咸阳市口那场血腥至极的“车裂表演”，其震慑效果立竿见影，如同在滚沸的油锅里泼进了一瓢冰水，瞬间让整个咸阳城，乃至整个秦国官场，陷入了一种死寂般的噤若寒蝉。嫪毐那被撕扯得七零八落的躯体，以及悬挂在刑台周围那二十多颗面目狰狞的首级，像是一组组冰冷的雕塑，无声地宣告着挑战王权的终极代价。
然而，对于刚刚亲政、决心以铁腕树立绝对权威的嬴政而言，杀掉几个为首的叛逆，还远远不够。他要的是犁庭扫穴，是斩草除根，是要借着这次叛乱，将整个秦国上下彻底清洗一遍，让“忠诚”二字，以最残酷的方式，刻进每一个臣民的骨髓里。秦律中那令人闻风丧胆的“连坐”之法，此刻成了他手中最有效的清洗工具。
于是，在主要叛逆被明正典刑之后，一场规模更大、波及更广、也更加冷酷无情的肃清运动，在廷尉府高效而冰冷的运作下，悄然拉开了序幕。这场运动没有咸阳市口那般血淋淋的直观刺激，但其带来的恐惧和压抑，却如同无声的瘟疫，更深地渗透到了社会的肌理之中。
廷尉府的官吏们，此刻仿佛化身为一群最精密的检核机器。他们依据被捕叛党的口供、查抄的信件文书、以及各种或真或假的举报，罗织（或者说严谨地按照秦律程序“核实”）出一张庞大的关系网。这张网，以嫪毐为核心，如同投入湖面的石子激起的涟漪，一圈圈向外扩散，将所有被认为与之有“关联”的人员，都囊括了进去。
首先被波及的，是这些主犯的宗族成员。“灭其宗”的判决，绝非一句空话。依照连坐法，谋逆大罪，父母、兄弟、妻子、子女（有时甚至包括已成年的儿子家眷）皆在株连之列。
于是，一幕幕人间悲剧在咸阳乃至秦国各地上演。
在曾经显赫一时的长信侯府（已被查抄封禁），嫪毐年迈的父母（如果还在世）、他的兄弟姐妹（如果有）、以及他明媒正娶的妻子（或许只是个摆设）和那些或许连他自己都记不清的妾室、还有他与正妻或其他女人所生的、尚在懵懂或无知的孩童，全都被如狼似虎的廷尉府差役从府中拖出，套上枷锁镣铐。昔日钟鸣鼎食之家，瞬间沦为阶下之囚。老妪的哭泣，孩童惊恐的尖叫，女人们绝望的哀嚎，与差役们冷酷的呵斥声混杂在一起，构成了一曲家族覆灭的悲歌。他们将被集体处决，以完成“灭宗”的最终判决，彻底抹去嫪毐这一支血脉在世间的痕迹。
卫尉竭、内史肆等其他核心党羽的家族，也遭遇了同样的命运。往日里凭借父兄权势作威作福的纨绔子弟，精心保养、过着奢华生活的贵妇，此刻都成了待宰的羔羊，在绝望中被拖向命运的终点。他们的哭喊和求饶，在冷酷的秦法和嬴政的意志面前，显得如此苍白无力。
这仅仅是第一波清算。涟漪继续向外扩散，波及到了那些数量更为庞大的、依附于嫪毐集团的中下层党羽、门客、舍人，以及他们的家眷。
对于这些人，处理方式则根据“情节轻重”有所不同，但无一例外，都充满了惩罚与羞辱。
那些被认定为积极参与叛乱、或担任较低级头目、但证据或许不是那么铁证如山的，以及数量众多的、平时在长信侯府趋炎附势、此次也可能参与了抢掠或助纣为虐的门客、舍人，他们本人及其家眷，面临的不是立即的死刑，而是比死亡更加漫长的折磨——肉刑、苦役和流放。
廷尉府的判决堂上，每天都排满了等待宣判的“从犯”。
“张三，原长信侯府门客，查实参与攻打西市，劫掠民财，判黥刑，鬼薪三岁！家产充公，妻孥没为官奴！”
“李四，内史肆府中舍人，虽未直接参与作乱，但平日助其欺压良善，知情不报，判劓刑，城旦四岁！家眷流放蜀地！”
“王五……”
宣判声冰冷而无情。所谓的“鬼薪”，就是罚往宗庙、陵寝等地砍伐薪柴，服苦役三年；“城旦”则是清晨起来就开始修筑城墙的苦役，刑期四年。这些苦役环境恶劣，劳动强度极大，能熬过刑期活着回来的人，十不存一。
而更常见的惩罚，是脸上刺字（黥刑）后，连同家眷，被集体流放到巴蜀、陇西等当时被视为蛮荒瘴疠之地的边远郡县。
于是，在咸阳城外，出现了一队队凄惨无比的流放队伍。男女老幼，皆戴着沉重的枷锁，脸上刺着代表罪犯的丑陋印记，在手持皮鞭的差役押解下，一步一蹒跚地向着那未知的、充满艰险的蛮荒之地走去。
长长的队伍，如同蜿蜒的伤疤，烙印在关中的黄土之上。哭嚎声、哀求声、孩童饥饿的啼哭声、差役不耐烦的呵斥与鞭打声，不绝于耳。他们中的许多人，或许根本不清楚嫪毐到底做了什么，只是因为丈夫、父亲、儿子在长信侯府当差，或者与某个叛党沾亲带故，便遭到了这灭顶之灾。曾经的安稳生活瞬间粉碎，未来只剩下无尽的苦役、歧视和死亡。
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