伏隆死了之后，刘秀就派吴汉率领耿弇、盖延在轵县西面去攻打青犊军，此战达到了预期效果，不仅打败了青犊军，还收编了剩余部众。
三月，刘秀就任命司直伏湛担任大司徒。
刘秀刚任命完伏湛，涿郡太守张丰就反叛了，还称自己是“天上大将军”，他还和彭宠建立了联盟。朱浮因为刘秀没有亲自征讨彭宠，就给朝廷上疏请求救援。面对朱浮的求救，刘秀回复说：“当年赤眉军在长安横行霸道，我就料到他们会因为粮食的问题向东撤，如今也正如我所料。现在这些反贼更加不堪一击，朕估计过不了多久，他们必定会出现内部分裂的情况。再说了，现在我军粮草严重不足，就算出兵也得等到麦收之后！”这时的朱浮因为城中没吃的，都出现了人吃人的现象，还好耿况派了骑兵前来救援，朱浮这才得以幸免于难，蓟城也落入了彭宠的手中。拿下蓟城之后，彭宠就自称是燕王，随后又攻占了右北平、上谷等几个县，又派使者带着金银珠宝去贿赂匈奴，还向他们借兵助战；又向南联合张步及富平、获索等地的贼寇，与他们建立了联系。
这时的刘秀亲自率军征讨邓奉，大军到达堵阳后，邓奉就逃回了淯阳，董欣则是投降了汉军。夏天四月，刘秀就带兵追击邓奉，一直追到了小长安，双方在这进行了一场战斗，结果邓奉大败。眼看大势已去，邓奉就袒露上身，通过朱祜来投降。刘秀觉得邓奉在以前也是功臣，而且事情的起因是吴汉劫掠了他的家乡，所以就想宽恕他。但是岑彭和耿弇就劝谏说：“邓奉背叛陛下的恩德，又带着部队干了好几年打家劫舍的事，现在陛下亲自前来征讨，可他仍然不知悔改，直到兵败后才想着投降；如果不诛杀邓奉，就没办法惩处奸邪之事！”于是就斩杀了邓奉，同时恢复了朱祜的职位。
延岑在打败赤眉军后，就马上安排官员，想要占领关中地区。那会儿关中还有好多贼寇，延岑占据着蓝田，王歆占据着下邽，芳丹占据着新丰，蒋震占据着霸陵，张邯占据着长安等，这些人少的有几千人，多的有上万人，还互相打来打去的。冯异则是一边打仗一边推进，最后驻扎在了上林苑。这时的延岑就拉着张邯、任良一起去打冯异，结果被冯异反杀，把他们打得大败，原本跟着延岑的人都投降了冯异。延岑没办法，只好从武关逃到南阳。那时候的老百姓都饿坏了，就连黄金都不值钱了，一斤黄金才能换五升豆子，路也不通，粮食运不过来，冯异的士兵就只能摘野果子充饥。后来刘秀就派赵匡带着兵、拉着钱粮去帮助冯异。冯异有了人马和粮食后，就开始收拾那些不听话的人，他奖励那些投降的贼寇，然后把贼寇首领送到京城，并遣散他们的手下，还让大家回家种地，这下关中大部分地方都被他平定了，只有吕鲔、张邯、蒋震跑去投靠了蜀地的势力。
另一边，吴汉带着杜茂等七个将军把苏茂包围在了广乐，周建又召集了十多万人来救援苏茂。吴汉跟他们打了一仗，但是没打赢，还从马上摔下来伤了膝盖，就只能回营休息。周建他们就趁机进了城。这时，手下将领们就跟吴汉说：“敌人来势汹汹，您又受伤躺着，士兵们都害怕得不行！”吴汉听了，就忍着伤痛起来，杀牛给士兵们加餐鼓劲，大家一下子又有了斗志。第二天，苏茂、周建就出兵包围了吴汉，吴汉带人拼命反击，最终把他们打得大败，而苏茂就逃到湖陵去了。这时候睢阳又有人造反，他们迎接刘永进城，盖延就带着人去围攻睢阳。而吴汉则是留下杜茂、陈俊镇守广乐，自己带兵去帮盖延攻打睢阳。
就在吴汉等人打的火热的时候，刘秀就从小长安率军返回了洛阳，他还命令岑彭率领傅俊、臧宫、刘宏等三万多人南下去攻打秦丰。五月，刘秀才回到宫中。
到了六月，因为出现日食，朝廷就宣布大赦天下。
延岑去攻打南阳，占领了好几座城池。建威大将军耿弇就在穰县跟他打了一仗，结果把延岑打得大败。延岑只带着几个骑兵逃到了东阳，然后投奔了秦丰，秦丰还把女儿嫁给了他。就在这时，建义大将军朱祜带着祭遵等人就追到了东阳，结果又把延岑给打败了，延岑只能又跑回秦丰那儿。而朱祜在打完这仗之后，就南下和岑彭他们会合了。延岑手下有个护军叫邓仲况，带着人占据了阴县，刘歆和孙龚两人就给他出主意。看到邓仲况占据了阴县，苏竟就写了封信劝邓仲况投降，结果邓仲况和孙龚还真的就投降了。苏竟这人很低调，从来不炫耀劝降的功劳，就喜欢在家隐居，安安稳稳地过自己的日子。而秦丰则在邓县抵抗岑彭的进攻，到了七月，还是被岑彭给打败了。紧接着，岑彭就把秦丰给包围在了黎丘，还派积弩将军傅俊带兵去攻打江东，最后把扬州全打下来了。
盖延把睢阳围了一百天后，刘永、苏茂、周建实在扛不住了，就突围往酂县逃去。盖延则在后面紧追不舍，就在这紧张刺激的时候，刘永的手下庆吾为了投降，直接把刘永给杀了，然后带着刘永的首级就投降了盖延。而苏茂和周建逃到垂惠后，就拥立刘永的儿子刘纡当梁王。佼强则逃到了西防，自己守着地盘。冬天十月，刘秀回到老家春陵，去祭祀自家的祖庙。
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