云阳关虽为巴郡、巴东两郡分界，甚至还离巴东郡治永安更近一些，但成都方面出于分治考虑，一直都是将云阳关划归在巴郡辖区。
而作为巴郡太守，老将严颜向来治军严谨，早就有提防荆州之意，故在此已苦心布置多年，无论是水路还是陆路，都自恃已然固若金汤。
尤其是在水路方向，天然的阶梯落差和狭窄的航道使得云阳关防守起来极为容易，除此之外，严颜还安排千余兵卒专司水路防务，并在沿途水道转圜处遍置了台。白天有人看守，夜晚点燃篝火，但有敌舟楫经过，两侧便会箭如雨下，同时只需旗鼓传讯，云阳关下就会放下滚木。滚木上遍开犄角，敌人战舰避无可避，顷刻间便会被滚木击毁，倾覆于激流之中。
正因为布置周密、严丝合缝，严颜压根就没想过水路防线有失守的可能，故而才对从人的报讯难以置信，急急催问之下，从人这才道出详情：敌人竟未乘舟楫，数百人以铁链缚身，从照台损毁处弃船，摸黑泅水、溯流而行数百步，后直接从湍急的水流中钻出，跳到岸后左冲右突，极为凶悍勇猛，且手中响雷频发，让阻挡者身躯碎裂，黑夜中守军惊慌失措，难以抵挡，就这么被硬生生夺了码头。
严颜闻言，瞠目结舌、叫苦不迭，他当然知道这是刘琦所部发起的突击，那响雷便是江陵的利器掌心雷，这原本都在他的提防之下，可敌人步行泅渡来攻却是大大出乎了他的预料。
此时云阳关内已是混乱一片，急切中严颜只能召集数百亲兵赶去码头增援，可此刻为时已晚，敌人数百虎贲占据有利地势后，后续的主力船队早已迤逦而至，大队兵卒正从船上跳将下来。
严颜见状，知事已不可为，遂召集兵马，连夜撤出云阳关，退往临江驻守。而刘琦则在巴东略作休整，等待粮秣辎重转运至永安的同时，也对原东州兵进行了彻底整编整肃。那些曾犯下欺凌百姓恶行的自然是一律严惩不殆，而对于并不大恶的则打散收编，用以补充各支军马战损。同时又将赵韪所部两万杂兵进行清理，淘汰掉那些老弱病残和作风不端者，只留半数约万人，命名为镇巴军。统领人选则是现成的——甘宁因破云阳关之功被擢升为镇巴校尉，他本就是巴郡人氏，由他统领这支本土部队实在是再合适不过。
民政方面，刘琦擢升立下大功的益州别驾从事张松为益州长史，名义上可节制全州政务。又让有迎军之功的赵韪继续担任巴东太守，主持巴东政务。巴东原有官吏不少都是成都方面派来的东州人士，当然不能继续用，这次一并予以撤换，取而代之以从大溪书院新毕业的学员。当这些学员接手巴东地方政务后，收田为公、户兵立制等一应新政便开始徐徐推进，只是考虑到巴东地方大族迎王师有功，同时益州之战才刚刚开始，不宜动乱地方，所以这些革新都未触及本地大族利益，只先拿东州家族以及那些与成都方面来往密切的本地家族开刀。
巴东虽然贫瘠，但门阀大族都惯于从贫苦人的骨头缝的榨出银钱，故刘琦所得还是颇为丰厚的，补齐了大军调动的损耗不说，所得公田也有千顷。不过所得租金虽已能保证官府运转，但若要将一万镇巴军全部转为户兵尚有些捉襟见肘，故而刘琦必须要想办法再获得更多的公田以养军备。他的视线一刻不停的向更为丰饶的益州西部投去，那里成都平原的万顷沃土才是真正让人垂涎三尺的所在。
不日邓义率洞庭水军万余人乘大小舟楫数百，以及荆南巴陵军、云山营陆续沿水陆抵达永安，另以督学祢衡为首的大溪书院一帮儒生也已赶到，荆州大军随即继续往西推进。
此时在成都城内，后知后觉的州牧刘璋也已意识到事态不妙，慌乱之下成都满堂文武意见不一、和战不定，益州帮与东州帮争执不休，到最后居然天真的派出使者来永安谴责刘琦妄动兵戈，败坏纲纪，要求无条件退兵。
刘琦见到使者后，被如此荒唐的请求给气乐了，只是回头一想，毕竟同为汉室宗亲，出兵还是要点名义的，遂令儒生们以刘璋昏庸无用、放纵东州兵为恶地方，荆州替天行道为主题，写就洋洋洒洒数千字讨伐檄文，并传告益州诸郡县，同时各支军马结束休整，分两路兵出云阳关：
主力部队由刘琦亲自率领，目标直指益州州治成都所在的广汉郡。所部由李严率平西军两万五千人为前锋，梅花营五千、大溪军一万、雷火营三千为中军，霍峻所部巴陵军五千为后军接应粮秣辎重，另有洞庭水军万余人、大小舟楫数百随行，大军共计六万余人，号称十万，水陆并进，浩浩荡荡沿长江水道溯流而上，往巴郡郡治江州进发。
而另一路偏师则由新组建的镇巴军及荆南云山营各一万兵组成。新任镇巴校尉甘宁为主将，云山营统领大黑麋魏和为副将，共计两万余人翻越大巴山南麓，取道开州、南充，奔巴西郡郡治阆中而去。
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