初元元年（公元前 48 年）
春天正月辛丑日，汉宣帝被安葬在杜陵，朝廷大赦天下。
到了三月丙午日，王氏被立为皇后，她的父亲王禁被封为阳平侯。朝廷拿出三辅、太常、郡国公有的田地以及可以精简的皇家园林，用来安置和帮助贫苦百姓。对于那些资产不足一千钱的穷人，朝廷还提供种子和粮食的贷款。同时，汉宣帝外祖父平恩戴侯的表弟、担任中常侍的许嘉被封为平恩侯。
夏天六月，因为百姓中流行疫病，皇帝下令太官减少膳食供应，削减乐府的人员编制，减少皇家园林中马匹的数量，用节省下来的资源赈济生活困难的百姓。
秋天九月，关东十一个郡和国发生了严重的水灾，饥荒肆虐，甚至出现了人吃人的悲惨景象。朝廷紧急从周边郡县调拨钱粮进行救灾。
皇帝早就听说琅邪的王吉和贡禹精通儒家经典，品行高洁，就派使者去征召他们。可惜王吉在途中因病去世，贡禹到达后被任命为谏大夫。皇帝多次虚心地向贡禹请教治国理政的方法，贡禹上奏说：“古时候君主生活节俭，只征收十分之一的赋税，没有其他杂税和徭役，所以家家户户都能自给自足。高祖、文帝、景帝的时候，宫里的宫女不过十几人，马厩里的马匹也只有一百多匹。但后来的人争相追求奢侈，而且越来越严重，大臣们也跟着效仿。我觉得完全回到远古时代的做法很难，但也应该稍微借鉴古代的做法来约束自己。现在宫殿已经建好了，没办法改变，但其他方面都可以减少浪费。以前，齐国负责制作王室礼服的机构，每年进贡的衣物不过十箱；现在，齐国这三个制作礼服的机构，每个都有几千名工人，一年花费的钱财数以万计，皇家马厩里吃粮食的马将近一万匹。汉武帝的时候，又选了很多美女，后宫人数达到几千人。等到他去世，陪葬了大量的金银财宝、鸟兽鱼鳖等一百九十种东西，还把很多宫女安置在陵园里守陵。到了孝宣皇帝的时候，陛下不好说什么，大臣们也照着旧例办，这实在让人痛心！上行下效，导致天下人娶媳妇都追求数量多，诸侯的妻妾有的多达几百人，有钱有势的官吏和百姓养的歌女也有几十人，这就使得宫里有很多怨恨难平的女子，宫外有很多单身汉。普通百姓埋葬亲人时，也在地上大建坟墓，浪费钱财。这些过错的根源在于上面，大臣们因循守旧也有很大责任。希望陛下深入了解古代的治国之道，选择节俭的做法。大量减少皇帝使用的车马服饰等器物，削减三分之二；从后宫里挑选贤良的女子，留下二十人，其余的都送回家，各个陵园里没有子女的宫女，也都应该遣散；马厩里的马匹保留几十匹就够了，只留下长安城南的皇家园林作为打猎的地方。现在天下闹饥荒，难道不应该大力削减开支来拯救百姓，顺应天意吗？上天降生圣人，是为了万民，不只是让他自己享受的！”皇帝觉得他说得很有道理，就下诏书，命令那些很少有皇帝临幸的宫馆不用修缮；太仆减少喂马的粮食；水衡减少喂养食肉动物的肉类。
司马光评论说：忠臣侍奉君主，应该先指出那些困难但重要的问题，这样相对容易的问题不用费力就能解决；弥补君主的短处，那么君主的长处自然会得到发扬。汉元帝刚即位的时候，虚心向贡禹请教，贡禹应该先讲当下最紧急的事情，再讲不太着急的。当时，皇帝做事犹豫不决，奸臣当道弄权，这才是最大的祸患，贡禹却没有提到；而恭谨节俭，本来就是汉元帝一直想做的，贡禹却反复强调，这是为什么呢？如果贡禹的智慧不足以认识到这些问题，那他怎么能算贤能之人呢？要是他明明知道却不说，那罪过就更大了！
匈奴的呼韩邪单于又上书，说百姓生活困苦。皇帝下诏让云中、五原郡调拨两万斛粮食给匈奴。
这一年，汉朝首次设置戊己校尉，派他们在车师旧地屯田。
初元二年（甲戌 ，公元前 47 年）
春天正月，皇帝到甘泉宫，在泰畤举行祭天仪式。乐陵侯史高凭借外戚的身份主管尚书事务，前将军萧望之、光禄大夫周堪担任他的副手。萧望之是有名的儒者，他和周堪都因为曾经是皇帝的老师，受到皇帝的信任，皇帝多次召见他们，一起谈论国家的治乱兴衰，谋划治国大事。萧望之推荐宗室中精通经术、品行端正的散骑、谏大夫刘更生担任给事中，让他和侍中金敞一起在皇帝身边，随时纠正皇帝的过失。这四个人齐心协力，用古代的制度来劝导皇帝，提出了很多改革建议，皇帝大多都采纳了。史高在这个位置上只是挂个名，没什么实际作为，因此和萧望之产生了矛盾。
中书令弘恭、仆射石显，从汉宣帝时期就长期掌管朝廷机要事务，熟悉法令条文。汉元帝即位后身体不好，因为石显长期处理政务，又是宦官没有外面的党羽，看起来专注可靠，就把政事委托给他。不管事情大小，都通过石显向皇帝汇报并做出决定，石显因此权倾朝野，大臣们都对他恭敬有加。石显这人聪明机灵，善于办事，能摸透皇帝的心思。但他内心阴险狠毒，擅长诡辩，经常用不正当的手段中伤别人，谁要是得罪了他，哪怕是一点小矛盾，他都会用严酷的法律来报复。他还和车骑将军史高相互勾结，在讨论事情的时候，总是坚持旧例，不听从萧望之等人的意见。
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