丙戌日，刘裕声称接受晋安帝的秘密诏书，让武陵王司马遵以“承制”（代行皇帝职权）的身份总领百官事务，加授侍中、大将军，随即宣布大赦，只有桓玄一族不被宽恕。
刘敬宣、高雅之联合青州豪门大族和鲜卑族首领，谋划杀死南燕君主慕容备德，推举司马休之为主君。慕容备德任命刘轨为司空，十分宠信他。高雅之想邀请刘轨一起谋划，刘敬宣说：“刘公年老体弱，有在齐地安度晚年的想法，不能告诉他。”高雅之最终还是告诉了刘轨，刘轨没有同意。密谋泄露，刘敬宣等人向南逃跑，南燕人抓住刘轨并杀死他，追上高雅之，也将其杀死。刘敬宣、司马休之逃到淮河、泗水之间，听说桓玄战败，就前来归附东晋，刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
南燕君主慕容备德听说桓玄战败，便命令北地王慕容钟等人领兵准备夺取江南地区，恰逢慕容备德生病，此事才停止。
夏季四月己丑日，武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外都对他恭敬有加；任免百官的文书称为“制书”，发布的指令称为“令书”。任命司马休之为监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
庚寅日，桓玄挟持晋安帝到达江陵，桓石康接纳了他们。桓玄重新任命百官，任命卞范之为尚书仆射。他自认为战败逃跑后，担心政令无法推行，于是更加严苛地制定刑罚，众人更加离散怨恨。殷仲文劝谏，桓玄发怒说：“现在因为众将不遵守军纪，天象也不吉利，所以才回到旧楚之地（江陵）；而这些小人纷纷胡乱提出异议！正该用严厉的手段纠正，不能施行宽纵的政策。”荆州、江州各郡听说桓玄流亡，有人上奏表慰问他的起居，桓玄都不接受，反而命令各地祝贺他迁都江陵。
起初，王谧是辅佐桓玄篡位的核心大臣，桓玄接受禅让时，王谧亲手解下晋安帝的玺绶；等到桓玄战败，众人认为王谧应当被处死，刘裕却特意保全了他。刘毅曾在朝会时，问王谧皇帝的玺绶在哪里。王谧内心不安，逃到曲阿。刘裕写信给武陵王司马遵，请求迎接王谧回来恢复职位。
桓玄的侄子桓歆带领氐族首领杨秋侵犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起打败他们，在练固斩杀杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人到何澹之等人那里，共同驻守湓口。何无忌、刘道规到达桑落洲，庚戌日，何澹之等人率领水军迎战。何澹之平时乘坐的战船装饰着羽毛仪仗和旗帜，十分显眼，何无忌说：“贼寇首领肯定不在这艘船上，是想欺骗我们，应该尽快攻打它。”众人说：“何澹之不在里面，攻下它也没用。”何无忌说：“现在我们寡不敌众，作战不可能全胜，何澹之既然不在这艘船上，船上的士兵必定薄弱，我们用精锐兵力攻打，一定能攻下；攻下它，贼寇的气势就会受挫，我们的士气就会倍增，趁机逼近他们，一定能打败贼寇。”刘道规说：“好！”于是进军攻打并占领了那艘船，随即大声呼喊：“已经抓住何澹之了！”何澹之的军队顿时就陷入了混乱。何无忌的部下也信以为真，乘胜进攻何澹之等人，最终大败敌军。
何无忌等人攻克湓口，进军占据寻阳，派遣使者护送宗庙神主返回京城。朝廷加授刘裕都督江州诸军事。
桑落洲之战中，胡籓乘坐的战船被官军烧毁，胡籓穿着全套铠甲跳入水中，潜水三十多步，才得以登岸。当时去江陵的路已经断绝，他就返回豫章。刘裕一向听说胡籓为人忠诚正直，便征召他担任参领军军事。
这时，桓玄收拢荆州的兵力，不到三十天，就聚集了两万人，战船、武器装备十分充足。甲寅日，桓玄再次率领各路军队挟持晋安帝向东进军，任命苻宏为梁州刺史，担任前锋；又派散骑常侍徐放先行出发，劝说刘裕等人：“如果能撤军解甲，我会与你们重新开始，各自授予官职，保证你们不失名分。”
刘裕任命诸葛长民为都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗郁久闾社仑的堂弟郁久闾悦代大那谋划杀死社仑，没有成功，逃奔北魏。
后燕君主慕容熙在龙腾苑修建逍遥宫，房屋连在一起有几百间，还开凿了曲光海。当时正值盛夏，士兵得不到休息，中暑而死的人超过一半。
西凉世子李谭去世。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领部众从寻阳向西进军，五月癸酉日，与桓玄在峥嵘洲相遇。刘毅等人的兵力不足一万人，而桓玄的士兵有几万人，众人都很畏惧，想退回寻阳。刘道规说：“不行！敌众我寡，强弱形势不同，现在如果畏惧退缩，必定会被敌军趁机进攻，就算退回寻阳，又怎能守住呢！桓玄虽然盗用名义自称雄豪，内心其实胆怯；再加上他已经战败逃跑过，部众没有坚定的斗志。在战场上决战，意志坚定的一方能取胜，不在于人数多少。”于是指挥部众率先前进，刘毅等人紧随其后。
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