙江省检察院直接介入的"搜网"行动在温州展开，目标是杨秀珠提拔的亲信们。这次被捕对象包括"失踪"一段时间的原温州市规划局会计、后被提升为温州市委"安居工程指挥部副指挥"的林素华，以及早前被捕的温州市旧城改建指挥部副指挥高云光所涉案的相关人员。
2003年6月23日，浙江省委批准开除杨秀珠党籍，浙江省政府批准撤销杨秀珠行政职务，检察机关发出逮捕令。然而，此时的杨秀珠已经逃至海外，开始了她长达13年的逃亡生涯。
四、漫漫逃亡路
4.1 辗转多国的逃亡生涯
杨秀珠出逃后，先后窜逃至中国香港、新加坡、法国、荷兰、意大利等多个国家和地区。在这一过程中，她向法国、荷兰先后提出"避难"申请，但均被驳回。
2014年5月，在即将被荷兰遣返前夕，杨秀珠从荷兰非法移民中心逃跑。此前她一直被荷兰警方以涉嫌非法移民拘捕。随后，她持假护照逃往美国纽约。美方接到中方提出的司法协助请求后，将杨秀珠逮捕并羁押。
2014年12月，中美执法合作联合联络小组(简称JLG)第12次全会上，中美双方将杨秀珠案确定为头号追逃案件。此后两年多的时间里，中美双方共同对杨在美涉嫌犯罪行为进行调查取证。
4.2 异国他乡的艰难处境
在荷兰期间，杨秀珠曾因摔倒导致肋骨骨折，但当地医生只给她开了止痛药，敷衍了事。"这一条肋骨断了，家庭医生告诉我，没关系的，吃止痛药。"杨秀珠后来回忆道。
逃到美国后，杨秀珠在美国监狱里患上了白内障。她向监狱申请去医院做白内障手术，却等了一年时间才被送到医院。然而，美国医院却拒绝为她做手术，称"危险太大，我们做不了"。这些经历让杨秀珠深刻体会到了逃亡生活的艰辛和无助。
在荷兰生活期间，杨秀珠因为没有亲戚和朋友，感到非常孤独。她甚至去荷兰阿姆斯特丹的一家中餐馆打工，为客人端菜倒酒，只是为了能和客人说几句中国话，缓解思乡之情和孤独感。
4.3 心理防线的崩溃
2015年9月18日，杨秀珠的弟弟杨进军被美国警方遣返，这对杨秀珠形成了强大的心理震慑。随着长期牢狱生活的困苦不堪、避难请求的毫无希望以及落叶归根念头的日渐浓厚，杨秀珠的心理防线开始崩溃。
2016年7月11日，杨秀珠向美方请求撤销避难申请，正式提出愿意回国自首，"无条件回国接受法律惩处"。8月，美国移民法庭裁决同意杨秀珠撤销避难申请，并当庭判发遣返令。
五、回国受审与最终判决
5.1 回国自首
2016年11月16日，在中央反腐败协调小组国际追逃追赃工作办公室的统筹协调下，经中央有关部门和浙江省追逃办密切协作，潜逃海外13年之久的"百名红通人员"头号嫌犯杨秀珠回国投案自首。
当杨秀珠走下飞机舷梯时，这位头发灰白、步履蹒跚的老人在两名女警的押解下，缓缓步下了飞机舷梯。在休息室内等待她的，并不是她的亲朋好友，而是一纸等候了她13年多的逮捕决定书。她用力提了一口气，颤巍巍地在逮捕证上摁下了手印。
"逃亡的日子不好过，总归是回家好。"在接受媒体采访时，杨秀珠已然悔恨交织。这句话道出了她对逃亡生活的厌倦和对家乡的思念。
5.2 庭审与判决
2017年7月28日，浙江省杭州市中级人民法院公开开庭审理了"百名红通"1号人员杨秀珠贪污、受贿一案。庭审中，检察机关出示了相关证据，杨秀珠及其辩护人进行了质证，控辩双方充分发表了意见，杨秀珠进行了最后陈述，当庭表示认罪悔罪。
法院经审理查明：1996年12月至1999年5月，被告人杨秀珠利用担任温州铁路房地产开发有限公司董事长、温州市市长助理、副市长、浙江省建设厅副厅长等职务上的便利，以非法占有为目的，侵吞公款共计人民币1904.5155万元；为请托单位和个人谋取利益，收受财物共计折合人民币735.43万元。
杭州市中级人民法院认为，被告人杨秀珠的行为分别构成贪污罪、受贿罪，依法应当数罪并罚。鉴于杨秀珠主动回国投案，如实供述罪行，具有自首情节；认罪、悔罪，积极退缴全部违法所得，具有法定从轻、减轻及酌定从轻处罚情节，依法可以减轻处罚。
2017年10月13日，法院作出判决：对被告人杨秀珠以贪污罪判处有期徒刑六年，并处罚金人民币五十万元；以受贿罪判处有期徒刑五年，并处罚金人民币三十万元；决定执行有期徒刑八年，并处罚金人民币八十万元；追缴杨秀珠贪污、受贿所得人民币二千六百三十九万九千四百五十五元。
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