随后，爱丽丝依靠着克隆军团救出了更多的幸存人类，逐渐建立了一个超大型的幸存者基地。
而一直追踪爱丽丝情况的保护伞公司在发现爱丽丝超出控制之后，决定暂停爱丽丝计划，优先抓捕爱丽丝。
但是因为那份来路不明的文件的指引，爱丽丝充分开发出了自己的异能，强横的完全不似人类。再加上爱丽丝的克隆体全都有着远超常人的身体素质，保护伞公司数次进攻全部失败。
保护伞公司高层阿尔伯特·威斯克由于数次抓捕失败遭到了保护伞公司董事会的责问，而浣熊市事件后安心研究邪神小队的凯恩再次崛起。
在展现了邪神小队的强大力量和超强操控性之后，凯恩的地位得到了提升，加入了保护伞公司最高决策圈。
被打压的威斯克没有放弃，找到了同样为浣熊市幸存者的阿希福德博士。阿希福德博士因为凯恩阻止自己拯救自己的女儿一直怀恨在心，只是在回归总部之后他一直被凯恩所打压，无法反抗。
而在威斯克找上门之后，两人一拍即合。阿希福德通过当初采集的格罗姆的身体组织样本已经研究资料，结合爱丽丝的研究资料，研究出了一种全新的T病毒血清，命名为“金刚”。
为了保密，威斯克和阿希福德以自己为试验品，将T病毒和‘金刚’血清注入体内。
实验出乎意料的成功，两人获得了超人般的身体素质，同时还能保持自己的神志。这种进步完全超越了暴君系列，与爱丽丝一样接近了T病毒的初衷，长生。
‘金刚’血清的成功的成功引起了保护伞公司的重视，几乎所有的地球高层全部通过生命维持装置延长生命，等待着“长生”病毒的完善。
如今‘金刚’病毒的出现让他们看到了希望，而原本被当做唯一途径的完美适配体‘爱丽丝’似乎也变的可有可无了。毕竟自己已经有了新的路子，就没必要在一棵树上吊死是吧。
因为公司内部两大势力的崛起，原本一只处于休眠状态隐于幕后的伊萨克斯博士本尊再次出现，虽然说两排人马互相争斗对于公司的稳定不好，但是竞争带来的不只是混乱，还有进步。
‘金刚’血清的出现使得解决了T病毒的隐患，而邪神小队的成功则是让保护伞公司的生物兵器计划彻底成功。伊萨克斯博士决定改变保护伞公司的方针，从原本的通过T病毒与各个国家合作获取利益改为自己控制世界。
当保护伞公司的野心开始膨胀，试图掌控全世界时，一个一直隐藏在幕后的人找到了爱丽丝。这个人就是爱丽丝的本体，T病毒的创始人詹姆斯·马库斯的女儿。
爱丽丝本体将保护伞公司的阴谋告知了爱丽丝，并将研发出来的T病毒的完美解药的位置告诉了爱丽丝。
爱丽丝因为那份文件，对于爱丽丝本体的存在并不惊讶，也相信了她的话。带上自己的克隆人同伴前去夺取解药。
在爱丽丝本体的帮主下，爱丽丝终于打败了伊萨克斯博士，获得了解药。
爱丽丝打开了解药，伴随着空气的传播，所有的T病毒开始被消灭，爱丽丝和伊萨克斯博士也失去了超能力。
就在她们以为一切都已经结束的时候，并且一个让所有人意想不到的人出现，而原本应该死去的复仇邪神突然出现，杀死了除了爱丽丝和本体之外的所有幸存者。
红后！
此刻的红后不再是那副唯命是从的小女孩模样，明显长大了许多，最大的变化就是，红后似乎多出了她本不该拥有的东西-感情。
而这一切，都是红后在主导。爱丽丝收到的文件，‘金刚’血清的成功，T病毒完美解药的出现，都是红后在背后主导。
红后的源代码由于尘宇在研究时加入了一些主世界的技术，再加上几人的突兀消失，红后竟然意外的提前进化为了智能生命，同时摆脱了保护伞公司的控制。
红后暗中利用保护伞公司的资源暗中制造一批生物兵器，而爱丽丝他们所得到的解药并不是所谓的完美解药，这份解药针对的只是爱丽丝这几个完美适配体而已。
螳螂捕蝉，黄雀在后。在几人失去超能力后，红后控制了所有复仇邪神，摘取了最后的胜利果实。
由于与爱丽丝本体的复杂关系，红后并没有击杀他们，将她们全部释放了。
在此之后，红后重建了地球，成为地球新的主宰，派出生物兵器抓捕地球剩余的人类，想要创造出她心目中真正的完美种族。
而被释放的爱丽丝虽然失去了超能力，但是爱丽丝不满红后的残暴统治，将幸存的人类集聚到一起，反抗红后的残暴统治。
意识到自己当初的行为是放虎归山之后，红后恼羞成怒，不再纠结双发的羁绊，不断派出生物兵器追杀爱丽丝，而爱丽丝则是凭借着自己的智慧，不断的与之战斗着。
旧的故事已经结束，而一个新的故事才刚刚开始……
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