贞观十七年（癸卯年，公元643年）
夏，四月庚辰朔日，纥干承基告发太子谋反。太宗下令长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李世积与大理寺、中书省、门下省共同审讯，太子谋反的证据已经确凿。太宗对侍臣说：“该如何处置承乾？”群臣没人敢回答，通事舍人来济进言说：“陛下不失为慈父，让太子得以善终，就是最好的结果！”太宗采纳了他的意见。来济是来护儿的儿子。
乙酉日，太宗下诏废黜太子李承乾为平民，囚禁在右领军府。太宗想赦免汉王李元昌的死罪，群臣坚决反对，于是下令李元昌在家中自尽，宽恕了他的母亲、妻子和子女。侯君集、李安俨、赵节、杜荷等人都被处死。左庶子张玄素、右庶子赵弘智、令狐德棻等人因没能劝谏阻止，都被罢官贬为平民。其余应当连坐的人，全部赦免。詹事于志宁因为多次劝谏，唯独受到慰劳勉励。任命纥干承基为佑川府折冲都尉，封爵平棘县公。
侯君集被逮捕后，贺兰楚石又到宫中告发他的谋反事迹，太宗召来侯君集对他说：“我不想让办案官吏侮辱你，所以亲自审讯你。”侯君集起初不承认。太宗召来贺兰楚石详细陈述事情的始末，又拿出侯君集与李承乾往来的书信给他看，侯君集无话可说，才认罪服法。太宗对侍臣说：“侯君集有功，我想饶他一命，可以吗？”群臣认为不可以。太宗于是对侯君集说：“我与你永别了！”说着流下眼泪，侯君集也趴在地上磕头；最终在闹市将他斩首。侯君集临刑前，对监刑将军说：“我侯君集一时失足落到这般地步！但我曾在陛下藩王府中侍奉，征战攻克两个国家，请求保全我的一个儿子来继承祭祀。”太宗于是赦免了他的妻子和儿子，将他们迁徙到岭南。查抄侯君集的家产时，发现两名美人，她们从小只喝人乳，不吃别的食物。
起初，太宗让李靖教侯君集兵法，侯君集对太宗说：“李靖要谋反了。”太宗问他原因，侯君集回答说：“李靖只教我粗浅的兵法，却隐藏了精髓，由此可知他要谋反。”太宗以此询问李靖，李靖回答说：“这是侯君集想谋反罢了。如今中原已经平定，我所教的兵法，足够制服四方夷狄，而侯君集执意要求学完我所有的兵法，不是想谋反又是什么！”江夏王李道宗曾经从容地对太宗说：“侯君集志向远大但智谋不足，自恃有一点功劳，不甘心位居房玄龄、李靖之下，虽然担任吏部尚书，仍不能满足他的野心。依我看来，他一定会作乱。”太宗说：“侯君集的才能，做什么不行！我难道舍不得高官厚禄，只是提拔要按顺序罢了，怎么能凭空猜测，随意产生猜疑呢！”等到侯君集谋反被诛杀，太宗才向李道宗道歉说：“果然像你说的那样！”
李安俨的父亲已经九十多岁，太宗怜悯他，赏赐奴婢来赡养他。
太子李承乾获罪后，魏王李泰每天入宫侍奉太宗，太宗当面答应立他为太子，岑文本、刘洎也劝说太宗立李泰；长孙无忌坚决请求立晋王李治。太宗对侍臣说：“昨天青雀（李泰的小名）扑到我怀里说：‘臣今天才真正成为陛下的儿子，这是重生的日子。臣有一个儿子，等臣死后，一定为陛下杀了他，传位给晋王。’人谁不疼爱自己的儿子，我看到他这样，非常怜悯他。”谏议大夫褚遂良说：“陛下说的话太失当了。希望陛下慎重思考，不要出错！哪有陛下去世后，魏王占据天下，还肯杀死自己的爱子，传位给晋王的道理！陛下先前已经立李承乾为太子，又宠爱魏王，给他的礼仪待遇超过了李承乾，才酿成今天的灾祸。前车之鉴不远，足以作为警示。陛下如今要立魏王，希望先安置好晋王，才能保证他的安全。”太宗流泪说：“我做不到！”于是起身入宫。魏王李泰担心太宗立晋王李治为太子，就对李治说：“你和李元昌关系很好，李元昌现在败亡了，你能不担忧吗？”李治因此面露忧色，太宗感到奇怪，多次询问他原因，李治才把情况告诉太宗；太宗怅然若失，开始后悔说过要立李泰为太子的话。太宗当面斥责李承乾，李承乾说：“臣身为太子，还有什么可求的！只是被李泰图谋陷害，时常与朝中大臣商议保全自己的办法，那些心怀不轨的人就趁机教唆臣做了不法之事。如今如果李泰成为太子，那正是落入了他的圈套。”
李承乾被废黜后，太宗驾临两仪殿，让群臣都退下，唯独留下长孙无忌、房玄龄、李世积、褚遂良，对他们说：“我三个儿子、一个弟弟，做出这样的事，我心里实在烦闷无措！”说着就扑倒在床上，长孙无忌等人连忙上前搀扶；太宗又抽出佩刀想要自杀，褚遂良夺下佩刀交给晋王李治。长孙无忌等人请求太宗表明心意，太宗说：“我想立晋王为太子。”长孙无忌说：“谨遵诏令；有持不同意见的，臣请求将他斩首！”太宗对李治说：“你舅舅答应你了，应该拜谢他。”李治于是下拜致谢。太宗对长孙无忌等人说：“你们已经同意我的意见，不知道外面的议论怎么样？”众人回答说：“晋王仁厚孝顺，天下人归心于他已经很久了，请求陛下试着召见百官询问，若有不同意见，臣愿以死谢罪。”太宗于是驾临太极殿，召见文武六品以上官员，对他们说：“李承乾叛逆，李泰也凶险狡诈，都不能立为太子。我想从诸子中挑选继承人，谁合适呢？你们坦率地说出来。”众人都欢呼说：“晋王仁厚孝顺，应当成为继承人。”太宗很高兴。当天，李泰率领一百多名骑兵到达永安门；太宗下令守门官员将他的骑兵全部阻挡在门外，只带李泰进入肃章门，囚禁在北苑。丙戌日，太宗下诏立晋王李治为皇太子，驾临承天门楼，大赦天下，允许百姓聚饮三天。太宗对侍臣说：“我如果立李泰为太子，就等于表明太子之位可以通过谋划得到。从今以后，太子失德，藩王窥伺太子之位的，都将两人一同废弃，将这个规定传给子孙后代，永远作为准则。况且立李泰为太子，李承乾和李治都不能保全；立李治为太子，李承乾和李泰就都能平安无事了。”
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