“布拉格抛出窗户”的原因有两个，波西米亚重新融入神圣罗马帝国的领土后保持了很大的自治权。国会和新教教会继续发挥重要作用，波希米亚人在宗教和国家问题上与哈布斯堡人争吵，为了平息捷克独立的早期运动，皇帝鲁道夫二世选择了较小的邪恶，允许波西米亚自由实践新教，然而鲁道夫雄心勃勃的弟弟马可西亚米里安认为这是一个弱点，他设法在1612年驱逐鲁道夫，并在奥地利所有省份开始严格的反宗教改革。
哈布斯堡家族是天主教徒，他们用宗教裁判所逼迫新教徒必须信天主教，16世纪30年代宗教改革后，加尔文所在的圣城又发生了政治革命，当时笼罩着一种恐怖气氛，人们普遍相信瘟疫是隐藏的投毒者散播的阴谋。
后来这些投毒者就变成了巫师，所谓的宗教审判内容也从气候魔法变成诅咒人生病的黑魔法了。
新教立国之后不断扩张，日内瓦变成了新教的罗马，而加尔文被称为“日内瓦的教皇”。
为了阻止分裂势力活动，哈布斯堡家族这么做无可厚非，不过底层的平民不那么觉得，他们感觉这是一次迫害，哈布斯堡王朝在消除波希米亚血统中的贵族。
在明斯特，那个被布拉格新教徒厌恶的马克西米利安大公却是被爱戴的，他在1618年因无法解释的突然死亡而去世。
现在的西方国家都不轻易立国教，即便美国总统几乎都是新教徒，新教依旧不是国教。
英国立新教为国教是国王定的，在1534年通过了“国王至上”的《至尊法》，宣布英国国王亨利八世是“英国教会和教士的保卫者和唯一的最高元首”。一切臣民在需要时都得作效忠至尊的宣誓，承认亨利八世而否定教皇的宗教领袖地位。
也就是说，英国不承认罗马。
加尔文的先定论提出，上帝从创世以来，把人们分为遴选出来的人和应当抛弃的人。有些人发财致富，并不是由于品德、智慧或勤劳，而是因为他们是上帝早就避选出来的人，至于那些贫穷困苦的人，本来就应该服从上帝不可抗拒的意志。
这和伊拉斯莫所提出的“我希望命运准许我拥有同等程度的自由，就像自然赋予我的那样”是不一致的。
换句话来说，就是你生下来是个穷鬼，那是上帝的安排，不要挣扎了，要听从有钱人的。
对有钱的资产阶级又不一样了，他们有任务，要把这个世界从腐朽堕落的旧教手中夺过来。
最早的预定论是四世纪的圣奥古斯丁所传的，神创造万物，使万物运行，都是因着神的旨意，他在创世以前，在永恒之中就已经选召了圣徒，他不是在创造第一个人的时候决定的，而是在造天地海以先，在永恒之中就已经决定了。但是神的旨意里面已经包含了他允许受造物有自由的意志。正因为神依然全然保留了受造物的自主意志，所以神虽有主权，人却有责任。预定论是指人的得救与否，与贫穷富贵无关，神不仅定好了救恩的事情，也定好了一切，只是人没法理解。
新教的先定论将人的“自由意志”给剥夺了，这符合资产阶级的利益，初期教会人员什么都管，禁止跳舞、游戏、歌唱，甚至不许穿漂亮的衣服。凡是违反规定以及懒惰、贪吃的，都要交付法院审判，加以处罚。
在他所写的《基督要义》，讨论人与上帝的关系中时提到：我们因为与生具有的骄傲，总以为自己是公正、无辜、圣洁和聪明的，除非我们确凿的证据明白自己的不义、邪恶、愚蠢和卑污，我们只关注自己而不关注主，就不能有这种判断。
自然正义是古老的正义观，在某些人眼里无论如何怎么看，鲁道夫二世的私生子把情妇杀了，肢解后从窗户里丢出去，然后官员当做无事发生一样的做法都是非正义的，新教徒将那些官员扔出去，还没要他们的命，和那个惨死的女孩比都是幸运的，人渣就该和垃圾呆在一起，这也是布拉格抛出窗户事件的第二个理由。
即便是一个贪慕虚荣的女孩，她也不该在众目睽睽之下被人弄成肉块，然后和垃圾一样被丢在大街上。
正义不应该与利益挂钩，更不能用话术操控，1553年，西班牙的着名科学家米凯尔·塞尔维特偶然来到日内瓦。这位科学家发现了心脏与肺部之间的血液小循环，在当时非常有声望。加尔文因为塞尔维特曾经在书中批评过他的教义，并且与再洗礼派有联系，因而把这位科学家加以逮捕，并处以死刑。这次暴行招致知识界的普遍不满，加尔文不得不发表一篇特别的论文为自己辩解。
加尔文教会的组织形式比较有利于资产阶级的统治，而科学家需要资金做研究，那次事件最终不了了之了。
在塞氏赴刑的山坡上立着一块石碑，那是多年后跟随加尔文的人们立的，上面用法文刻着这段文字：“我们是改教者加尔文的忠实感恩之后裔，特批判他的这一错误，这是那个时代的错。但是我们根据宗教改革运动与福音的真正意义，相信良心的自由超乎一切。”
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