苏神医与王执事的倒台，在青云宗外门乃至部分内门区域引发了持续的地震。昔日备受尊敬的“妙手仁心”被揭穿为与魔道勾结、残害同门的恶魔，而一向有些权势的王执事也因徇私枉法、充当保护伞而锒铛入狱。刑堂的审讯雷厉风行，更多的罪证被挖掘出来，牵连出数个与苏神医有瓜葛的外门管事，一时间，外门风气为之一肃。
而这一切风暴的中心——林小邪，却异常地沉寂下来。他没有趁势高调宣扬，也没有急于吞并苏神医留下的庞大“遗产”（主要是人脉和部分隐秘产业）。他深知，木秀于林，风必摧之。此刻不知有多少双眼睛在暗中盯着他，羡慕、嫉妒、忌惮，甚至仇恨。
“我们现在要做的，不是扩张，是消化和巩固。”林小邪在联盟内部高层会议上定下基调，“把拳头收回来，是为了下次打出去更有力。”
他采取了以下几项关键措施：
主动接受审查： 他主动邀请刑堂和庶务殿的联合调查组，对他小院内的所有研究设备和“共工一号”等“敏感项目”进行了一次彻底的、公开的“安全评估”。在评估中，他巧妙地将“共工一号”解释为“新型灵力约束场与能量转化技术的验证平台”，强调其科研价值和潜在的和平用途（如大型灵能供能、矿脉开采等），弱化其武器属性，并展示了改进后的安全措施。此举虽然暂时限制了“盘古计划”的进程，却成功洗脱了“私研禁器”的嫌疑，为后续研究赢得了合法的外衣。
联盟内部整顿： 借着苏神医事件的余威，林小邪对联盟进行了一次“廉政风暴”。清查并清退了几名利用职权谋取私利、或与苏神医残余势力有不清不楚联系的成员。同时，他进一步完善了贡献点激励制度和内部晋升通道，将联盟的核心技术（如简化版认证模块、新型材料配方）以“技术入股”或“分级授权”的方式，与最忠诚、贡献最大的核心成员及合作伙伴深度绑定，形成了更牢固的利益共同体。
技术转化与产品迭代： 他将“盘古计划”和“科学修仙”研究中衍生出的、相对成熟稳定的技术，加速转化为商用产品。推出了“林氏·守护者II型”系列法器，不仅防护力提升，还集成了微型的健康监测符文（能预警常见毒素和灵力紊乱），大受欢迎。同时，他开始小范围推广“个性化功法微调咨询”服务，基于他的“灵子理论”和数据分析，为付费客户提供修炼建议，虽然收费高昂，却因其显着效果而供不应求。
小院在之前的搜查中受损不轻，林小邪干脆决定推倒重建，打造一个真正的“林氏科研与工业综合体”。
他亲自设计图纸，引入了“模块化建筑”、“集中灵能供应”、“自动化物流传送带”（利用风系阵法）等概念。工地上，不再是传统的土木作业，而是各种造型奇特的工程法器（如自动夯土傀儡、精准切割阵盘）在忙碌。
“看见没？这叫标准化施工，预制构件，现场组装！效率提升百分之三百！”林小邪指着工地，对前来参观的七杀佣兵团副团长炫耀，“以后这里就是我们的‘硅谷’……啊不，是‘灵谷’！”
副团长看着那些不用人力、自行运转的傀儡和闪烁着符文的建筑模块，啧啧称奇：“林先生之能，果然非凡。团长吩咐了，下一批‘气血贴’和‘灵甲’，我们加订五成。”
林小邪的沉寂和内部整顿，并未让外界忽视他的存在。相反，那种引而不发、底蕴深沉的感觉，更让人忌惮。没人知道他那晚展现出的“能量约束场”技术到了何种程度，也没人清楚他手里还握着多少张底牌。
期间，曾有苏神医的旧部（不知情者）和一些眼红的小势力试图挑衅，或想抢夺苏神医留下的空白市场。但根本无需林小邪亲自出手，赵虎麾下装备精良的护卫队，以及联盟成员自发形成的同气连枝之势，就足以将这些小麻烦轻易碾碎。所有人都意识到，“林氏”这块牌子，已经成了外门一股不可轻易撼动的势力。
而林小邪在整合过程中，也再次展现了他的底线。对于苏神医那些真正用于免费救治贫苦弟子的药铺和义诊点，他非但没有取缔，反而通过联盟注资，聘请了其他信誉良好的药师接手，维持其运转，只是加强了监管。这一举动，为他赢得了更多底层弟子的民心。
“赚钱嘛，不寒碜。但断了穷苦人的活路，那是会损阴德的，影响气运，不利于长期发展。”他对墨灵如此解释，将“真君子”的善行包装成了“科学”的风险管理。
林小邪的种种举动，终于引起了内门更高层次的注意。
几位原本对苏神医之事持观望态度的内门长老，开始私下询问关于林小邪的情报。他那种将炼器、阵法、乃至修行本身都进行“解析”和“优化”的独特思路，引起了一些专注于技术创新的长老的极大兴趣。甚至有炼器堂的长老，派人送来请柬，邀请林小邪“有空切磋交流”。
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