随后，刘裕商议迁都洛阳，谘议参军王仲德说：“迁都这样的非凡之事，本来就不是普通人能理解的，必定会引起朝野震动。如今军队在外征战已久，士兵们都想回家，迁都的计划，不能现在讨论。”刘裕于是放弃了迁都的想法。
这时，有十几万羌族部众向西逃往陇山，沈林子追击到槐里，俘获了上万人。
河西王沮渠蒙逊听说太尉刘裕消灭了后秦，非常愤怒。门下校郎刘祥进宫奏事，沮渠蒙逊说：“你听说刘裕入关，还敢如此轻慢！”于是将刘祥斩首。起初，夏王赫连勃勃听说太尉刘裕讨伐后秦，就对大臣们说：“姚泓不是刘裕的对手，而且他兄弟内部叛乱，怎么能抵抗别人！刘裕必定能夺取关中。但刘裕不能长期留在关中，一定会南归江南，留下子弟和将领驻守，我夺取关中就像拾取草芥一样容易。”于是赫连勃勃秣马厉兵，训练士兵，进军占据安定，秦岭以北的郡县戍守部队都向他投降。刘裕派使者给赫连勃勃送去书信，约定结为兄弟；赫连勃勃让中书侍郎皇甫徽起草回信，却暗中熟记信的内容，面对刘裕的使者，口头授意舍人写下回信。刘裕读了回信，感叹说：“我不如他啊！”
此时，广州刺史谢欣去世，东海人徐道期聚集部众攻陷广州城，进而攻打始兴郡，始兴相彭城人刘谦之讨伐并斩杀了徐道期。朝廷下诏任命刘谦之为广州刺史。
癸酉日，司马休之、司马文思、司马国璠、司马道赐、鲁轨、韩延之、刁雍、王慧龙以及桓温的孙子桓道度、桓道子、同族人桓谧、桓璲、陈郡人袁式等人，都到北魏长孙嵩军中投降。后秦匈奴镇将姚成都和他的弟弟姚和都献出镇地投降北魏。北魏国主拓跋嗣下诏，民间百姓若能抓获姚氏子弟送到平城，就给予赏赐。冬季十月己酉日，拓跋嗣召长孙嵩等人返回平城。司马休之不久后在北魏去世。北魏赐予司马国璠淮南公爵位，司马道赐池阳子爵位，鲁轨襄阳公爵位。刁雍上奏请求到南部边境效力，拓跋嗣任命他为建义将军。刁雍在黄河、济水之间聚集部众，骚扰徐州、兖州；太尉刘裕派兵讨伐，但没能攻克，刁雍进军驻守固山，部众达到两万人。
随后，朝廷下诏晋升宋公刘裕的爵位为王，增加十个郡的封地；刘裕推辞不接受。
西秦王乞伏炽磐派左丞相昙达等人攻打后秦旧将姚艾，姚艾派使者请求归降，乞伏炽磐任命姚艾为征东大将军、秦州牧。征召王松寿为尚书左仆射。
十一月，北魏叔孙建等人讨伐西山丁零部落的翟蜀洛支等人，平定了该部落。
辛未日，刘穆之去世。太尉刘裕听说后，震惊悲痛，哀悼惋惜了好几天。起初，刘裕想留在长安规划治理西北地区，但各位将领僚属都因长期征战想回家，大多不愿意留下。恰逢刘穆之去世，刘裕认为朝廷后方没有可靠的托付之人，于是下定决心东归江南。
刘穆之去世后，朝廷上下惶恐不安，有人想下诏任命太尉左司马徐羡之接替刘穆之的职位，中军谘议参军张邵说：“现在确实情况紧急，但任命的最终决定权在徐羡之那里；不过世子刘义符没有独自任命官员的权力，应当先咨询刘裕。”刘裕想任命王弘接替刘穆之，从事中郎谢晦说：“王弘（字休元）为人轻率，不如徐羡之稳重。”于是任命徐羡之为吏部尚书、建威将军、丹阳尹，代管朝廷留守事务。从此，过去由刘穆之决定的朝廷大事，都要向北面的刘裕请示。
刘裕任命次子桂阳公刘义真为都督雍、梁、秦、凉四州诸军事、安西将军，兼任雍州、东秦州刺史。刘义真当时只有十二岁。任命太尉谘议参军京兆人王修为长史，王镇恶为司马、兼任冯翊太守，沈田子、毛德祖都为中兵参军，仍任命沈田子兼任始平太守，毛德祖兼任秦州刺史、天水太守，傅弘之为雍州治中从事史。
在此之前，寄居在关中的陇山流民，希望借助刘裕的兵威返回故土；等到刘裕设置东秦州，流民们知道刘裕没有再向西进军的意图，于是都叹息失望。
关中人一向敬重王猛，刘裕攻克长安，王镇恶的功劳最大，因此南方来的将领都嫉妒他。沈田子自认为在峣柳之战中立下战功，与王镇恶争功，心中不满。刘裕即将东归，沈田子和傅弘之多次对刘裕说：“王镇恶的家在关中，不能保证他忠诚可靠。”刘裕说：“现在留下你们这些文武将领和一万精锐士兵，他如果想作恶，正好足以让他自取灭亡。不要再多说了。”刘裕又私下对沈田子说：“钟会之所以没能实现叛乱，是因为有卫瓘（西晋大臣，牵制钟会）在。俗话说‘一只猛兽比不上一群狐狸’，你们十几个人，还怕王镇恶吗！”
对此，司马光说：古人有句话：“怀疑就不要任用，任用就不要怀疑。”刘裕既然把关中托付给王镇恶，却又私下对沈田子说这样的话，这是故意挑起他们的争斗，让他们叛乱啊。可惜啊！百年的强敌，千里的土地，艰难地夺取，却轻率地失去，让丰京、鄗京那样的古都重新落入敌人手中。荀子说：“兼并土地容易做到，巩固统治却很困难。”确实是这样啊！
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