起初，废帝在东宫当太子时，有很多过失，孝武帝曾想废黜他，改立新安王刘子鸾，侍中袁觊极力称赞 “太子好学，有日新月异的进步”，孝武帝才打消念头；废帝因此感激袁觊。诛杀大臣后，废帝想提拔袁觊，让他执掌朝政，升任他为吏部尚书，袁觊与尚书左丞徐爰都因诛杀刘义恭等人的 “功劳”，被赐爵为县子。
徐爰善于逢迎侍奉，涉猎过不少经书传记，从元嘉初年就入宫侍奉皇帝，参与顾问应对；他既擅长附和皇帝心意，又能用经典文辞修饰言辞，所以被宋太祖（刘义隆）重用。大明年间，孝武帝对他的信任托付更加深重。当时宫廷和尚书省的旧臣大多被诛杀或驱逐，只有徐爰因善于迎合，始终没触犯皇帝；废帝对他更加优厚，其他大臣都比不上。废帝每次外出，常与沈庆之及山阴公主同乘一辆车，徐爰也能参与其中。
山阴公主是废帝的姐姐，嫁给驸马都尉何戢。何戢是何偃的儿子。山阴公主尤其淫荡放纵，曾对废帝说：“我和陛下，虽然性别不同，但都是先帝的子女。陛下后宫有上万女子，而我却只有驸马一人，事情太不公平了。” 废帝于是为山阴公主挑选了三十个面首（男宠），安置在她身边，还晋升她为会稽郡长公主，俸禄与郡王相同。吏部郎褚渊容貌俊美，山阴公主向废帝请求让褚渊侍奉自己，废帝答应了。褚渊侍奉公主十天，不断被逼迫，他以死发誓，才得以脱身。褚渊是褚湛之的儿子。
废帝命令在太庙另外绘制先祖的画像，他进入太庙后，指着宋高祖（刘裕）的画像说：“他是大英雄，活捉了好几个天子。” 指着宋太祖（刘义隆）的画像说：“他也不错，只是晚年被儿子砍了头。” 指着宋世祖（刘骏）的画像说：“他是个大酒糟鼻，为什么画像上没有酒糟鼻？” 立即召来画工，命令给世祖画像加上酒糟鼻。
废帝任命建安王刘休仁为雍州刺史，湘东王刘彧为南豫州刺史，却都把他们留在京城，不派他们赴任。
八月甲戌日，任命司徒、扬州刺史、豫章王刘子尚兼任尚书令。八月乙亥日，任命始兴公沈庆之为侍中、太尉；沈庆之坚决推辞。征召青、冀二州刺史王玄谟为领军将军。
北魏将文成帝（拓跋濬）安葬在金陵，庙号为高宗。
九月癸巳日，废帝前往湖熟；九月戊戌日，返回建康。
新安王刘子鸾曾受到孝武帝的宠爱，废帝对他心怀忌恨。九月辛丑日，派使者赐刘子鸾死，又杀死他的同母弟弟南海王刘子师以及同母妹妹，还挖开殷贵妃的陵墓；又想挖掘景宁陵（孝武帝陵墓），太史认为这样做对废帝不利，才停止。
起初，金紫光禄大夫谢庄为殷贵妃撰写诔文，其中有 “赞轨尧门” 一句（将殷贵妃比作汉武帝的钩弋夫人，钩弋夫人是汉昭帝之母）。废帝认为谢庄把殷贵妃比作钩弋夫人，想杀死谢庄。有人劝废帝说：“死亡是每个人都会经历的，一时的痛苦，不足以让他难受。谢庄出身富贵，现在把他关在尚方署（掌管兵器制造的官署，也关押罪犯），让他尝尝天下的苦难，然后再杀他，也不晚。” 废帝听从了这个建议。
徐州刺史义阳王刘昶，一向被孝武帝厌恶，民间常谣传刘昶要谋反；这一年，谣言尤其厉害。废帝常对身边人说：“我即位以来，还没经历过戒严，真让人不痛快！” 刘昶派典签蘧法生向建康呈递奏表，请求入朝，废帝对蘧法生说：“义阳王和太宰（刘义恭）谋反，我正想讨伐他。现在他知道请求回来，很好！” 又多次责问蘧法生：“义阳王谋反，你为什么不报告？” 蘧法生恐惧，逃回彭城；废帝趁机出兵讨伐刘昶。九月己酉日，废帝下诏讨伐刘昶，朝廷内外实行戒严。废帝亲自领兵渡过长江，命令沈庆之统领各路军队担任前锋。
蘧法生回到彭城，刘昶立即聚集军队谋反；他向管辖的各郡发布檄文，各郡都不接受他的命令，还斩杀他派去的使者，将领僚属也都心怀二心。刘昶知道谋反不能成功，抛弃母亲和妻子，带着宠妾，连夜与几十名骑兵打开北门逃奔北魏。刘昶涉猎过学问，擅长写文章。北魏人看重他，让他娶公主为妻，任命他为侍中、征南将军、驸马都尉，赐爵为丹阳王。
吏部尚书袁觊，起初被废帝宠信重用，不久就不合废帝心意，待遇突然变差，废帝还让有关部门弹劾他的罪状，罚他以平民身份留任。袁觊恐惧，假意请求外调。九月甲寅日，任命袁觊为督雍、梁等四州诸军事、雍州刺史。袁觊的舅舅蔡兴宗对他说：“襄阳的星象不吉利，怎么能去那里？” 袁觊说：“‘眼前刀剑相交，就顾不上躲避流箭了。’这次出行，只希望能逃出虎口罢了。况且天道遥远，不一定都能应验！”
当时，临海王刘子顼任都督荆、湘等八州诸军事、荆州刺史，朝廷任命蔡兴宗为刘子顼的长史、南郡太守，代理府、州事务，蔡兴宗推辞不去。袁觊劝蔡兴宗说：“朝廷的形势，人人都看得清楚。留在京城的大臣，朝不保夕，舅舅现在外任荆州，代理八州事务，我在襄阳、沔水一带，地势优越、兵力强盛，距离江陵近在咫尺，水陆交通便利。如果朝廷发生变故，我们可以共同建立齐桓公、晋文公那样的功业，难道不比受制于残暴的君主、面临不可预测的灾祸更好吗？现在有机会离开却不走，以后再想请求外调，还能行吗！” 蔡兴宗说：“我出身寒门，靠正常晋升，与皇上关系疏远，不至于有祸患。宫廷内外，人人自危，总会发生变故。如果京城的灾难能平息，外地的变故也未必能预料。你想在外寻求安全，我想在朝中避免灾祸，各自按自己的想法行事，不也很好吗！”
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