张献忠在顺治三年（1646年）之前，是极为有理智而且并不滥杀无辜的，因为他的目标是建国称帝，对于自己的臣民，他怎么可能大开杀戒？即使杀人，也只是杀那些抗拒纳税或是与他为敌的土豪劣绅和地方武装势力而已。
但到了顺治三年的时候，形势急转直下，张献忠在四川再也立不住脚，他预感到自己已经无路可走，可以说是四面皆敌的情况下，丧失了理智，变得有些神经质起来，开始在四川大肆杀戮。
《圣教入川记》中前后对张献忠的评价截然不同，开始是“彬彬有礼”，最后是“然有精神病，残害生灵，不足以为人主”。
张献忠在离开蓉城前，竟然丧心病狂地将大西军中数十万妇孺屠戮一空，就连自己一岁多的幼子也不放过，可见应该是真有精神上的疾病。
这本书的作者是被张献忠封为“天学国师”的西方传教士类思（意大利人）、安文思(葡萄牙人)，这两人都是张献忠制造四川大屠杀的目击证人，他们所撰写的《圣教入川记》应该有很高的可信度。
实际上，张献忠入蜀时间三年，人性泯灭、大开杀戒的是后面那几个月。但在这短短几个月时间里，别说把全蜀地近千万百姓斩尽杀绝，就是把全蜀地所有地方走上一遍都不可能！造成四川人口在明末锐减的罪魁祸首自然还有清兵！
清史记载：顺治三年（1646年），也即满清入关后第三个年头，张献忠已被剿灭，并宣称“破一百三十余营”，四川平定。
然而事实并非如此！满清攻陷重庆，已经是在十三年后的顺治十六年（1659年）。对四川人民的这种顽强不屈的抵抗，清军采取了彻底屠杀的办法作为报复。无论“贼匪”，还是无辜百姓，一律斩杀。
顺治六年清刑科给事中陈调元的奏折中说道：“（在四川）不得已而动大兵剿之，民贼相混，玉石难分，或全城俱歼，或杀男留妇。”
满清残酷的镇压杀戮在四川竟然持续了十多年时间！为了隐瞒真相、欺骗世人，满清居然把他们自己干的这些事也全部栽赃给了有前科的张献忠！
假如张献忠真如满清所说“尽屠四川”，那么荒无人烟的四川，为什么能抵抗清兵长达十多年之久？
不可否认的是，张献忠流民军在四川大肆杀戮，但满清十多年间的征伐镇压杀的人更多！苦难深重的巴蜀人民，在明末清初的二十年内，再一次遭受到了灭顶之灾！导致现在四川人（包括重庆）的主体，早已不再是巴蜀原住民！
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