江陵自从卢循东下后，就没有收到建康的消息，盗贼四起。荆州刺史刘道规派遣司马王镇之率领天门太守檀道济、广武将军彭城人到彦之率军入京救援建康。檀道济是檀祗的弟弟。
王镇之抵达寻阳时，被苟林击败。卢循听说后，任命苟林为南蛮校尉，分派兵员给他，让他乘胜攻打江陵，声称徐道覆已经攻克建康。桓谦在途中招募旧部和义士，百姓投奔他的有两万人。桓谦驻守枝江，苟林驻守江津，两路叛军逼近江陵，江陵的官员百姓大多怀有二心。刘道规于是召集将士，对他们说：“桓谦现在就在附近，听说各位中有不少人有离开的打算，我从东边带来的文武官员足够应对事务，如果有人想离开，我绝不禁止。”于是在夜间打开城门，直到天亮都不关闭。众人都敬畏服从，没有一人离开。
雍州刺史鲁宗之率领数千人从襄阳赶赴江陵。有人说鲁宗之的意图难以预测，刘道规独自骑马迎接他，鲁宗之感动喜悦。刘道规让鲁宗之留守江陵，把他当作心腹托付，自己率领各路军队攻打桓谦。众将佐都说：“现在远道出兵讨伐桓谦，取胜难以保证。苟林近在江津，窥探我们的动静，如果他来攻城，鲁宗之未必能坚守；万一有差错，大事就完了。”刘道规说：“苟林愚昧懦弱，没有奇计，他认为我离城不远，必定不敢攻城。我现在攻打桓谦，一到就能攻克；在他犹豫不决的时候，我已经返回了。桓谦失败后，苟林就会吓破胆，哪里有时间来攻城！况且鲁宗之独自坚守，怎么会支撑不了几天！”于是率军火速攻打桓谦，水陆并进。桓谦等人大规模部署水军，加上步兵骑兵，在枝江交战。檀道济率先冲锋攻破敌阵，桓谦等人大败。桓谦独自乘船逃往苟林处，刘道规追击并斩杀了他。返回江陵途中，抵达涌口时，讨伐苟林，苟林逃走，刘道规派遣咨议参军、临淮人刘遵率领军队追击。起初，桓谦抵达枝江时，江陵的官员百姓都给桓谦写信，告知城内虚实，想做内应；到这时，刘道规查获了这些信件，却全部烧毁不看，众人于是安定下来。
江州刺史庾悦任命鄱阳太守虞丘进为先锋，多次击败卢循的军队，进军占据豫章，切断卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵斩杀苟林。
桓石绥趁卢循入侵之机，在洛口起兵，自称荆州刺史；征阳县令王天恩自称梁州刺史，袭击并占据西城。梁州刺史傅韶派遣儿子、魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，将他们全部斩杀，桓氏家族就此灭亡。傅韶是傅畅的孙子。
西秦王乞伏乾归攻打后秦的略阳、南安、陇西等郡，全部攻克，将两万五千户百姓迁徙到苑川和枹罕。
九月甲寅日，北魏将拓跋珪安葬在盛乐金陵，谥号为宣武，庙号为烈祖。
刘毅坚决请求追击卢循，长史王诞暗中对刘裕说：“刘毅已经战败，不宜再让他立功。”刘裕听从了他的建议。冬季，十月，刘裕率领兖州刺史刘籓、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等人南下攻打卢循，任命刘毅为监太尉留府，后方事务都托付给他。十月癸巳日，刘裕从建康出发。
徐道覆率领三万士兵进军江陵，突然抵达破冢。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及追召，人心大为震动。有人传言卢循已经平定京城，派遣徐道覆来担任荆州刺史，江汉地区的官员百姓因感激刘道规烧毁信件的恩德，没有再怀二心。刘道规派刘遵另外率领游击军队，自己在豫章口抵御徐道覆，先锋部队失利；刘遵从外围横向袭击，大败叛军，斩杀一万多人，叛军跳水淹死的几乎殆尽。徐道覆独自乘船逃回湓口。起初，刘道规让刘遵率领游击军队，众人都认为“强敌当前，只担心兵力不足，不应分割现有兵力，把军队放在无用的地方”。等到击败徐道覆，最终靠的是游击军队的力量，众人才心服。
鲜卑族仆浑部落、羌族句岂部落、输报部落、邓若部落等，率领两万多户百姓向西秦投降。
王仲德等人听说刘裕大军即将到达，在南陵进攻范崇民，范崇民的战船分别停泊在长江两岸。十一月，刘钟亲自去侦察叛军，天降大雾，叛军用钩子钩住他的战船。刘钟于是率领身边士兵攻打叛军战船的舱门，叛军急忙关闭舱门抵抗。刘钟从容返回，与王仲德一起攻打范崇民，范崇民逃走。
十一月癸丑日，益州刺史鲍陋去世。谯道福攻陷巴东，杀死守将温祚、时延祖。
卢循驻守广州的士兵没有防备海路，十一月庚戌日，孙处从海路突然抵达，恰逢大雾，从四面攻城，当天就攻克广州城。孙处安抚当地旧民，诛杀卢循的亲党，整顿军队严密防守，分别派遣沈田子等人攻打岭南各郡。
刘裕的军队驻扎在雷池，卢循扬言不攻打雷池，要顺江直下。刘裕知道他想交战，十二月初二（己卯），进军到大雷。十二月初三（庚辰），卢循、徐道覆率领几万士兵沿江而下，前后的战船一眼望不到头。刘裕出动全部轻捷战船，率领各路军队合力攻击；又分派步兵骑兵驻扎在西岸，岸上的军队投掷火把焚烧叛军战船，一时间烟火冲天。卢循的军队大败，逃回寻阳；准备前往豫章，于是全力用栅栏阻断左里。十二月十九（丙申），刘裕的军队抵达左里，无法前进。刘裕指挥士兵准备交战，手中的指挥旗旗杆突然折断，旗帜沉入水中，众人都感到奇怪和恐惧。刘裕笑着说：“往年在覆舟之战中，旗杆也折断过，现在又这样，叛军必定会被击败。”随即下令攻打栅栏，向前推进。卢循的军队虽然拼死作战，却无法阻挡。卢循独自乘船逃走，被杀死和跳水淹死的叛军共一万多人。刘裕接纳叛军的投降者，赦免了被逼迫跟随叛军的人，派遣刘籓、孟怀玉率领轻装军队追击卢循。卢循收拢逃散的士兵，还有几千人，径直返回番禺；徐道覆逃走，据守始兴。刘裕任命建威将军褚裕之为广州刺史。褚裕之是褚裒的曾孙。刘裕返回建康。刘毅厌恶刘穆之，常常在和刘裕闲谈时说刘穆之权力太大，刘裕却更加亲近信任刘穆之。
北燕广川公冯万泥、上谷公冯乳陈，自认为是皇室宗室，有大功，认为应当入朝担任辅政大臣。北燕王冯跋因他们镇守外地重任在身，长期不征召他们入朝，两人都心怀怨恨。这一年，冯乳陈暗中派人告诉冯万泥说：“我有重要的计划，希望和叔父一起谋划。”冯万泥于是逃到白狼，与冯乳陈一起反叛，冯跋派遣汲郡公冯弘和张兴率领两万步兵骑兵讨伐他们。冯弘先派人向他们说明祸福；冯万泥想投降，冯乳陈不同意。张兴对冯弘说：“叛军明天会出战，今晚必定会来偷袭我们的军营，应当做好防备。”冯弘于是暗中命令士兵每人准备十束草，储存火种，埋伏士兵等待叛军。当天夜里，冯乳陈果然派遣一千多名壮士前来劫营，各处火种同时点燃，伏兵趁机拦击，将叛军全部俘获斩杀。冯万泥、冯乳陈恐惧，出城投降，冯弘将他们全部斩杀。冯跋任命范阳公冯素弗为大司马，改封辽西公；任命冯弘为骠骑大将军，改封中山公。
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