旨意颁布后，各地官府立刻张贴告示，组织流民登记。起初，流民们听闻要迁往滇黔蛮荒之地，无不面露惧色，纷纷拒绝。江南流民们世代居住在鱼米之乡，听闻滇黔一带“山高路远，瘴气横行，蛮夷杂处，性命难保”，更是吓得魂飞魄散。
“什么？要把我们迁到滇黔？那地方是蛮荒之地，去了就是死路一条！”苏州城外的流民聚集点，一名中年汉子看着告示，大声嚷嚷道。
“是啊！我们宁愿留在应天乞讨，也不去那鬼地方！”
“朝廷这是要把我们往死路上逼啊！”
流民们群情激愤，议论纷纷，甚至有人暗中煽动，想要聚众反抗。负责护卫迁徙的京营将士见状，立刻亮出腰间的钢刀，神色冷峻地围了上来。
“陛下有旨，拒不迁徙者，以违抗皇命论处，格杀勿论！”校尉高声喊道，手中的钢刀在阳光下闪着寒光，“愿意迁徙者，即刻登记，享受朝廷优待；不愿迁徙者，休怪刀剑无眼！”
流民们看着杀气腾腾的将士，心中的愤怒瞬间被恐惧取代。他们亲眼见过朱棣的铁腕，知道这位皇帝说一不二，真的敢杀人。不少人犹豫再三，最终还是选择了妥协。
“罢了罢了，迁往北平河北也好，总比死在这里强！”
“滇黔虽然蛮荒，但有五年赋税减免和安家银，或许能有条活路……”
在朝廷的恩威并施下，流民迁徙工作渐渐展开。各地官府组织船只、车辆，将流民分批运送。前往滇黔的队伍尤为庞大，绵延数十里，一路上，官府派专人护送，提供饮食与药品，尽量减少流民的伤亡，当白花花的真银发到流民手中，他们也就不再反对了。
北平、河北一带的迁徙工作则顺利得多。北平作为朱棣的龙兴之地，近年来一直被重点经营，土地肥沃，交通便利，又有边贸之利，不少流民都愿意迁往此处。抵达目的地后，官府按照旨意，为他们分配土地、耕牛、种子，流民们迅速投入到开垦耕种中，北平、河北一带的荒地渐渐变成了良田，人口也日益稠密。其余如山西陕西辽东山东，人烟气也多了些。
而那些依旧拒不迁徙的流民，很快便尝到了朱棣“大刀”的厉害。应天城外，一群流民在少数人的煽动下，聚集起来冲击官府，拒绝迁徙。负责护卫的京营将士毫不犹豫，立刻展开镇压，刀光剑影过后，为首的几名煽动者被当场斩杀，尸体悬挂在城门上示众，足有数百人因此丧命。
“这就是不识抬举，违抗皇命的下场！”校尉冰冷的声音回荡在空气中，“再有闹事者，一律格杀勿论！”
剩余的流民吓得瑟瑟发抖，再也不敢有丝毫反抗，纷纷乖乖登记迁徙。血腥的镇压起到了杀鸡儆猴的作用，各地的流民迁徙工作再也没有遇到大规模的阻力，顺利推进。
与此同时，傅友德、蓝玉在京述职完毕后，朱棣又下旨：西平侯沐英劳苦功高，晋封滇国公，继续留守云南，统帅大军扫清境内“不顺之民”，全权负责云南的军政事务，便宜行事；傅友德、蓝玉率军返回北方，镇守边疆，防备元廷残余势力。
“不顺之民”四个字，看似模糊，实则赋予了沐英生杀大权。沐英深知朱棣的用意，所谓“不顺之民”，既包括那些负隅顽抗的蛮夷部落，也包括那些不愿接受汉化、暗中勾结外敌的土司。他抵达云南后，立刻调集大军，对各地“不顺之民”展开清剿。
云南境内的蛮夷部落，大多依山而居，民风彪悍，不愿臣服于大明统治。沐英采取“恩威并施”的策略，对愿意归降、接受汉化的部落，予以安抚，发放粮食、布匹，帮助他们发展生产；对拒不归降、多次挑衅的部落，则率军强行镇压，攻破山寨，将部落首领斩首示众，部落民众或迁往平原地区与汉民杂居，或编入军户，强制汉化。
清剿行动持续了数月，云南境内的反抗势力被彻底肃清，社会秩序渐渐稳定下来。可就在沐英准备集中精力发展生产时，朱棣的另一道圣旨又送到了云南，让他哭笑不得。
圣旨中下令：滇国公沐英即刻率领麾下十余万大军，逢山开山，遇水架桥，在云南、贵州一带广修栈道、驿道，打通与中原及东南亚的交通要道；同时，鼓励大军参与商贸活动，组织车队、船队，将云南的茶叶、药材、矿产运往中原，将中原的丝绸、瓷器、粮食运往云南，繁荣边疆贸易；此外，三百名新封的翰林院庶吉士与一百名新科进士已启程前往云南，由沐英统一调配，负责教化蛮夷、推行新政、管理商贸事务。最后，圣旨末尾特意注明：朝廷财政紧张，此次修路、拓商、教化所需经费，一律由云南当地土司承担，朝廷不予拨款。
“陛下这是把难题都丢给臣了啊！”沐英拿着圣旨，苦笑着对身边的副将说道，“十余万大军放下刀枪去修路经商，还要养活四百名文人，经费还要向土司索要，这可不是件容易事！”
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