桓玄任命桓弘为青州刺史，镇守广陵；任命刁逵为豫州刺史，镇守历阳。桓弘是桓修的弟弟；刁逵是刁彝的儿子。
这时，刘裕与何无忌同乘一条船返回京口，秘密谋划恢复晋朝皇室。刘迈的弟弟刘毅住在京口，也与何无忌商议讨伐桓玄。何无忌说：“桓氏势力强盛，能图谋吗？”刘毅说：“天下之事本就有强有弱，若行事违背道义，再强也会变弱，只怕找不到能主持大事的人。”何无忌说：“天下民间并非没有英雄。”刘毅说：“我所见的只有刘裕（时任下邳太守）。”何无忌笑而不答，回去后把这话告诉刘裕，于是与刘毅确定谋反计划。
起初，太原人王元德和弟弟王仲德曾为前秦苻氏起兵攻打后燕君主慕容垂，失败后前来投奔晋朝，朝廷任命王元德为弘农太守。王仲德见桓玄称帝，对人说：“自古以来改朝换代，确实不止一个家族，但如今起兵的人，恐怕不足以成就大事。”
平昌人孟昶任青州主簿，桓弘派孟昶到建康，桓玄见到孟昶后很欣赏他，对刘迈说：“在出身寒微的士人里找到一个可任尚书郎的人，你和他是同乡，是否认识？”刘迈一向与孟昶关系不好，回答说：“我在京口时，没听说孟昶有特殊才能，只听说他们父子频繁互相赠诗罢了。”桓玄笑着不再提此事。孟昶听说后非常怨恨刘迈，回到京口后，刘裕对孟昶说：“民间应当会有英雄崛起，你听说过吗？”孟昶说：“如今的英雄还能有谁，正是你啊！”
于是刘裕、刘毅、何无忌、王元德、王仲德、孟昶，以及刘裕的弟弟刘道规、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、河内太守陇西人辛扈兴、振威将军东莞人童厚之，共同谋划起兵。刘道规任桓弘的中兵参军，刘裕派刘毅到长江北岸与刘道规、孟昶会合，一起杀死桓弘，占据广陵；诸葛长民任刁逵的参军，派他杀死刁逵，占据历阳；王元德、辛扈兴、童厚之留在建康，让他们聚集部众攻打桓玄作为内应；约定日期同时行动。
孟昶的妻子周氏家境富裕，孟昶对她说：“刘迈在桓玄面前诋毁我，让我一生难以得志，我决心要造反。你不如趁早和我断绝关系，若我将来得到富贵，再接你团聚也不晚。”周氏说：“你父母还在世，却想策划非凡的谋反大事，这哪里是妇人能劝阻的！若事情失败，我会在官府中侍奉你的父母，绝没有回娘家的打算。”孟昶怅然失意了很久才起身。周氏叫住孟昶让他坐下，说：“看你的举动，不是要和我商量，不过是想要财物罢了。”接着指着怀里的孩子说：“就算卖掉这个孩子，我也不会吝惜。”于是拿出全部家产资助孟昶。孟昶弟弟孟顗的妻子，是周氏的堂妹，周氏哄她说：“昨夜梦见很不吉利的事，家里红色的东西应该全部拿来镇邪。”堂妹相信了她，就把红色物品都拿来，周氏把它们全部缝制成士兵的战袍。
何无忌夜里在屏风后起草檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，登上阁楼暗中观察，哭着说：“我比不上东海的吕母（西汉末年起义领袖），这是很明显的了。你能有这样的志向，我还有什么遗憾！”她问与何无忌同谋的人是谁，何无忌说：“是刘裕。”母亲更加高兴，接着向他分析桓玄必定失败、起兵必定成功的道理，鼓励他。
乙卯日，刘裕借口打猎，与何无忌召集部众，得到一百多人。丙辰日清晨，京口城门打开，何无忌穿着传达诏令的官服，谎称是朝廷使者，走在前面，部众跟在后面一起进城，立即斩杀桓修示众。桓修的司马刁弘率领文武官员前来救援，刘裕登上城墙对他们说：“江州刺史郭昶之已在寻阳侍奉皇帝复位，我们都接到秘密诏书，诛杀叛逆党羽，如今叛贼桓玄的首级应当已悬挂在朱雀航（建康重要浮桥）上了。你们难道不是大晋的臣子吗？现在来这里想做什么？”刁弘等人相信了，于是收兵撤退。
随后，刘裕问何无忌：“现在急需一名府主簿，去哪里找呢？”何无忌说：“没人比刘道民更合适了。”刘道民就是东莞人刘穆之。刘裕说：“我也认识他。”于是立即派人骑马去召刘穆之。当时刘穆之听到京口的喧哗声，早晨起床后走到路边，正好与使者相遇。刘穆之盯着使者看了很久没说话，随后返回屋内，把粗布衣服改制成裤子，前去见刘裕。刘裕说：“我们刚发起大义，正面临艰难，急需一名军吏，你认为谁能胜任？”刘穆之说：“您的府署刚建立，军吏确实需要有才能的人，仓促之间，大概没有比我更合适的了。”刘裕笑着说：“你能屈就，我的大事就能成功了。”当即在座位上任命刘穆之为主簿。
孟昶劝说桓弘在当天出去打猎，天还没亮，桓弘就打开城门让猎人出城；孟昶与刘毅、刘道规率领几十名壮士径直闯入府内，桓弘正在喝粥，当即被斩杀。他们趁机收编部众渡过长江。刘裕派刘毅诛杀刁弘。
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