垂拱三年丁亥（公元687年）
春，闰正月丁卯日，朝廷册封皇子李成美为恒王，李隆基为楚王，李隆范为卫王，李隆业为赵王。
二月丙辰日，突厥首领骨笃禄等人侵犯昌平，朝廷任命左鹰扬大将军黑齿常之率领各路军队讨伐他们。
三月乙丑日，纳言韦思谦以太中大夫的官职退休。
夏四月，朝廷命令苏良嗣留守西京长安。当时尚方监裴匪躬负责管理京郊园林，打算售卖园中的蔬菜水果来获利。苏良嗣说：“从前公仪休担任鲁国宰相，还能拔掉自家菜园的葵菜、赶走织布的妻子，从没听说过天子售卖蔬菜水果的。”于是裴匪躬的计划作罢。
壬戌日，裴居道担任纳言。五月丙寅日，夏官侍郎京兆人张光辅升任凤阁侍郎、同平章事。
凤阁侍郎、同凤阁鸾台三品刘祎之私下对凤阁舍人永年人贾大隐说：“太后已经废黜昏君、拥立明君，何必还要临朝听政、行使皇帝权力！不如归还政权，来安定天下人心。”贾大隐秘密向太后上奏了这番话，太后很不高兴，对身边人说：“刘祎之是我提拔的，竟然背叛我！”有人诬告刘祎之接受归诚州都督孙万荣的金银，还和许敬宗的妾有私情，太后命令肃州刺史王本立审理此案。王本立向刘祎之出示太后的敕令，刘祎之说：“不经过凤阁、鸾台审核签发，怎么能叫敕令！”太后大怒，认为他抗拒朝廷使者；庚午日，赐刘祎之在家中自尽。刘祎之刚入狱时，唐睿宗为他上疏申辩，亲友们都向他道贺，刘祎之说：“这正是加速我死亡的原因啊。”临刑前，他沐浴更衣，神色镇定自如，亲自起草谢恩表，很快就写了好几张纸。麟台郎郭翰、太子文学周思均称赞他的文章。太后听说后，将郭翰降职为巫州司法参军，周思均降职为播州司仓参军。
秋七月壬辰日，魏玄同代理纳言一职。
岭南的俚族百姓过去只缴纳一半赋税，交趾都护刘延佑强迫他们缴纳全额赋税，俚族百姓不从，刘延佑诛杀了他们的首领。首领的同党李思慎等人发动叛乱，攻破安南府城，杀死了刘延佑。桂州司马曹玄静率领军队讨伐李思慎等人，将他们斩杀。
突厥首领骨笃禄、元珍侵犯朔州；朝廷派遣燕然道大总管黑齿常之率军迎击，任命右鹰扬大将军李多祚为副将，在黄花堆大败突厥军队，追击四十多里，突厥人全都逃散到沙漠以北。李多祚世代担任靺鞨酋长，凭借军功得以进入宫中担任警卫。黑齿常之每次得到赏赐，都会分给将士们；他有一匹好马被士兵损伤，下属请求鞭打那个士兵，黑齿常之说：“怎么能因为私人的马而鞭打朝廷的士兵呢！”最终没有追究。
九月己卯日，虢州人杨初成谎称自己是郎将，伪造皇帝诏令在集市上招募人手，准备到房州迎接庐陵王李显；事情败露后，被处死。
冬十月庚子日，右监门卫中郎将爨宝璧与突厥首领骨笃禄、元珍交战，全军覆没，爨宝璧单人匹马逃回。
爨宝璧见黑齿常之立下战功，便上表请求乘胜追击残余的敌人。朝廷下诏让他与黑齿常之商议，从远方进行声援。爨宝璧想独占功劳，不等黑齿常之，率领一万三千名精兵先行出发，出塞两千多里，偷袭突厥部落；到达目的地后，又先派人通报突厥人，让他们得以严密防备，双方交战，爨宝璧最终战败。太后诛杀了爨宝璧；将骨笃禄改名为“不卒禄”。
朝廷命令魏玄同留守西京长安。
武承嗣又派人诬告李孝逸自称“名字里有‘兔’，兔是月亮中的生物，应当有天子的名分”。太后因为李孝逸有功劳，十一月戊寅日，减免他的死罪，撤销官职和爵位，流放儋州，李孝逸最终死在那里。
太后打算派遣韦待价率军攻打吐蕃，凤阁侍郎韦方质上奏，请求按照旧制派遣御史监督军队。太后说：“古代贤明的君主派遣将领，将京城之外的军事事务全部委托给将领。近来听说御史监督军队，军中大小事务都要向御史禀报。以下级节制上级，这不符合典章制度；况且这样又怎能要求将领立下战功呢！”于是废除了御史监军的制度。
这一年，天下发生大饥荒，山东、关内地区尤为严重。
垂拱四年戊子（公元688年）
春正月甲子日，朝廷在神都洛阳建立唐高祖、唐太宗、唐高宗三座宗庙，春夏秋冬四季的祭祀礼仪和西京长安的宗庙相同。又建立崇先庙，用来祭祀武氏的祖先。太后命令有关部门商议崇先庙的殿室数量，司礼博士周悰请求设七间殿室，还建议将唐朝太庙的殿室减为五间。春官侍郎贾大隐上奏说：“按照礼仪，天子设立七座宗庙，诸侯设立五座宗庙，这是历代帝王不变的规矩。如今周悰引用没有根据的议论，违背经典记载，只是为了抬高太后临朝听政的权宜礼仪，不遵守国家的常规制度。皇太后亲自接受先帝的托付，弘扬伟大的谋划，崇先庙的殿室数量应当按照诸侯的标准，国家的太庙不应该随意变更。”太后于是作罢。
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