皇太极大喜，他正打算参照漠南蒙古旧例，于喀尔喀蒙古亦设若干旗，
不料突然病死，而未推行。
但漠北喀尔喀蒙古三部，并不甘心，于公元1640年，
漠北喀尔喀蒙古三部在与漠西卫拉特蒙古四部，
即，准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部、土尔扈特部，
会盟于塔尔巴哈台，
双方共同缔结了《蒙古卫拉特法典》，
决定联合，一致地对抗东面的满清，
从此，漠北喀尔喀蒙古、漠西卫拉特蒙古，与满清的关系，开始趋于恶化。
公元1646年，满清顺治三年，
喀尔喀蒙古的车臣汗硕垒，策动漠南苏尼特东路首领塔巴海达尔汉和硕齐之子腾机思发动叛乱。
与此同时，喀尔喀蒙古的土谢图汗部的领袖二楚虎尔，也趁机掳掠漠南蒙古巴林部人畜，
本来清朝已许配给腾机思一位郡主，封他为和硕额驸、札萨克多罗郡王，诏世袭罔替。
腾机思是蒙古雄主达延汗的六世孙，
但他受到车臣汗硕垒诱惑，一心想要恢复祖上荣光，
就与弟弟腾机特和手下诸台吉叛清，投奔车臣汗，想要合兵一处闹出大动静。
此刻，左翼二汗联兵抗击清军，
右翼俄木布额尔德尼等，又抢掠归化城土默特部落。
满清廷针对这次喀尔喀部的新动向，
多尔衮立即任命豫亲王多铎为扬威大将军，带领多罗承泽郡王硕塞，
动员京师八旗和外藩科尔沁、察哈尔等蒙古八旗兵力追击。
多尔衮明确交代多铎，如果可能，把车臣汗硕垒也一并一网打尽，“务尽根诛”。
喀尔喀蒙古虽勇，却不是身经百战的多铎的对手，
在布尔哈图被追上并击败，腾机思的儿子巴图、侄儿多尔济，台吉茂海都被阵斩。
喀尔喀蒙古的车臣汗硕垒、土谢图汗衮布，两人没有坐视不理，
而是派自己儿子们率两万喀尔喀联军增援腾机思，
蒙古联军在扎济布拉克回身与清军又大战一场，
结果还是没有悬念，再次被击败。
第二天，车臣汗硕垒又派四个儿子率兵马三万余人与清军决战，
经过鏖战，清军再次大胜，
一路追杀出二十多里，硕垒和腾机思只得远遁色楞格河。
在外面窝了一年，眼看实在打不过清军，
于顺治四年，公元1647年，
喀尔喀蒙古的车臣汗硕垒、土谢图汗衮布，
两人先后遣使向满清谢罪，后获得多尔衮的赦免，
满清顺治五年，公元1648年，
漠南苏尼特东路首领塔巴海达尔汉和硕齐之子腾机思，
两人也宣布归降，后多尔衮重新恢复了两人的爵位，
但这么一折腾，腾机思没多久就病死。
经过腾机思叛乱事件，清朝展示出了强大的军力，
漠北喀尔喀和漠西卫拉特贵族，本以为建立同盟之后可以谋求彻底独立，并能拉回已归附清朝的漠南蒙古，
但第一次与多尔衮刀兵相见，就遭到如此惨败，给他们当头一记闷棍。
腾机思事件虽然结束，但余波却还没平息，
漠北的喀尔喀蒙古和漠西的卫拉特蒙古，这两部距离满清核心势力范围比较远的两部蒙古与清朝的关系，
依旧处于紧张之中，不肯诚心臣服！
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