李斯听说后，就给二世上书揭发赵高的短处：“赵高专权擅势，与陛下无异。从前田常担任齐简公的相国，窃取齐简公的恩威，下得百姓，上得群臣，最终弑杀齐简公，夺取齐国，这是天下皆知的事。现在赵高有邪恶的野心，反叛的行为，私家的财富如同田氏在齐国一样，而且贪得无厌，追求利益无休无止，他的权势仅次于陛下，他的欲望无穷无尽，他劫持陛下的威信，他的野心就像韩玘担任韩安相的时期一样。陛下若不早作打算，我担心他会作乱啊。”二世说：“丞相说的这是什么话！赵高不过是个宦官，但他从不放纵自己，也不因危险而改变心意，洁身自好，行善积德，靠忠诚得到晋升，靠信义保住地位，我确实认为他很贤能。而你却怀疑他有不轨之心，这是为什么呢？况且我不信任赵高，还能信任谁？赵高为人精明廉洁，了解下情，上能适应我的需求，你不要再怀疑他了！”二世非常信任赵高，担心李斯会杀他，于是私下就把这事告诉了赵高。赵高说：“丞相最担心的就是我，我若死了，丞相就会像田常一样行事。”
此时，东方的盗贼越来越多，关中的士兵源源不断地被派往东方攻打盗贼。右丞相冯去疾、左丞相李斯、将军冯劫进谏说：“如今关东盗贼四起，秦军进行追击，杀死了很多人，但盗贼仍然不止。盗贼之所以多，是因为戍边、漕运、转输、劳役繁重，赋税太重，让他们苦不堪言，没有了活路，所以才起兵反抗。请陛下暂停阿房宫的修建，减少四边的戍守和转输。”二世说：“拥有天下的人，就是为了能够肆意享乐，君主的法令严明，臣下就不敢为非作歹，这样才能统治天下。虞、夏的君主，贵为天子，却亲自忍受穷苦来为百姓操劳，这还有什么法治可言！况且先帝从诸侯起家，统一天下，平定天下后，外御四夷以此来安定边境，修建宫室以此来彰显自己的功业，你们也都看到了先帝的功业。如今我即位才两年，便盗贼四起，你们不仅不能禁止，还想废除先帝的功业，这是上对不起先帝，下不为我尽忠，你们还有什么资格在位？”于是将冯去疾、李斯、冯劫下狱，追究其他罪行。冯去疾、冯劫在狱中自杀，只有李斯被关押。二世将李斯交给赵高审理，赵高心想可让我逮到机会了，这次非整死你不可。于是指控李斯与其子李由谋反，然后逮捕了他们的宗族和宾客。赵高对李斯严刑拷打，用尽了那些酷刑，李斯无法忍受刑罚带来的痛苦，最终就认罪了。
李斯之所以没有自杀，是因为他自负有辩才，而且对秦朝有大功业，实际上并无反心，希望通过上书自辩清白，希望二世醒悟并赦免他。于是他从狱中上书说：“我担任丞相治理百姓，已经三十多年了。当初秦国的土地狭小，不过千里，士兵只有数十万。我竭尽所能，暗中派遣谋臣，资助他们金玉，让他们去游说诸侯；暗中修整甲兵，整顿政教，选拔勇士，尊崇功臣；最终胁迫韩国，削弱魏国，攻破燕、赵，平定齐、楚，统一六国，俘虏他们的君王，立秦王为天子。又向北驱逐胡、貉，向南平定北越，以此来彰显秦国的强大。改革制度，统一度量衡，颁布法令，树立秦国的威名。这些都是我的罪过，我早该死了！幸得陛下让我尽忠，才活到今天。希望陛下明察！”上书后，赵高让狱吏丢弃不报，说：“囚犯怎么能上书！”可怜李斯到这一步还没有认清形势，还希望通过这种方式来活下去，岂不可笑？
赵高派他的门客伪装成御史、谒者、侍中，轮流审讯李斯，李斯每次如实回答，就会遭到更严厉的拷打。后来二世派人验证李斯的供词，李斯以为还是赵高的人，最终不敢改口。供词确认后，二世高兴地说：“要不是赵高，我差点被丞相出卖！”等到二世派去调查李由的人到达三川时，李由已经被楚军杀死。使者回来时，李斯已经被下狱，赵高编造了李斯谋反的供词，最终判处李斯五刑，在咸阳市腰斩。李斯出狱时，与他的次子一起被押赴刑场。他回头对儿子说：“我想和你再牵着黄狗，一起出上蔡东门追逐狡兔，还能做到吗！你想的还挺美，于是父子相拥而泣，李斯最终被灭三族。二世于是任命赵高为丞相，事无大小都由他决定。李斯作为秦始皇的重要谋臣，提出远交进攻的策略，瓦解六国联盟，并在统一后主张废除分封制，推行郡县制，加强中央集权，奠定了中国2000多年封建政治制度的基本框架。他建议秦始皇焚烧百家典籍，仅保留法家、农医等实用书籍。坑杀方士儒生，虽为思想控制，但也导致文化断层，这一点被后世诟病为思想专制之始。因为嫉妒陷害同门韩非的才能，设计害死了这位法家的集大成者。沙丘之谋，秦始皇死后与赵高合谋篡改遗诏，逼死公子扶苏，立胡亥为帝，加速了秦朝的崩溃，最终被赵高诬陷谋反遭遇腰斩的刑罚，被灭族。一生追求权利，却因权益被杀，岂不可悲？
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