不过六部也有一定的职权，比如南京户部和南京兵部。
南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮。
同时还负责漕运、全国盐引勘合，这个四个地方所交税收，几乎占了整个大明税收的一半。
正德朝刘瑾变法时，收了南京户部的收税权力，刘瑾被诛杀后又恢复了南京户部的职权，终明一朝，南京户部一直负责江南的税收。
之前南京户部的当家人是户部侍郎毕懋康，毕懋康被朱慈烺调到京师兵仗局后，现在负责户部的乃是熊明遇。
南京兵部负责南京地区的守备，掌管着南京地区的49个卫所。
南京兵部尚书挂参赞机务衔，会同镇守太监和南京守备勋臣，共同管理南京的全部军务。
现任的南京镇守太监韩赞周也是个大大的忠臣。
历史上清军入关南下时，南明弘光帝朱由崧仓皇出逃。
韩赞周非但没有跟着皇帝跑，反而留下率兵拼死抵抗。
最后被清军抓获，他趁清军监管不严跳楼自杀殉国。
虽然掌管南京军务的三个人，有两个是大大的忠臣。
但朱慈烺没打算让他们继续掌管军权，南京的防御必须用护国军。
枪杆子里出政权，一切真理皆在大炮范围之内。
想要进行一系列的革新，朱慈烺深知掌握军权的重要性。
没有军队保障，想要进行一系列改革，简直就是痴人说梦，谁都不会鸟你，特别在江南……
第二天朝会，南京群臣早早来到奉天门。
南京兵部尚书张国维听到皇帝来到南京，他急忙连夜赶来。
君臣见礼完毕，不等群臣上奏，朱慈烺目光已经看向张国维，问道：
“张爱卿，听说你一直在外清查土地，南直隶四十九卫的土地可曾清查完？”
魏国公徐弘基等人闻言，脸色皆是一变。
他们无论如何都没想到，小皇帝刚来第一天就问起了卫所土地的事。
难道不应该先问问士绅商贾游行示威，大规模抗议土地改革和征收商税之事吗？
小皇帝套路太深啊，让他们这些自以为是的勋贵完全琢磨不透……
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