由于这种判断，当地警方没有在第一时间及时封锁现场，导致聚集的人群和杂乱的现场污染了原本能被采集到的脚印、指纹等证据。警方不仅没有第一时间封锁现场，也没有在第一时间将失踪案信息传达给边检部门，因此高速出入口、国道和港口等出城的必经之路也统统没有被封锁。
如果玛德琳真的是被绑架，那么这个关键的时间窗口已经被错过，绑架者可能已经带着玛德琳逃离了葡萄牙。
三、迷雾重重：调查的曲折历程
3.1 嫌疑人的出现与排除
随着调查的深入，警方将怀疑的目光投向了酒店内的人员。最初被列为嫌疑人的是葡萄牙翻译罗伯特·穆拉特（Robert Murat）和他的商业合作伙伴俄国程序员谢尔盖·玛琳卡（Sergei Malinka）。
警方怀疑他们的理由是，案发当天晚上11点半左右，罗伯特给谢尔盖打过电话。然而，两人到了警局后都否认曾主动打电话，解释说可能是不小心误触电话按键。警方对二人笔记本电脑与硬盘、光盘的数据进行了分析，没有发现任何可疑证据，只能将其释放。
随着调查的继续，警方开始将注意力转向麦卡恩夫妇。一些侦探和警方怀疑，玛德琳的母亲凯特可能为了外出与朋友到度假村外吃饭，对女儿使用了镇静剂，因过量而导致死亡，而玛德琳的父亲杰里则帮助隐瞒真相并掩藏尸体。
这一推测源于两条经过专业训练的巡视犬的发现。葡萄牙警方请来两只着名的曾破获过两百多起案件的专业警犬：艾迪（Eddie）和血迹犬可拉（Keela）。艾迪是一只专门搜寻尸体气味的警犬，可拉则专门搜寻血迹。
在玛德琳一家租住的公寓里，艾迪在公寓的客厅中转了几圈，然后进入卧室，顺着床边走向衣柜后停下脚步开始吠叫，接着又对床边的蓝色沙发后方绑着的窗帘处吠叫。艾迪还找出了玛德琳最喜欢的猫咪毛绒玩具，玩具上被发现占有血迹。随后警员又带着可拉来到公寓中，可拉给出的答案和艾迪一模一样。
几天后，可拉和艾迪被带到一个地下停车场，在数十辆车外开始一辆接着一辆嗅闻。当靠近一辆银色的车时，它们突然狂吠起来，而这辆车正是麦卡恩夫妇所驾驶的。
3.2 DNA证据的争议
警方立即提取车内的DNA样本进行检测。然而，检测结果却引发了争议。经过对比，车内残留的DNA与玛德琳并不能完全匹配，血迹很可能是她的弟弟或妹妹留下的。麦卡恩夫妇也一再表示这是另外的孩子在内留下的鼻血。
更令人困惑的是，玛德琳的小玩偶上也被警犬闻到了尸体的味道，但这个布偶在事情发生后，一直在麦卡恩夫妇的手里。此外，警犬还在麦卡恩夫妇购买的一台车里也发现了血迹，这台车是他们在女儿失踪后买的。警方猜测，这可能是用来藏匿尸体的，但同样没有确凿证据。
英国伯明翰实验室的检测结果显示，样品本身污染严重，DNA信息过多，已收集的信息不能断定汽车内提取的是玛德琳本人的DNA。这一结果使得警方对麦卡恩夫妇的怀疑缺乏确凿证据支持。
3.3 警方调查方向的转变
2008年7月，麦卡恩夫妇得到了他们被解除嫌疑人身份的消息。而负责此案的葡萄牙警官阿曼龙（Gon?alo Amaral）则因坚持认为麦卡恩夫妇与案件有关而引咎辞职。
阿曼龙辞职后，仍然坚持自己的观点，认为麦卡恩夫妇就是凶手，而检测证据很可能被人掉包。他的这一观点在2008年出版的《谎言的真相》一书中得到了详细阐述。这本书的累积销量高达二十万册，让他的收益至少高达三十五万英镑。
2009年，麦卡恩夫妇对阿曼龙提起诉讼，认为这本书是毫无根据且具有严重诽谤性的。2015年，葡萄牙法官判决阿曼龙应支付约四十五万英镑的诽谤损害赔偿金给麦卡恩夫妇，并且在六年内禁止公开售卖《谎言的真相》及相关视听作品。
随后，阿曼龙对此判决向葡萄牙最高法院提起上诉，并声称自己有言论自由的权利。最高院裁定自2008年葡萄牙警方调查结束时，尚未澄清玛德琳的父母麦卡恩夫妇与玛德琳死亡是否有关，最终认定阿曼龙不构成诽谤罪。法庭声明表示，上诉人阿曼龙胜诉并不是根据葡萄牙检察机关认定上诉人没有犯罪而做出的，而是根据公诉人并未能取得上诉人犯罪行为的充分证据这一事实而决定的。
换句话说，因无法证明麦卡恩夫妇完全清白，所以认定对阿曼龙的指控证据并不充分。这一判决结果在社会上引起了广泛争议。
四、漫长的寻找：跨越国界的调查
4.1 英国警方的介入与独立调查
2008年，葡萄牙警方宣布结束对玛德琳失踪案的调查，案件陷入僵局。然而，麦卡恩夫妇并没有放弃寻找女儿的希望。
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