忙完招商引资，吴捷便腾出手来，大力整顿吏治。他主要从三个方面着手工作：
一、建强复兴会支部。
打铁还需自身硬。满清之所以吏治腐败，之所以被胥吏、差役把持权力，主要还在于官员队伍不行。
官员有能力驾驭手下的胥吏、差役，当地的吏治就会好一些。官员没能力，吏治就相当腐败。
晚清曾国藩曾对此深恶痛绝，力图选拔操守清正的官员充任知县、知府等要职。但他很快便发现，满清官场就像一个大染缸，再好的操守都会被搞脏搞臭。
最后，连曾国藩都不得不屈服，主动迁就官场惯例。胡林翼曾因此写信指责曾国藩，说他变得圆滑了，身上的刚正之气没了。
以复兴会支部统揽政府权力，则可以凭借复兴会强大的组织能力、自净能力改善吏治，巩固基层统治。
二、调整官吏组成。
经过两年的经营，复兴会对根据地掌控能力大为增强，对传统胥吏、差役的依赖大为减弱。
九江实务学堂、各级公学也培养了很多新型人才，为军政府建立现代行政制度提供了人才方面的储备。
在此基础上，复兴会开始调整官吏组成，将传统意义上的官吏统称为“公务员”，其中官改称为“干部”，吏改称为“办事员”。
总体上，干部、办事员主要由三大群体组成：
第一群体为转业军人、民兵骨干，占据军政府要害部门，多为复兴会会员。
第二群体为九江实务学堂、各级公学毕业生，属于专业人才，多从事会计、财政、治安、审判等专业性较强的事务。
第三群体为开明绅士、旧式官员、胥吏、差役。他们作为九江本地人代表，与传统社会有着千丝万缕的关系，是军政府不可或缺的组成部分。
三、精兵简政。
大量辞退冗余的胥吏、差役。县一级军政府，区分等级，核定公务员员额。大县所有公务员，只保留一千员额，小县只保留五百个员额。
缺少的人手，从民兵中临时动员、补充。
四、高薪养廉。
满清官员腐败，与俸禄太低不无关系。雍正以前，从一品的总督年俸仅有180两白银。这180两银子要养活总督一家子人、仆役、幕僚，完全就是杯水车薪。
为此，官员又巧立名目，想方设法增收，在俸禄之外增加恩禄、养廉银等。如左宗棠担任陕甘总督时，每年养廉银就有三十万两白银。
复兴会组织军政府，引入现代预算、决算制度，政府各项开支都列有会计科目，各级公务员无需再“花私钱办公事”。
同时，大幅度提高公务员的收入。例如，军政府会计一职非常重要，月薪可达五两银子，足够养活一家人。
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