首先，他明确表态，支持 “格物求真” 的基本原则。他在朝会上当众宣布：“朕立科技兴邦之国策，首重一‘真’字。若为虚名而掩真相，则兴邦之基不存。” 他肯定墨翟（年轻讲师）探索未知的勇气，但对《格物新说》教材，他提出了修改意见：“地圆说”可作为一家之言、有待验证的假说介绍，但需注明此说与现行观念之异同，避免简单否定传统，引发不必要的思想混乱。 他要求教材编写应 “循序渐进，注重引导” ，而非生硬颠覆。
其次，他划定 “不可逾越的底线” 。他严厉申明：“凡质疑君主权威、颠覆纲常伦理、煽动叛乱之举，无论以何种学术名义，皆在严禁之列！此乃国之红线，触之必究！” 他要求皇甫嵩的情报司和礼部，加强对公开出版物和讲堂言论的监督，对于类似西域学者谈及“法律高于君主”的言论，需及时“引导纠正”，防止扩散。但强调监管要 “精准适度” ，避免“捕风捉影，扼杀活力”。
再者，他创立 “学术研讨规范” 。下令在科学院和格致学院内，设立“学术评议委员会”，由德高望重的学者（如禽滑略、华棠）主持。规定：凡涉及重大理论争议或可能引发社会伦理讨论的议题，应在学院内部的专门场所、面向具备一定辨别能力的学者进行深入研讨，其过程和结论需记录备案。 鼓励在专业圈内进行充分、理性的辩论，但要求参与者遵守学术规范，对外传播时需谨慎措辞。
最后，他强调 “主动建构主流价值” 的重要性。他对王玄策和礼部官员说：“防民之口，不如导民之心。 与其被动堵截，不如主动以更令人信服的方式，阐释我寒川治国理念之优越性，弘扬忠勇、诚信、创新、务实之新风。使百姓自然归心，则异说难侵。”
林牧之的裁决，实际上是在 “开放”与“控制” 之间找到了一条动态平衡的窄路。它既给予了学术探索一定的空间，避免了因过度禁锢而导致的僵化；又牢牢守住了政治安全的底线，防止思想失控。这体现了一种成熟的政治智慧：既不因噎废食，也不放任自流。
此策推行后，效果显着。墨翟的《格物新说》经过修改后得以发行，虽引发讨论，但未造成大的社会动荡，反而激发了学子对天文的兴趣。学术讨论在规范下更加活跃，而敏感话题则被限制在可控范围内。寒川的思想界，呈现出一种 “外松内紧、活而不乱” 的独特气象。
在一次视察格致学院时，林牧之对师生们坦言：
“思想如流水，堵则溃，疏则通。 然放任自流，亦会泛滥成灾。朕所求者，乃开明之专制，引导下的活跃。望尔等学子，于学术领域，可大胆假设，小心求证；于立身处世，当明辨是非，忠于家国。如此，方为我寒川所需之栋梁！”
这场思想禁锢与开放之争及其解决，标志着寒川在科技兴邦的道路上，开始有意识地处理现代化进程中必然伴随的思想解放与社会控制之间的复杂关系。它表明，寒川的统治者已经开始超越单纯的技术模仿，尝试构建一套与科技发展相适应的、兼具开放性与稳定性的意识形态管理新模式。这套模式的成功与否，将深刻影响寒川未来能否在保持自身特色的同时，持续吸收外部精华，实现真正的崛起。
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