1739年乾隆四年，晋封噶伦颇罗鼐为多罗郡王。1747年，颇罗鼐病故，其次子珠尔默特那木札勒袭封郡王。
珠尔默特那木札勒“素不信奉达赖喇嘛，心怀仇隟” ，表面上顺从驻藏大臣，暗中联络蒙古准噶尔部，伺机起兵反叛。
1749年，珠尔默特那木札勒攻杀其长兄“阿里公”珠尔默特策布登，控制了阿里。1750年，驻藏大臣傅清、拉布敦迫於情势，诱杀珠尔默特那木札勒，随後为其党羽卓呢尔（官名）罗卜藏札什所杀。
随後，清朝廷派四川总督策棱领兵入藏平叛。
清政府驻藏大臣制度最终确立，成为定制，不再册封噶伦为札萨克，防止权力集中于世俗贵族之手。
1751年，清朝颁行策棱所奏的《西藏善後章程》十三条。章程规定，噶伦员额为四人，且必须于公所（噶厦）办理政事。
“查旧例噶隆会办事件，原有噶沙之公所衙门。自颇罗鼐後，各噶隆竟不赴公所，俱於私宅办事。
……今噶隆业已照例补放，自应遵照旧例，遇有应办事件，俱赴公所会办。
章程扩大了驻藏大臣的职权，并首次正式规定了达赖喇嘛的世俗权力，形成了驻藏大臣、达赖与班禅的僧官系统、噶厦俗官系统三者制衡的状态；正式设立噶厦政府，驻地在拉萨大昭寺，长官为噶伦，秉承驻藏大臣、达赖喇嘛旨意办事。
从清初到18世纪末清廷对西藏的控制呈逐步加强的趋势。
乾隆皇帝当政时期，强大的六世班禅赴京觐见，为乾隆皇帝庆祝70大寿，由于拒绝接种，感染天花在承德去世，将随身携带的金苯巴瓶留在承德仿布达拉宫建造的普陀宗乘之庙。
六世班禅曾是乾隆老师，乾隆赠送给了班禅喇嘛及其兄弟姊妹很多金子。
但班禅喇嘛的驻锡地扎什伦布寺却没有给六世班禅的兄弟白教第十世夏玛巴他的那部分。
当夏玛巴的杨巴千寺的管理员对此事抱怨时，扎什伦布寺答复说，金子全部都是属于扎什伦布寺的。
第十世夏玛巴还遭到诽谤，说他为了重新得到他的寺院，策划谋反西藏政府。
从而在西藏政府与夏玛巴相互仇视。1784年，夏玛巴撤离西藏去了邻国廓尔喀（今尼泊尔）。
1791年，廓尔喀因与西藏盐税银钱纠纷与白教祖古夏玛巴唆使，军队入侵西藏，意图抢掠遍布西藏各地的寺庙中的财富。
当时，西藏政府请求满清政府派兵支援。
1792年，乾隆命清朝大将军福康安同参赞大臣海兰察率领清兵支援当地藏兵，将廓尔喀军队驱返喜马拉雅山南麓，甚至还反攻至廓尔喀首都－阳布外二十公里的热锁桥，迫使廓尔喀向清朝五年朝贡一次。
驱逐廓尔喀军队之後，满清官兵以完善西藏行政为理由，订立了治理西藏的多项章程，要求以“金瓶掣签”认定达赖喇嘛、班禅喇嘛和其他呼图克图的转世。
《藏内善後章程》二十九条，大大加强了驻藏大臣的权力。1793年，上述章程的部分条款汇编成“钦定藏内善后章程”，并翻译成藏文，详细规定西藏的宗教事务、外事、军事、行政和司法权力，达赖、班禅转世程序，地方政权的组织结构，并正式划分西藏和青海、四川、新疆等省份的边界。
此后西藏的政务完全依照此章程行事。
光绪时期……
1888年光绪十四年，英国发动第一次侵略西藏的战争，清政府求和，英国要求清政府签订不平等条约以结束战争。
1890年3月17日，中英二国在印度的加尔各答签订《中英藏印条约》，中方代表是驻藏帮办大臣升泰，英方代表是印度总督兰斯敦（Lansdowne）。
通过这个条约，哲孟雄（锡金）成为英国的保护国，一切内政外交皆听命于英人。西藏由此失去藩篱，再无险可固；此外，条约划定藏哲边界，使西藏丢失了岗八宗以南的大片牧场和险要地区。西藏上层对此条约非常反对，向驻藏大臣衙门上禀帖谴责升泰的作为。
1893年12月5日，由于藏印条约中的多个问题没有得到实际解决，在英国的压力下，清政府派何长荣与英国代表保尔（A. W. PAUL）在大吉岭签订《中英藏印续约》，其内容是：开放亚东为商埠，在五年内免纳进出口税；英人在该地享有领事裁判权；在哲孟雄游牧的藏人应照英国在哲孟雄随时立定游牧章程办理。
自此，英国人最终打开西藏的大门。
1895年，第十三世达赖喇嘛阿旺·罗桑土登嘉措亲政。
由於清政府同英国签订了一系列有损西藏的条约，驻藏大臣在西藏的威信不断受到考验，西藏和清政府之间也逐渐疏远。
十三世达赖喇嘛首先对与涉外有瓜葛的人实行严厉惩治，凡查出确实与英人入侵有关的人或被处罚、或籍没、或入狱、或枭首。再是派人推倒印度人在藏印边界上竖立的界碑，对印度进口货物依旧课什一税。
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