不知过了多久，小智重重地摔在地上，疼得他眼前发黑，浑身骨头像是散了架，尤其是后背，像是被巨石碾过一样。他挣扎着爬起来，用手撑着地面，咳嗽了几声，才发现自己身处一个昏暗的地下洞穴中，周围弥漫着潮湿的泥土味和淡淡的硫磺味，空气又闷又冷，让人呼吸困难。皮卡丘从他怀里探出头，小爪子揉了揉被撞疼的脑袋，又用爪子摸了摸小智的脸颊，对着小智“皮卡皮卡”地叫着，眼神里满是担忧，小尾巴紧紧卷着小智的手腕。不远处，火箭队三人组正四脚朝天地躺在地上，武藏捂着脑袋哀嚎：“疼死我了！这是什么鬼地方？黑漆漆的，连个灯都没有，不会是地狱吧？我的发型都乱了！”小次郎和喵喵也挣扎着爬起来，脸上、身上全是灰尘，头发被碎石砸得乱糟糟的，小次郎的眼镜都摔碎了一片，看起来狼狈不堪。
“大家都没事吧？”小智朝着黑暗中大喊，声音在洞穴里回荡。很快，黑暗中传来了小蓝、小霞、小琴和娜姿的回应，带着一丝颤抖，却都没有大碍。几人互相搀扶着，借着从洞穴顶部缝隙透进来的微弱光线——那光线像是从天上漏下来的碎银，勉强照亮了周围的环境，慢慢聚到一起。洞穴里布满了奇形怪状的钟乳石，有的像倒悬的利剑，尖端还挂着晶莹的水珠，随时可能滴落；有的像垂落的冰柱，表面光滑如玉；地面上散落着许多破碎的石头，还有不少带着古老纹路的化石碎片，有的像鱼类的骨骼，有的像甲壳类的外壳，空气中的古老气息比地面上更加浓郁，让人仿佛穿越到了千万年前的史前世界。
突然，小智腰间的一颗神奇宝贝球开始发出微弱的紫色光芒，像是黑暗中跳动的鬼火，紧接着，一道耀眼的紫光闪过，千年鬼斯通从球里飘了出来，周身萦绕着淡淡的紫色雾气。它漂浮在半空中，透明的身体在昏暗的光线下泛着淡淡的光晕，那双红色的眼睛警惕地扫视着四周，瞳孔因紧张而微微收缩，语气带着一丝不安，声音都有些发颤：“这里不对劲，充满了古老又暴躁的气息，好像有什么沉睡已久的东西被刚才的爆炸声惊醒了……这种气息好可怕，比我在幽灵塔见过的任何幽灵系神奇宝贝都要凶，像是来自远古的愤怒！”
鬼斯通的话还没说完，洞穴深处突然传来一阵“沙沙”的声响，像是无数只爪子抓挠岩石的声音，密密麻麻，让人头皮发麻。紧接着，无数双血红的眼睛在黑暗中亮起，像一颗颗诡异的红色灯笼，从洞穴的各个角落冒出来，有的在高处的钟乳石上，有的在地面的石缝里，有的在远处的阴影中，数量多得数不清，看得人浑身发冷。小智和伙伴们瞬间紧张起来，皮卡丘浑身的毛都竖了起来，像一只炸毛的小猫，对着黑暗发出“皮卡皮”的警告声，小爪子紧紧抓着小智的衣服，指甲都快嵌进布料里；小霞下意识地后退一步，握紧了腰间的神奇宝贝球，手心全是冷汗：“这……这么多红色的眼睛，到底是什么东西？太吓人了！”
随着一阵沉重的脚步声，像是巨兽在行走，震得地面都微微颤动，一群巨大的神奇宝贝从黑暗中缓缓走了出来——它们有的长着坚硬的青灰色甲壳，甲壳上布满了尖锐的突起，像是镶嵌着无数把小匕首，长长的镰刀状前肢闪着寒光，每挥动一下都能听到“唰”的破空声，仿佛能轻易斩断钢铁，正是远古化石神奇宝贝镰刀盔；有的背着螺旋状的黄褐色贝壳，贝壳上印着深浅不一的纹路，像是大自然绘制的密码，身体像章鱼一样柔软，十条触须在地上拖曳着，留下一道道湿痕，是同样古老的菊石兽。
这些神奇宝贝的眼睛都是血红色的，瞳孔里充满了狂暴的气息，像是被点燃的火焰，显然是被刚才的爆炸惊扰，从沉睡中被强行唤醒，变得异常暴躁。它们对着小智一行人发出凶狠的吼叫声，镰刀盔挥舞着锋利的前肢，在空中划出一道道寒光，似乎要将眼前的“入侵者”撕碎；菊石兽则喷出一串串冰冷的水柱，水柱打在钟乳石上，发出“砰砰”的声响，将坚硬的岩石都砸出了小坑，显然是把他们当成了破坏家园的敌人。
“这么多镰刀盔和菊石兽！”小霞惊呼道，声音都有些发颤，双腿忍不住微微发抖，“它们看起来好凶，而且数量太多了，我们该怎么办？我们的精灵根本不够对付这么多啊！”小智深吸一口气，强迫自己冷静下来，双手紧握成拳，眼神变得坚定，像是下定了决心：“现在只能战斗了！我们必须想办法让它们冷静下来，不然都会被它们攻击！鬼斯通，用催眠术干扰它们，尽量控制住一部分，先减轻压力！”
鬼斯通飘在空中，看着眼前密密麻麻的远古神奇宝贝，透明的身体虽仍有些发颤，像风中摇曳的烛火，却咬牙稳住心神，眼神变得坚定：“好……好嘞！看我的！”它双眼泛起浓郁的紫色光晕，催眠术的能量如同无形的烟雾，朝着最前排的几只镰刀盔笼罩而去。与此同时，小智迅速抛出神奇宝贝球：“比比鸟，出来吧！用烈暴风牵制它们，别让它们靠近！”白光闪过，比比鸟振翅高飞，在洞穴中盘旋，翅膀扇动出强烈气流，形成一股小型风暴，将几只冲在最前面的镰刀盔吹得东倒西歪，站立不稳。“火恐龙，喷射火焰攻击菊石兽！它们怕火，这是我们的优势！”小智紧接着下令，火恐龙迈着有力的步伐上前，张开嘴，一道炽热的火焰喷射而出，火焰带着“呼呼”的声响，像一条燃烧的火蛇，击中了两只菊石兽。菊石兽发出痛苦的嘶鸣，身体因惧怕火焰而连连后退，甲壳上都被火焰燎得发黑。“暴鲤龙，守住前方，用水炮阻挡冲过来的敌人！”小智最后抛出一颗球，蓝色的暴鲤龙在狭窄的洞穴中勉强舒展身躯，巨大的尾巴摆动间，带起一阵狂风，一道粗壮的水柱从它口中喷涌而出，如同奔腾的小溪，暂时逼退了冲在最前的几只化石精灵，在地面上形成一片水洼。
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