(内心OS：政治斗争中的技术博弈！对手利用技术壁垒和信息不对称进行抹黑！)
徐妙锦没有直接揭发，而是巧妙地通过马皇后身边的一位女官，将一份“民间匠人关于改善炼钢之法以防爆膛”的奏请（内含对问题钢材的隐晦质疑）混入其他文书呈送御前。同时，她让父亲徐达的旧部在朝议中“无意”提及：西班牙、葡萄牙使者曾多次想重金贿赂该晋商获取大明优质铁料而未果。一捧一踩之间，朱标起了疑心，下令暗中彻查晋商与黄俨的关系。
便在此时，姚广孝悄然拜访徐妙锦。这位深不可测的“黑衣宰相”带来一个更惊人的消息：他在研究《格物全录》时发现，吴铭给出的蒸汽机冷凝器设计图的一个微小偏差，若照之建造，非但效率低下，更易爆炸。但他计算后发现，若按“正确”方式修改，其效能远超想象。“有人不希望大明拥有真正的利器。”姚广孝意味深长地说，“而新明，似乎比我们更接近真理。”
徐妙锦瞬间明了：朝中有人不仅想搞垮新明，更想独占甚至扼杀这些可能改变国运的技术！她将计就计，借姚广孝之手，将“正确的”蒸汽机图纸通过特殊渠道“泄露”给工部一位真正醉心技术的郎中，并设法让一次成功的（使用合格材料并按正确图纸建造的）蒸汽机演示，恰好发生在朱标视察京郊水利工地之时。巨大的人力节省与效率提升，让朱标龙颜大悦，对《格物全录》的态度悄然转变。
新明与京师的危机，似乎都看到了一丝曙光。然而，吴铭与徐妙锦都清楚，龙岩屿外的幽冥舰队绝非终点。蒋瓛的失踪、葡萄牙日志的记载、以及那逆转的圣马可狮子徽章，都指向一个更庞大、更古老的恐怖正从深海中苏醒……而大明朝廷的暗流，也远未到平息之时。
武英殿内，方孝孺率领的清流集团发动了对新明的总攻。这一次，他们不再纠缠于具体罪证，而是直接上升到哲学高度：“陛下！吴铭所倡‘格物致知’，实乃悖逆朱子‘即物穷理’之真义！其言‘万物皆由微子构成’，否定理在气先；其行‘蒸汽机车’，违背天道自然；其政‘男女同工’，破坏人伦纲常！此非技艺之争，乃道统存亡之战！”
徐妙锦被急召入宫质询。她立于殿中，面对满朝文武的逼视，从容不迫地抛出三个问题：
“敢问方学士，朱子言‘格物致知’，可曾说过不可格新物、致新知？”
“再问诸位大人，若按‘理在气先’，则西洋夷狄枪炮之理在先，为何我等格之不得？”
“三问陛下，孔子删《诗》《书》、定《礼》《乐》，当时可有人斥为‘违背祖制’？”
她继而慷慨陈词：“新明格物，非为否定圣学，实为光大圣学！朱子若在世，见蒸汽之力可省民劳、见显微镜下微生物可防瘟疫、见燧发枪可御外侮，岂会斥为‘奇技淫巧’？恐将欣然曰：此正吾所谓‘即物穷理’之成果也！”
方孝孺勃然变色：“巧言令色！尔等海外立国，本就有违华夷之辨！”
徐妙锦立即反击：“三代之时，文王居西岐而王天下；汉唐盛世，长安洛阳胡商云集。华夷之辨在文化而非地理，在仁义而非血统！新明传播华夏衣冠、推行儒家教化于蛮荒之地，正是光大华夏文明！”
这场御前辩论持续三日，最终惊动深居简出的姚广孝。这位黑衣宰相深夜入宫，对朱标说出惊人之语：“陛下，老臣细读《格物全录》，发现其与阳明先生‘知行合一’之说暗合。若能在实践中求真知，在革新中守大道，或可开辟儒学新境……”
正当朝廷争论不休时，新明港的“文化反击战”取得突破性进展。格物院通过改良的印刷术，批量印制《科学三字经》《格物图解》，以通俗易懂的方式传播科学思想；说书人剧团创作出《吴铭大战西班牙》《蒸汽机传奇》等剧目，深受民众欢迎；更重要的是，在一次公开实验中，吴铭成功演示“雷电引火”，用科学原理解释了自然现象，极大动摇了神秘主义的根基。
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