陈远那封“请罪折子”在次日清晨递进了养心殿。奏折用词极尽恭顺谦卑，笔迹工整沉稳，不见丝毫潦草怨怼。他首先“痛心疾首”地承认对下属管束不严、账目稽查不力，致使“或有宵小之辈，假托公事，行欺瞒中饱之私”，并自请严惩。对于南洋资金疑云，他巧妙地将其归咎于“早年漂泊，旧部星散，或有投效南洋商号谋生者，然臣久在京师，音讯早绝，实不知其详。若有以臣之名或旧谊在外招摇，皆非臣之本意，亦非臣所能制”，彻底切割了“知情”与“纵容”的嫌疑。最后，他“恳请”朝廷严查胡雪岩及所有关联人员，“若有一毫于国有损，于律有违，臣甘领失察之罪，绝无怨言”。通篇不见辩解，唯有请罪与恳查，姿态低到了尘埃里。
这封折子，让许多等着看他气急败坏或百般狡辩的人，犹如一拳打在了棉花上。慈禧太后看完，只对身边太监淡淡说了句：“倒还是个知道分寸的。”便搁置一旁，再无下文。陈远的新军督办职衔被正式免除，由一位与恭亲王关系密切的蒙古旗籍将领接任。讲武堂被兵部接管，但冯墨等核心教习因“专精技术”得以留任，只是课程和监督被收紧。胡雪岩的案子则在刑部和都察院的拉扯中，陷入了一种“严查”但“暂无突破”的僵局，他本人被囚于刑部大狱，虽未用刑，却也吃了不少苦头。
表面上看，陈远这棵大树已然倾颓，猢狲四散。往日门庭若市的额驸府，如今冷清得只剩秋风扫落叶。然而，只有最核心的几个人知道，真正的根脉，已转向更深、更暗处的地下。
陈远闭门谢客，除了每隔数日去西山制造局“点卯”查看“靖海”艇后续测试的“例行报告”，几乎从公众视野消失。他将全部精力，投入了两件外界看来“无足轻重”、甚至是他“失势”后无奈为之的事情上。
第一件，是系统性地整理、编纂《制造局技术辑要》。他将自栖霞谷时期以来，所有涉及冶金、化工、机械、弹道等方面的实验数据、工艺流程、失败教训、成功心得，分门别类，去芜存菁，用一套简明的符号和术语体系重新编写，配以精细的图样。这项工作极其繁琐浩大，他亲自主持，带着几个绝对可靠、精通文墨和技术的书办，夜以继日。冯墨起初不解：“大人，此时整理这些故纸，有何用处？”陈远只答：“前人栽树，后人乘凉。纵使我等不测，这些心血，也不该湮没。况且，梳理本身，便是温故知新。”他是在为制造局的知识传承建立一套独立的、不易被外人轻易掌握的核心档案，也是为未来可能的“火种”保留技术种子。
第二件，则是通过胡雪岩被捕前就已安排好的、极其隐秘的渠道，继续对“岚屿”进行遥控指挥和有限度的资源输送。输送的物资变得更加零散、日常化，多是以“商船补给”名义送去的粮食、布匹、药品、普通工具，偶尔夹杂着一些拆卸的旧机床部件和书籍。指令也变得更加简洁和注重隐蔽：“深挖洞，广积粮，不称王。”“保持绝对静默，观察记录所有过往船只，尤其注意是否有持特殊信号或标识者。”他并不知道杨芷幽的船曾靠近岚屿，但他必须为任何可能的意外接触做好准备，前提是岚屿自身绝对安全。
与此同时，他并未完全放弃朝堂。他通过醇亲王福晋（王妃）的偶然关切，以及偶尔“巧遇”醇亲王时几句关于海防技术细节的“请教”，维系着与醇亲王那条线的微弱联系。他不求复起，只求在这位王爷心中，保持一个“尚有价值、且懂得进退”的技术专家印象。对于恭亲王和李鸿章，他则表现出彻底的、无害的疏离。
潜龙在渊，非是蛰伏，而是在深水之中，锤炼更坚硬的鳞甲，积蓄更强大的力量。
走私船在岚屿海湾停泊了一夜，次日黎明便启航离开，如约将杨芷幽一行送到了泉州外海一处偏僻的沙洲附近。林船长指着远处隐约的陆线：“那边就是泉州地界，你们自己想办法上岸吧。记住，咱们没见过。”说完，便驾船消失在晨雾中。
杨芷幽带着仅剩的七八个兄弟，抱着孩子，涉过浅滩，踏上了大清的国土。一种难以言喻的复杂情绪涌上心头——逃离了荷兰人的追捕，却踏入了一个更庞大、更陌生的国度。她们衣衫褴褛，身无长物，孩子又病弱，处境依然艰难。
在附近渔村偷偷弄到些旧衣物换上，用最后一点钱买了些干粮和草药，她们扮作逃荒的难民，沿着海岸向北缓缓流浪，希望能找到一个可以暂时安身、又不那么引人注目的地方。一路上，杨芷幽脑海里反复回响着“岚屿”这个名字，和那晚在船上感受到的、被窥视的寒意。那座岛，绝不简单。
一日，她们在路旁茶摊歇脚，听到几个行商模样的人闲聊，说起朝廷最近在天津造了新式炮船，又快又猛，还有南洋那边荷兰人和华商冲突的传闻。言者无心，听者有意。杨芷幽心中一动，装作好奇，怯生生地问那行商：“这位爷，您说的新炮船，可是朝廷哪位大人督造的？俺们逃荒的，也听说朝廷有能人呢。”
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