书中还强调“疠气”致病具有强烈的传染性，“无论老少强弱，触之者即病”。
书中不仅提供了“达原饮”等着名方剂（以槟榔、厚朴、草果等为主药，旨在开达膜原，辟秽化浊），更提出了“逐邪勿拘结粪”（强调攻下排毒的重要性，不必拘泥于是否有便秘）、“注意疏利分消”等治疗原则。
“找到了！首领！吴又可的《瘟疫论》！他的说法，与您说的‘微生物’、‘传染’之理，颇有相通之处！”张衡激动地捧着书的手都在颤抖。
(内心OS：技术整合！将明代温病学先进理念与现代公共卫生措施结合！这是跨越时空的医学协作！)
“太好了！”吴铭如获至宝，“立刻组织人手，按《瘟疫论》的方子，结合我们现有的药材，大量熬制‘达原饮’加减方！优先供给防疫队和高危人群！同时，将‘隔离’、‘消毒’、‘戾气从口鼻入’的道理，编成通俗易懂的口诀，让所有人传唱执行！”
就在新明港与瘟疫殊死搏斗的同时，大明应天府，另一场没有硝烟的战争也在进行。
徐妙锦虽被软禁在魏国公府，但凭借过往的人脉和徐达旧部的暗中协助，她依然能零星地收到关于外界的消息。当她得知新明港疑似爆发瘟疫，且朝廷清流正借此大肆攻击吴铭“倒行逆施，天降灾殃”时，她心急如焚。
她深知，这不仅是吴铭的危机，更是她和孩子们命运的转折点。若新明港真的被瘟疫摧毁，或朝廷借此坐实吴铭的“罪责”，他们母子必将失去最后的价值，结局可想而知。
绝不能坐以待毙！
她利用朱标因高产作物和燧发枪而产生的些许动摇和犹豫，做了一件极其大胆的事——她设法避开监视，亲手写了一封言辞恳切却又暗藏机锋的信，通过极其隐秘的渠道，直送宫内，呈交马皇后（历史上马皇后已于洪武十五年去世，此处根据小说设定存在）。
信中，她绝口不提求饶，而是以“罪妇”身份，首先深切忏悔“夫婿之悖逆”，随后笔锋一转，盛赞皇帝皇后“仁德广被”，感念其“保全弱质幼子之恩”。接着，她巧妙地提及新明港“瘴疠突发”，引述《瘟疫论》中“戾气”之说，暗示瘟疫乃天地之气，非人力罪愆，且“吴铭麾下，亦多大明流寓之子民，陛下之赤子”，若朝廷能稍示关怀，“赐下些许药石之资”，或“遣一二熟谙瘟病之医者，指点迷津”，则不仅能活人无数，更可彰显“天朝上国，仁恕之道，怀远之德”，令海外臣民“虽处绝域，亦感念天恩”。
最后，她以退为进，泣血叩首，言“若陛下恐药资资敌，罪妇愿率三子，永世禁足于府内佛堂，为陛下、娘娘及大明万千生灵祈福诵经，以赎夫罪”。
这封信，情深意切，又深明大义，更是将了朱标一军。马皇后本就仁厚，览信后不禁动容，向朱标进言。朱标本就因吴铭展现出的价值（高产作物、燧发枪）而摇摆，此刻又面临瘟疫这个共同威胁和“仁德”舆论的压力，态度进一步软化。
他最终下了一道暧昧的旨意：责令太医院“整理”一批“常用药材”，以“救助海外大明流民”之名，送至沿海某处，并“允许”徐达府“酌情”招募一两名“自愿”的医者，随商船前往“探视”。同时，魏国公府外的看守明显减少，限制大幅放宽。
这几乎是一种默许的支援和姿态的放低！徐妙锦以她的智慧和勇气，为吴铭争取到了宝贵的喘息之机，也极大改善了自身的处境。
新明港内，疫情在经历了最残酷的爆发期后，由于吴铭采取的严格隔离、彻底消毒（现代公共卫生理念）和《瘟疫论》方药（明代温病学智慧）的结合运用，加之“金薯”、“玉麦”提供的充足营养增强了部分人的抵抗力，疫情终于被逐渐控制下来！
虽然死亡率依然触目惊心，但新增病例大幅减少，康复者开始出现。整个新明港如同经历了一场浴火重生，凝聚力空前高涨。吴铭的威望，也因他在这场瘟疫中的果断决策、身先士卒和带来的“神奇医书”，达到了新的顶点。
就在这时，徐妙锦争取到的、来自大明的微弱医疗援助，几经辗转，终于抵达。虽然只是少量的药材和两名老医匠，但其象征意义巨大——这代表着大明朝廷的某种默认和妥协！
吴铭紧紧抓住这个机会，大张旗鼓地迎接“天朝恩赐”，极大地鼓舞了民心士气。
疫情刚稳，吴铭立刻命人将《瘟疫论》的核心思想（戾气学说、防治原则）、结合新明港抗疫的实践经验（隔离、消毒措施），以及少量珍贵的“金薯”种薯和“玉麦”种子，精心打包，再次通过秘密渠道，送往大明朝廷。
随行的，还有一封吴铭的亲笔信。
信中，他不再炫耀武力，而是平静地陈述了新明港刚刚经历的瘟疫劫难，以及如何凭借《瘟疫论》的指导和众人的努力侥幸存活。他写道：“瘟疫之厉，不分华夷，不论顺逆。陛下乃天下共主，臣虽万死，然麾下子民多是无辜大明赤子，其所耕之祥瑞神种，其所依之活民医道，皆可造福大明亿兆黎庶。若陛下圣心垂怜，愿以此医道、此种薯，换取海外孤臣家小之安宁，则臣虽肝脑涂地，亦无憾矣。”
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