“尊重失败的制度”如同一道坚固的堤坝，为寒川高风险、高回报的前沿探索事业构筑了抵御外界非议和内部动摇的屏障，使得林棠的“前瞻工研苑”等机构得以在相对宽容的环境中持续攻坚。然而，制度的保障终究需要资源的持续供给作为基石。随着寒川科技事业的深度和广度不断拓展，一个日益尖锐的矛盾浮出水面：日益增长的多元化、多层次研发需求与有限且僵化的财政拨款方式之间的冲突。
这一矛盾，在寒川科技界的多个层面同时激化。在顶层，禽滑略主持的科学院和各大“前瞻项目”（如林棠的高压蒸汽机、华棠的新药研发、墨翟的高精度天文仪器等），如同吞噬资源的巨兽，其探索性、长期性使得经费需求难以精确预估，常与王玄策掌管的户部基于“年度预算”和“可见产出”的拨款模式产生激烈摩擦。户部官员面对禽滑略一次次“追加拨款”的申请，苦不堪言，常以“国帑有常，用度有度”为由加以掣肘。
在中间层，工造司、药石司内部，一些并非国家战略级、却极具应用潜力的“部门级研发项目”（如某工坊匠师提出的新型纺织机设想、某药师发现的本地草药新疗效探索），因不属于“重点项目”而难以获得专项经费，往往因缺乏少量启动资金而胎死腹中。
在最基层，情况更为窘迫。格致学院的年轻学者、各艺徒学堂的优秀毕业生，乃至民间一些拥有奇思妙想的工匠药师，他们脑中可能闪烁着改变未来的火花，却因身无分文、人微言轻，其想法根本无人问津，更谈不上付诸实践。寒川的科技创新，呈现出“国家队”一头独大、“草根层”万马齐喑的不平衡态势。
一场关于研发经费的激烈争论，在御前会议上爆发。禽滑略慷慨陈词，力主加大对前沿研究的投入：“主公！基础研究与前沿探索，乃科技之源！源枯则流竭！若斤斤计较于眼前得失，恐失未来大势！需设立常备之资，专供探索之用！” 王玄策则据理力争：“禽公之言虽善，然巧妇难为无米之炊！国库岁入有定，军费、民生、官俸皆不可减。若无限满足研发之需，则国本动摇！需有规划，讲效益！” 双方各执一词，僵持不下。
新任户部侍郎、以精明干练着称的苏婉清，在仔细调研后，向林牧之呈上了一份切中时弊的奏章。她指出：“当前经费之困，其弊不在投入不足，而在机制僵化。现有拨款，犹如‘撒胡椒面’，或集中于少数大项目，或湮没于日常开销，无法精准滴灌至最具活力的创新萌芽之上，更无法激励各方主动发掘新方向。长此以往，恐致研发活力枯竭。”
苏婉清的建议一针见血：必须改革研发资源的配置方式，建立一套能够激发各方积极性、覆盖不同层次需求、且兼具效率与公平的新型经费管理体系。
林牧之览奏，深以为然。他意识到，科技兴邦进入新阶段，对“钱”的管理，必须与时俱进。不能再仅仅依靠行政命令和固定预算，必须引入更灵活、更富激励性的机制。他决然拍板：“变则通，通则久。 研发经费之制，亦当革新！朕意已决，设立 ‘寒川研究基金’ 体系，以此作为滋养我寒川创新沃土之活水！”
一场旨在构建市场化、竞争性研发资源分配机制的重大改革，在林牧之的主导和苏婉清的具体筹划下，迅速展开。其核心是设立多类别、分层级、竞争申请、绩效评估的研究基金。
“寒川研究基金”体系的构建，体现了极高的管理智慧：
1. 基金分类，覆盖全谱系：基金并非单一池子，而是根据支持对象和目标，划分为不同类别：
? 国家重大专项基金：由林牧之亲自主持评审，用于支持关系国计民生的最重大战略项目（如新一代军械、重大疫病防治、核心材料突破），采取“揭榜挂帅”方式，集中力量办大事。
? 前沿探索基金：由科学院牵头评审，专门支持像林棠团队这样的高风险、高潜力基础研究和前沿技术探索。申请者需提交详细研究方案和风险评估，强调创新性，容忍失败，经费拨付与阶段性成果挂钩，但允许根据实际情况调整。
? 技术创新基金：由工造司、药石司等应用部门管理，支持面向实际需求的技术改进和产品研发。申请者需证明其项目的应用前景和市场潜力，鼓励产学研结合。
? 青年人才启动基金：这是最具革命性的设计！专门面向格致学院毕业生、年轻工匠、药师等，支持他们独立提出的小型、原创性研究设想。申请门槛相对较低，重在考察思路的创新性，旨在点燃青年人的创新火花，培养后备力量。
? 民生科技推广基金：由王玄策的民政府管理，支持有利于农业、医疗、环保等民生改善的适用技术推广和本地化创新。
2. 竞争申请，择优支持：所有基金（除部分重大专项外）均采取 “公开指南、自由申请、同行评议、择优资助” 的原则。申请人需提交详细的项目申请书，阐述研究目标、技术路线、预期成果、经费预算等。由相关领域专家组成评审委员会，进行匿名评审，确保公平公正。这打破了以往“跑部钱进”、论资排辈的陋习，使得真正有想法、有能力的人能够获得资源。
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