刘秀去了怀县。吴汉带着耿弇、盖延在轵县西边攻打青犊军，把他们打得落花流水，青犊军只好投降。三月壬寅日，刘秀任命司直伏湛为大司徒。
涿郡太守张丰造反了，自称天上大将军，还和彭宠联合起来。朱浮见刘秀一直不出兵打彭宠，就上奏请求支援。刘秀回复说：“去年赤眉军在长安那么嚣张，我就料到他们没粮食肯定会往东跑，结果果然如此。现在这些叛贼也蹦跶不了多久，他们内部早晚会有人自相残杀。只是现在军需物资不够，得等麦子收了再说！”后来朱浮守的城里粮食吃完了，甚至出现了人吃人的惨剧，幸好耿况派骑兵来救他，他才逃了出来，蓟城也因此投降了彭宠。彭宠自称燕王，攻占了右北平、上谷好几个县，还贿赂匈奴，借兵壮大自己，又和南边的张步以及富平、获索等贼寇勾结在一起。
刘秀亲自带兵去征讨邓奉，到了堵阳，邓奉逃回到淯阳，董欣一看形势不妙，就投降了。夏天四月，刘秀追到小长安，和邓奉打了一仗，把邓奉打得大败。邓奉光着膀子，通过朱祜向刘秀请降。刘秀念在他以前立过功，而且这事也是因为吴汉抢掠他家乡才引发的，就想饶了他。但岑彭、耿弇劝说道：“邓奉忘恩负义造反，让军队在外征战了一年多，陛下亲自来了，他还不投降，直到打输了才服软。要是不杀了他，以后怎么震慑那些想造反的人！”于是刘秀只好杀了邓奉，还恢复了朱祜的职位。
延岑打败赤眉军后，就开始自己任命官员，想占据关中。当时关中的各路贼寇还很多，延岑占着蓝田，王歆占着下邽，芳丹占着新丰，蒋震占着霸陵，张邯占着长安，公孙守占着长陵，杨周占着谷口，吕鲔占着陈仓，角闳占着汧，骆延占着盩厔，任良占着鄠，汝章占着槐里，他们都自称将军，手里兵力多的有一万多人，少的也有几千人，还经常互相攻打。冯异一边打仗一边前进，把军队驻扎在上林苑。延岑带着张邯、任良来攻打冯异，冯异反击，把他们打得大败，那些原来依附延岑的势力也都跑来投降，延岑没办法，只好从武关逃到南阳。当时老百姓都快饿死了，一斤黄金只能换五升豆子，道路也不通，粮草运不过来，冯异的士兵只能靠野果充饥。刘秀下诏让南阳的赵匡当右扶风，带兵去帮冯异，还送了不少丝绸和粮食。冯异的兵力和粮草渐渐充足起来，就开始收拾那些不听号令的豪强，奖励那些投降有功的人，把各个营寨的首领都送到京城，遣散他们的手下回家种地，从此在关中树立起了威望。只有吕鲔、张邯、蒋震派人向蜀地的公孙述投降了，其他的都被冯异平定了。
吴汉带着骠骑大将军杜茂等七位将军，把苏茂围困在广乐，周建召集了十多万人来救苏茂。吴汉迎战时吃了败仗，还从马上摔下来伤了膝盖，只好退回营地，周建他们趁机进了城。将领们对吴汉说：“大敌当前，您却受伤躺着，大家心里都慌得很！”吴汉一听，立马振作起来，包扎好伤口，杀牛犒劳士兵，鼓励大家，士兵们的士气一下子就高涨起来。第二天，苏茂、周建出兵包围吴汉，吴汉奋力反击，把他们打得大败，苏茂只好逃回湖陵。睢阳的人造反，打开城门迎接刘永，盖延带着将领们去围攻睢阳；吴汉留下杜茂、陈俊守广乐，自己带兵去帮盖延一起围攻睢阳。
刘秀从小长安带兵返回，命令岑彭率领傅俊、臧宫、刘宏等三万多人向南攻打秦丰。五月己酉日，刘秀回到皇宫。
乙卯日是这个月的最后一天，出现了日食。
六月壬戌日，刘秀宣布大赦天下。
延岑攻打南阳，占领了好几座城池。建威大将军耿弇在穰县和他交战，把延岑打得大败。延岑只带着几个骑兵逃到东阳，投奔了秦丰，秦丰还把女儿嫁给了他。建义大将军朱祜率领祭遵等人在东阳和延岑交战，再次击败了他，延岑又逃回秦丰那里。朱祜于是南下，和岑彭等人的军队会合。延岑的护军邓仲况带兵占据阴县，刘歆和孙龚给他出谋划策。前侍中、扶风人苏竟写信劝说他们，邓仲况和孙龚就投降了。苏竟立了功却从不炫耀，后来隐居起来，一心追求自己的理想，最后在家中寿终正寝。秦丰在邓县抵抗岑彭，这年秋天七月，岑彭打败了他，接着把秦丰围困在黎丘。岑彭还另外派积弩将军傅俊带兵攻打江东地区，很快就平定了扬州。
盖延围攻睢阳长达一百天，刘永、苏茂、周建趁机突围，打算逃到酂县。盖延在后面紧追不舍，刘永的部将庆吾杀了刘永，带着他的首级投降。苏茂、周建逃到垂惠，一起拥立刘永的儿子刘纡为梁王。佼强则逃到西防坚守。这年冬天十月壬申日，刘秀前往春陵，祭祀祖先的陵园和宗庙。
耿弇找了个合适的时机，向刘秀表示，自己想北上召集上谷郡还没征调的兵力，先在渔阳平定彭宠，再到涿郡收拾张丰，然后回头消灭富平、获索的贼寇，最后向东攻打张步，平定齐地。刘秀觉得他想法很有气魄，就同意了。
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