皇帝自幼性情淳厚。他年仅四岁时，献文帝身上长了痈，孝文帝亲自用嘴为他吸去脓血。五岁接受禅位时，悲伤地哭泣不已。献文帝问他什么原因，他回答说“：代替父亲的这种心情，痛切于心。”献文帝十分惊讶地感叹不已。文明太后觉得孝文帝过于聪明通彻，担心以后会对冯氏家族不利，准备设计废黜皇帝，便在寒冬腊月，让他身穿单衣关在屋里，三天断绝粮食。召来咸阳王禧准备立为皇帝。元丕、穆泰、李冲坚决反对，这才没有进行。皇帝起初并不生气，只是十分感激元丕等人。他爱护各位弟弟，兄弟之间始终没有发生过任何小的嫌隙和猜疑。他和睦九族，对他们十分敬重。不过，即使是朝中大臣，他也依法行事，决不宽容和放纵。可是他性情宽厚仁慈，送饭的人曾经把很烫的热羹翻倒在皇帝手上，又曾经在食物中发现有虫子和脏东西，皇帝都是笑笑而已，宽恕了他们的过失。太监曾经在太后面前说皇帝的坏话，为此太后打了皇帝几十杖，皇帝默默忍受，并不申辩。太后去世以后，他也并不记仇。
平时听政理事，从善如流。哀怜百姓疾苦，时常想方设法加以赈济和办好事。天地、五郊、宗庙和春秋二季的祭礼，经常是事必躬亲，不因寒冬和酷暑而有所懈怠。尚书上奏的奏文，他大多亲自考虑处置办法。百官的大小事情，他无不留心，尽量做到周到和亲近。他常常说凡是当皇帝的，最怕的是不公正，不能以诚心对待别人。如果能够公平又诚恳，胡越两地人也可以亲如兄弟。他经常很安详地对史官们说“：你们要照真实写下当时的事情，不要隐讳国家丑恶的东西。国君作威作福，史书如不记载，还有什么能够让他害怕的呢！”到南方或北方巡行，有关方面奏请修路。皇帝说：“简单修一下桥梁，能够过车马就行了，不用再割草铲平。”凡是修建的东西，都是不得已才办的，不做不急之务，浪费人力。巡视淮南一带，就像在内地视察一样。因军事行动而必须砍伐民众树木的，必定留下绢帛用来赔偿树木的价值。对老百姓的庄稼禾苗一点也不伤害践踏。所有禁忌以及祭祷、厌胜之类的办法，如果不是古代典籍中记载的，一概废除。
他十分喜爱读书，手不释卷。《五经》的经义，他读过以后就能讲解。读书不仅听老师讲授的东西，而且深究其中精华和奥秘，史传和诸子百家之学，无不广泛涉读。善于谈论《庄子》和《老子》，尤其精于佛学。才华文辞富美，喜欢写文章，诗赋铭颂，兴至而作。有关朝廷大政的文字，在马上口授，写完以后，不改一个字。从太和十年之后，诏令册文，都是皇帝自己写的。其余文章，有一百多篇。
他十分喜爱奇才异士，达到如饥似渴的地步。厚待和接纳朝中贤能之士，根据其才能而委以轻重职责。时常流露出崇尚自然朴素的心思，悠然自得而寄兴深远，不因世务的繁忙而束缚身心。他又从小就善射，有膂力。十几岁时，就能用指头弹碎羊的肩胛骨。射杀禽兽时，无不随其所到之处而倒毙。到十五岁时，就不再杀死生物，射猎活动因而完全停止。性情俭朴，经常穿着洗过多次的旧衣服，马鞍、马勒也是用铁木制作的。他的高雅情志，都如同此类。
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