孙传庭还喜欢给皇上写去密折，分析北方流寇的情况，提出建议，甚至说到了延绥边关的诸多事宜，其理由是延绥边关紧靠着陕西，若是延绥边关出现问题，陕西也要遭受灾难。
孙传庭的这些建议，让杨嗣昌愤怒。这分明就是影射他这个兵部尚书瞎指挥，且不知道下面的实际情况，若是皇上相信了这些话语，他就不要想着继续做内阁大臣和兵部尚书了。
后金鞑子入关，杨嗣昌调集熊文灿麾下的大军前往京师驰援，陕西巡抚孙传庭一并跟随来到京城，那个时候，熊文灿已经发现一些端倪，打算调和杨嗣昌与孙传庭之间的关系，毕竟孙传庭也是大明朝廷的一员悍将，可惜的是，孙传庭居然和卢象升之间有了接触，而且在卢象升觐见皇上之后，赞同全力抗击后金鞑子，决不能与后金鞑子议和。
这让熊文灿苦心筹谋的缓和关系的苦心付诸东流。
尔后，杨嗣昌将陕西的所谓秦兵，全部调集到前线去，断然否决了孙传庭关于秦兵要回到陕西剿灭流寇、不宜留在京城的请求，且在皇上那里参了孙传庭一本。
后来的结果很明确，通州之战，秦兵几近全军覆没。
两人之间的梁子算是彻底结下了，不管是职位还是权势，孙传庭根本不是杨嗣昌的对手，如果杨嗣昌有心，甚至可以让孙传庭丢掉所有的官职。
如果不是熊文灿从中苦心的劝解，杨嗣昌真的不会放过孙传庭。
孙传庭回到陕西的时候，差不多成为光杆司令，熊文灿知道杨嗣昌与孙传庭之间的矛盾，回到河南之后，也注意了很多，有些疏远孙传庭的意思。
杨嗣昌与孙传庭之间的矛盾，直接影响到剿灭流寇的战斗，回到河南的熊文灿，连续几次小规模的战斗都吃了败仗。
孙传庭此人，能力的确不错，作战勇猛，且有勇有谋，可以说不弱于卢象升，但孙传庭有一个最大的毛病，就是管不住自己的嘴，说的好听一些是直爽，说的不好听一些，就是任劳不任怨，总觉得自身的能力不错，做出了很多的贡献，立下了不少的功劳，若是遭受到些许不公正的待遇，就会发牢骚。
没有人提醒孙传庭，他的这个毛病，会带来灾祸。
。。。
接过奏折的时候，杨嗣昌的内心反而平静很多了。
孙传庭的奏折写的很详细，其核心的意思，就是朝廷赋予巡抚权力，让巡抚能够招募军士，能够屯田，能够募集钱粮，在养活军队的同时，剿灭流寇。
这已经不是“新闻”，孙传庭出任陕西巡抚，组建起来的秦兵，就有这种趋势，秦兵是从三秦之地招募的，在剿灭流寇主力的战斗中，秦兵发挥了决定性的作用。
内心里面，杨嗣昌是同意这等做法的，这可以减轻兵部与户部的负担，大家不用为拨付钱粮的问题头疼，也不担心大军骚扰地方。
不过孙传庭提出来这样的建议，完全可以将奏折呈送到兵部，以密折的方式呈奏皇上，这算什么，是害怕别人吞没功劳吗。
杨嗣昌在内心又狠狠的记下了孙传庭一笔。
皇上的心思，杨嗣昌已经明白了。
“皇上，都是臣愚钝，没有想到如此好的应对办法，地方巡抚招募军士，可熟悉麾下的军士，便于指挥作战，地方巡抚自筹粮草，可减轻朝廷的负担，臣觉得孙大人的提议很好，臣建议，让孙大人协助五省总督熊文灿大人，负责剿灭流寇的事宜。”
朱由检再次沉默，看着杨嗣昌。
杨嗣昌刚刚抬起的头，再次低下。
朱由检的脸上露出了笑容。
“好，文弱说的很好，朕也是这样想的，朕看内阁可以草拟圣旨，文弱，你去和刘爱卿商议，内阁尽快拟旨。”
。。。
走出偏殿，杨嗣昌看了看天空，轻轻的吐了一口气。
走向官署的时候，杨嗣昌的脚步略微的轻盈了一些，刚刚在偏殿，太过于压抑，险些扛不住了。
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