新明港的晨曦尚未驱散疫病带来的死寂，海平面尽头已升起不祥的帆影——不是西班牙人的高大战列舰，而是数十艘吃水极深、船体斑驳的广船与福船，桅杆上飘扬的黑色蛟旗标志着来者身份：盘踞闽浙外海的最大海盗集团首领陈祖义！此獠趁新明港瘟疫横行、粮药匮乏之机，倾巢而出，妄图一举吞并这座初生的海外孤城。
了望塔上哨兵嘶声急报时，吴铭正与蒋瓛清点仅存的薯种库存，闻讯掷册于案——(内心OS：供应链脆弱性暴露！海盗趁火打劫，必须阻断其后勤链！)
陈祖义的叛变来得毫无征兆。三日前，这海盗头子还与吴铭共饮血酒，誓言共抗西夷，甚至接收了新明馈赠的三十支燧发枪与十箱开花弹。然当夜，黑蛟帮舰队竟悄然转向，与西班牙人密约“共分新明之财”，突袭港西粮道！更阴毒的是，陈祖义竟将吴铭透露的岸防弱点——东炮台弹药库位置——卖予瓦尔德斯，导致黎明时分一场精准炮击，几乎摧毁新明最强火力点！“狗贼！”李大匠呕着血沫嘶吼，“俺替他修船补炮，他却反咬一口！”张衡瘫坐在格物院废墟中，徒手扒拉着烧焦的《瘟疫论》残页，泪流满面。沉茂才则面如死灰地汇报：“存粮仅余三日，药材殆尽……疫病恐将复燃。”
吴铭一拳砸在案上，震得海图颤抖：“陈祖义要的不是财货，是新明根基！他欲夺燧发枪与造船匠户，自立南洋霸主！”(内心OS：海盗行为模式分析：短期利益驱动+长期权力野心！必须切断其核心收益链！)他猛地抬头，眸光如淬火寒铁：“蒋瓛，选百名死士，携雷火罐、燧发枪，乘快艇绕至敌后，专攻黑蛟帮辎重船！沉茂才，组织妇孺往内陆密林转移，携薯种与农具，预留火种！张衡，带格物院余部入地下工坊，赶制‘铁蒺藜水雷’——以陶罐装火药、铁碎，布于西侧海湾！”命令如铁钉般楔入混乱，众人如梦初醒，奔命执行。
海战已至白热。陈祖义亲率跳帮队扑向西滩，海盗们嗷叫着挥舞钢刀，却被新明燧发枪队精准点射，尸骸堆积如丘。然海盗人数众多，前仆后继，渐渐逼近粮仓核心。蒋瓛的死士队如幽灵般潜至黑蛟帮后勤船队，雷火罐轰然炸响，三艘粮船燃起冲天大火！陈祖义惊怒回首，却见瓦尔德斯竟趁乱后撤——西班牙人欲坐视海盗与新明两败俱伤！“西夷无耻！”陈祖义咆哮，却已骑虎难下。
此刻吴铭竟亲登残存南炮台，夺过炮手火把：“校准‘黑蛟号’水线！换链弹！”炮弹呼啸而出，未能击沉敌舰，却绞断其尾帆。陈祖义暴怒，令所有炮火聚焦南台。千钧一发际，天际忽传来沉闷轰鸣——一支悬挂大明龙旗的舰队破浪而至！北洋水师总兵廖永忠立于舰首，冷眼俯瞰战场。朱标竟改变主意，命其“助新明惩海盗，慑西夷”！明军战舰侧舷齐射，炮弹如雨砸向海盗船阵。陈祖义腹背受敌，阵脚大乱。
吴铭当机立断，升起血旗：“全军反击！目标——黑蛟号！”新明残舰与明军水师合流，如利剑刺入敌阵。蒋瓛率死士冒死攀上“黑蛟号”，与陈祖义亲卫白刃血战。吴铭更命张衡引爆预设于西湾的铁蒺藜水雷，炸沉海盗退路舰船。陈祖义见大势已去，欲驾小艇逃窜，却被廖永忠座舰拦截。一场恶斗后，海盗王被生擒，浑身浴血的蒋瓛将之拖至吴铭面前。
“吴铭！俺不服！”陈祖义嘶吼，“若无非蠢皇帝助你……”吴铭漠然挥手：“押下去！首级传阅各船，余众降者不杀！”海盗群龙无首，纷纷弃械。瓦尔德斯见势，仓皇南遁。海战终歇，新明港满目疮痍，然蓝底金龙旗依旧傲立。
战后，廖永忠递来朱标密旨：“新明御外侮、平海患有功，朕心甚慰。然国法森森，不可久擅外疆。卿可献祥瑞种、防疫方，并遣子入京为质，则许卿镇守海疆，岁贡减半。”吴铭冷笑，知朱标仍存猜忌。他允献薯种、医书，却回以密信：“臣愿献种，然幼子皆染疫弱质，不堪长途。臣妻徐氏可携《格物全录》入京献后，乞陛下恩准。”(内心OS：以技术换时间！徐妙锦入京可为内应，亦可安帝心！)
徐妙锦慨然应允，携书北上。临行前，吴铭密嘱：“书中农工医技九真一假，核心燧发枪、蒸汽机图皆隐去。皇后仁厚，必善待于你。在京广结善缘，尤要留意郑和动向。”妙锦垂泪：“妾身明白，夫君……珍重。”
新明港百废待兴。吴铭率众重建，更从陈祖义残舰中搜出南洋海图、西洋火炮数门。他立下“海事碑”，刻战死者英名，更掷海盗首级于碑前祭奠。然忧患未消：西夷败退必卷土重来，大明朝廷反复难测，而新明元气大伤。深夜，吴铭独登了望塔，望星海浩瀚，喃喃自语：“欲存新明，需更强之力……格物院当重启‘神机计划’！”塔下，李大匠正带人拆解西班牙重炮，眼中燃起痴狂之光。
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