陈玄握紧核心能量，心中清楚，现在不是清除种子的最佳时机 —— 距离黑暗能量阵激活还有最后三小时，必须尽快返回跨宇宙能量枢纽，将核心能量与七大圣地的能量结合，清除种子后再阻止阵法激活。“立刻撤离神殿！返回枢纽！” 陈玄下令，众人快速向神殿外撤离，当他们穿过黑暗能量墙时，墙体正好触发自爆机制，冲击波将周围的陷阱全部摧毁，却被机械兵的净化能量护罩挡住，未能造成任何损失。
“黑暗探查号” 快速驶离黑暗神殿，向跨宇宙能量枢纽疾驰而去。舰桥内，陈玄将核心能量放在净化能量容器中，平衡基石的能量持续注入容器，压制意识种子的活动：“苏璃，通知七大圣地，提前准备纯净能量，我们返回后立刻进行种子清除；时空守护者，调整共鸣仪式的流程，将种子清除环节加入仪式前的准备阶段，确保仪式时核心能量不会出现异常；暗影使者，加强枢纽的防御，防止黑暗本源在我们返回前发起突袭。”
两小时后，“黑暗探查号” 抵达跨宇宙能量枢纽，七大文明的首领已带着各自圣地的纯净能量在枢纽等候。众人快速前往地下核心室的跨宇宙祭坛，将核心能量放入祭坛中央，七大圣地的纯净能量顺着祭坛的纹路，缓缓注入核心 —— 淡金色、绿色、银白色等七种能量在核心周围形成一道能量漩涡，暗黑色的意识种子在漩涡中快速被中和，最终化为无害的宇宙能量，彻底消失。
“意识种子已清除！核心能量恢复纯净！” 苏璃的声音带着兴奋，核心能量的暗黑色光芒逐渐变为淡金色，与七大圣地的能量完美融合，“现在可以前往远古封印，用核心能量阻止黑暗能量阵激活，为共鸣仪式扫清障碍！”
陈玄带领众人，乘坐 “黑暗探查号”，向远古封印疾驰而去。此时，距离黑暗能量阵激活还有最后半小时，封印周围的阵纹已亮起暗黑色的光芒，能量波动越来越强烈，显然激活已进入倒计时。“还有十分钟！核心能量已准备就绪！” 机械向导的头部屏幕显示着核心的能量状态，“需要将核心能量注入能量阵的‘反激活节点’，节点位于阵法的中央，周围有三道残余的黑暗能量屏障，需要突破屏障才能注入能量。”
当战舰抵达封印外围时，三道黑暗能量屏障已出现在眼前，屏障表面的阵纹与能量阵完全一致，显然是黑暗本源最后的防御。“双能机械兵，释放净化能量炮，攻击屏障的薄弱点！我与暗影使者负责突破屏障，注入核心能量！” 陈玄下令，机械兵的主炮同时发射，金黑能量束击中屏障，屏障出现裂缝；陈玄与暗影使者趁机穿过裂缝，将核心能量注入反激活节点 —— 淡金色能量顺着节点快速扩散，暗黑色的阵纹逐渐黯淡，能量阵的激活进度开始快速下降。
当激活进度降至 0% 时，黑暗能量阵彻底停止工作，阵纹的光芒完全消失，远古封印的能量波动恢复稳定。“成功了！黑暗能量阵已被阻止激活！” 众人松了一口气，可陈玄却注意到，封印的裂缝中，仍有一丝微弱的黑暗能量在缓慢流动，与之前的黑暗本源能量有所不同，似乎蕴含着更古老的能量气息。
“银镯检测到，封印裂缝中的黑暗能量，与远古时期的‘黑暗本源始祖’能量高度相似！” 苏璃的声音带着凝重，“显然黑暗本源并非黑暗势力的源头，始祖的能量仍在封印深处沉睡，若共鸣仪式未能彻底加固封印，始祖很可能会苏醒，引发比黑暗本源更严重的跨宇宙危机！”
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