公元98年夏季五月，京师洛阳发生大水灾，搞得百姓生活苦不堪言。
秋季七月，司空韩棱去世。
八月，朝廷任命太常太山人巢堪为司空。
冬季十月，又有五个州发生了水灾。
本月，征西将军刘尚和越骑校尉赵世因畏敌怯战被人弹劾，下狱后被免职。随后，谒者王信就接管了刘尚的部队驻扎在枹罕，谒者耿谭接管了赵世的部队驻扎在白石。耿谭上任后，就设立了悬赏令，专门用来招降羌人各部，羌人首领迷唐看到汉朝将领的这种操作，心里害怕极了，于是就向王信和耿谭请求投降。王信和耿谭接受了他的投降，随后就撤军了。到了十二月，迷唐就率领族人到朝廷进贡。
戊寅日这天，梁节王刘畅去世了。当初，居巢侯刘般去世时，他的儿子刘恺应当继承爵位，但他遵从父亲的遗愿，将爵位让给了弟弟刘宪，自己则长期隐居。有关部门就奏请取消刘恺的封国。汉章帝非常赞赏他的这种行为，于是就对他特殊对待，但刘恺仍然不肯出仕。十多年后，有关部门再次奏请此事，侍中贾逵就上书说：“孔子曾说‘能以礼让治国的人，还有什么困难呢？’有关部门不体谅刘恺的善心，反而用常规的法律来约束他，这恐怕这不利于弘扬谦让的风气，成就宽厚的教化。”皇帝觉得他说的有道理，就采纳了他的建议，并下诏说：“王法崇尚善行，能够成全人的美德，现在允许刘宪继承爵位。但是此事为只是特例，以后不得援引。”于是朝廷就征召刘恺，并任命他为郎官。
本年，南匈奴单于师子去世，单于长的儿子檀继位，被称为万氏尸逐鞮单于。
到了公元99年夏季四月，朝廷又宣布大赦天下。
随后，皇帝就在朝会上召见那些儒生，并让中大夫鲁丕与侍中贾逵、尚书令黄香等人辩论经义。皇帝十分赞赏鲁丕的观点，退朝后就特别赏赐给了他衣冠。鲁丕于是就上书说：“臣听说讲解经书的人，应当传述先师的观点，而不是发表个人的见解，对此不能互相谦让；如果互相谦让，道理就无法明确，这就像规矩和权衡不能随意改变一样。辩论者必须阐明所说观点的依据，讲解者务必确立义理，而那些浮华无用的言辞就不应出现在讨论中，这样才能不费精力而让道术更加彰显。对于不同的解释，应让各方陈述师承的观点，广泛观察其义理，不要让草野之人因言论获罪，也不要让偏远地区的见解被遗漏。”
公元100年夏季四月，秭归山发生山崩。
秋季七月，天象又发生了日食。
九月，太尉张酺被免职。随后，朝廷就任命大司农张禹为太尉。
烧当羌首领迷唐入朝后，他的族人就不足两千了，而且生活困苦，根本无法保护自己，于是就迁入金城居住。朝见结束后，皇帝就命令迷唐率领族人返回大、小榆谷，但是迷唐认为汉朝修建了河桥，那汉朝军队就随时可能来袭击，而且原来的地方已经无法居住，于是就以族人饥饿为由，拒绝远行。护羌校尉吴祉等人就多次赏赐迷唐金银布帛，让他去购买粮食和牲畜。但是呢，朝廷催促他出塞的命令就让族人更加猜疑和惊恐了。于是，迷唐就再次反叛了，还胁迫湟中的胡人一起掠夺物资，然后才志得意满的离去了。王信、耿谭、吴祉因此被弹劾。
到了公元101年秋季八月，北宫的盛馔门发生了火灾。
迷唐反叛后，就再次回到了赐支河曲，然后又率军逼近边塞。面对迷唐的入侵，护羌校尉周鲔就与金城太守侯霸以及各郡的军队、属国的羌人、胡人联合出兵，总共有三万人，然后走到了允川这个地方。就在这个地方，侯霸带兵击败了迷唐，打的他的族人四散逃离，投降的就有六千多人，然后这些人就被分别迁往汉阳、安定、陇西这些地方居住。此后，迷唐的势力就开始衰弱了，他本人更是逃到了赐支河源头，依附发羌居住。后来迷唐病死，他的儿子就带着几十户族人投降了汉朝。
本月，荆州又发生了水灾。
到了冬季十一月，皇帝就下诏说：“幽州、并州、凉州人口稀少，边役繁重，优秀官吏的晋升机会有限。安抚夷狄应以人为本，现命令边境郡县人口十万以上的，每年推举一名孝廉；不满十万的，每两年推举一人；五万以下的，每三年推举一人。”鲜卑入侵右北平，随后进入渔阳，渔阳太守击退了他们。
戊辰日这天，司徒吕盖因年老多病请求退休。
这时的巫蛮许圣因郡守收税不公，就心怀怨恨，最后起兵反叛了，辛卯日这天，他就待人侵犯南郡。
公元102年春季，安定郡的降羌烧何族人反叛了，结果被郡兵击败并消灭。此时，西海以及大、小榆谷一带已经没有羌人的侵扰。看到这种局面，隃麋国相曹凤就上书说：“自从建武年间以来，西羌犯法者大多从烧当族开始。他们之所以如此，就是因为他们居住在大、小榆谷，那里土地肥沃，有西海的鱼盐之利，又依靠黄河作为屏障。此外，他们还靠近塞内的其他羌族，很容易就为非作歹，朝廷也难以讨伐他们，因此他们才能够强大起来，常常称雄于诸羌，又凭借其权势和勇力，招诱羌人和胡人。如今他们衰败困顿，党羽离散，逃亡栖身于发羌之地。臣愚蠢的认为应趁此时重建西海郡县，巩固大、小榆谷的防御，并在那里广泛设置屯田，以此来阻断羌人与胡人往来的道路，遏制他们狂妄狡诈的野心。同时，要大量的种植谷物以充实边疆的物资，减少朝廷的运输负担，使国家不再有西方的忧患。”皇帝觉得他说的有道理，就采纳了他的建议，下令修缮了旧西海郡，迁金城西部都尉驻守，任命曹凤为金城西部都尉，屯驻在龙耆。后来屯田范围扩大，沿河两岸又设立了屯田点，总共三十四处。这一工程即将完成时，恰逢永初年间诸羌反叛，于是被迫中止。
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