机械执政官调出仪式流程：“净化仪式分为三个阶段 —— 第一阶段，七大首领注入各自文明的本源能量，激活祭坛的平衡纹路；第二阶段，将七大核心的能量与基石能量融合，形成‘净化能量场’；第三阶段，借助净化能量场，剥离基石中的黑暗污染能量，将其导入跨宇宙共鸣网络，彻底净化。每个阶段都需要严格把控能量输出，一旦出现偏差，仪式会立刻失败。”
仪式准备工作快速展开，七大首领分别站在祭坛的七个能量槽旁，将各自的本源能量注入纹路；陈玄则将平衡基石放在祭坛中央的能量台，七大核心的能量顺着纹路，缓缓向基石汇聚。当所有准备工作就绪时，枢纽的探测仪突然发出警报：“域外残魂再次发起突袭！十五道残魂突破了外围的第一层防御圈，正快速向枢纽的地下核心室靠近，预计十分钟后抵达！”
“残魂果然来了！” 陈玄握紧光剑，平衡核心的能量在掌心凝聚，“暗影使者、时空守护者，你们随我前往核心室入口，拦截残魂；剩余首领继续准备仪式，不能因残魂突袭中断准备，否则我们会失去清除污染的最佳时机！”
三人快速向核心室入口疾驰，入口处的双能机械兵已做好战斗准备，净化能量炮对准入口通道。十分钟后，十五道残魂的身影出现在通道尽头，它们的身体因吞噬了更多能量，已凝聚成接近实体的形态，手中的黑暗能量刃泛着冰冷的光芒。“跨宇宙的守护者，放弃吧！基石已被我们污染，仪式只会加速污染扩散，最终整个跨宇宙都会被黑暗能量吞噬！” 残魂首领嘶吼着，带领其他残魂向入口发起攻击，黑暗能量刃如暴雨般袭来。
“平衡能量?净化屏障！” 陈玄释放平衡核心的能量，在入口处构建一道金黑屏障，挡住黑暗能量刃的攻击；暗影使者释放暗影能量，将五道残魂暂时困住；时空守护者用时空能量冻结另外五道残魂的行动；双能机械兵的净化能量炮同时发射，金黑能量击中被困的残魂，五道残魂瞬间消散。
剩余五道残魂见势不妙，试图转身逃离，却被及时赶来的联盟战舰拦截，净化能量炮击中残魂，彻底将其消灭。当最后一道残魂被净化时，陈玄松了一口气，快速返回跨宇宙祭坛 —— 此时，仪式准备工作已全部完成，七大核心与基石的能量已做好融合准备，只待七大首领共同启动仪式。
“净化仪式正式开始！” 机械执政官的声音响起，七大首领同时将更多的本源能量注入祭坛纹路 —— 七大核心的能量顺着纹路，与基石的能量完美融合，形成一道巨大的金黑净化能量场，笼罩住整个祭坛。能量场中，基石表面的暗黑色污染能量开始逐渐剥离，化为一道道黑色的能量丝，被能量场导入跨宇宙共鸣网络，彻底净化。
可就在仪式进行到最后阶段，污染能量即将被完全剥离时，陈玄突然感受到，剥离的黑暗能量丝中，传来一丝与残魂能量不同的 “古老能量波动”—— 这股波动带着强烈的 “黑暗本源” 气息，与远古文献中记载的 “黑暗本源” 能量高度相似！“银镯检测到，残魂污染能量中含有‘黑暗本源’的能量残留！这种能量是远古时期威胁跨宇宙的黑暗势力的核心能量，早已被远古守护者封印，没想到会通过残魂污染再次出现！” 苏璃的声音带着震惊，“若继续将污染能量导入共鸣网络，可能会唤醒沉睡的黑暗本源，引发更大的危机！”
陈玄心中一沉，此时仪式已进行到关键阶段，若强行中断，基石会被剩余的污染能量彻底摧毁；若继续进行，又可能唤醒黑暗本源，让跨宇宙面临新的灭顶之灾。“继续仪式！” 陈玄做出决断，“黑暗本源即使被唤醒，我们也能联合七大文明的力量将其重新封印；但如果基石被摧毁，跨宇宙的能量平衡会立刻崩溃，我们没有选择！”
七大首领继续注入本源能量，净化能量场的强度再次提升，剩余的污染能量被快速剥离，导入跨宇宙共鸣网络。当最后一丝污染能量被净化时，平衡基石重新焕发出耀眼的金色光芒，与七大核心的能量完美融合，跨宇宙的能量平衡也随之恢复稳定。
可就在此时，跨宇宙共鸣网络突然传来一阵剧烈的能量波动 —— 被导入的污染能量中，那丝黑暗本源能量竟在网络中快速扩散，唤醒了沉睡在网络深处的部分黑暗能量，形成一道微弱的黑暗能量信号，向宇宙深处传递而去。“黑暗本源的能量信号被激活了！它正在向未知的宇宙区域传递，显然是在召唤其他的黑暗势力！” 苏璃的声音带着焦急，银镯检测到，信号传递的方向，正是之前从未探索过的 “黑暗宇宙带”。
陈玄凝视着祭坛中央的平衡基石，心中清楚，虽然成功清除了基石的污染，恢复了跨宇宙的能量平衡，但唤醒的黑暗本源能量，却为跨宇宙埋下了新的危机。“通知所有联盟成员，加强对黑暗宇宙带的监测，密切关注黑暗能量信号的动向；同时开始研究封印黑暗本源的方法，一旦黑暗势力出现，我们能立刻做出应对！” 在遥远的黑暗宇宙带中，一道巨大的黑色身影正悬浮在虚空中，它感受到了来自跨宇宙共鸣网络的黑暗能量信号，眼中闪过一丝冰冷的光芒。“沉睡了亿万年，终于再次感受到同伴的召唤了吗？跨宇宙，这一次，我们会彻底占领你，让黑暗笼罩每一个角落！”
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