阴雨连绵，一个身披大衣的男子走在灯红酒绿的街头上，听着两边传来热闹的交谈声、吆喝声，男子心里不由一阵绞痛：“哎，今天真倒霉，遇到了传说中的网络骗子，相信了他的鬼话，压榨了身上最后的钱。”
突然，天空中传出一道“轰隆隆”的打雷声，雨一下下大了。男子匆匆忙忙跑向回家的路，在进过一颗老旧、奇怪的大树时，一道闪电冲击下来，人和树都被波及到，霎时一阵浓烟冒出，人死树倒，一道看不见的透明白光钻入空间的裂缝。
“B市惊现倒霉男，再现天打雷劈奇景”，一时间成为网上热门话题，而那倒霉男的名字就是光斗，只是世上还有几人会在乎它呢？
在遥远的光年之外，有一个神奇的精灵宝可梦世界，人与精灵和谐的相处。但世界不只有光，它还有鲜为人知的黑暗。在真新镇西面的白银山下的一个地下实验室大厅中，吊着一排排合金笼子，而笼子里关押着这个世界的瑰宝——各种精灵宝可梦，奇怪的是其中一个笼子里面竟然有个黑发小孩，呼吸由近是无慢慢转为平缓。
“嘟嘟嘟”的警报声突然响起，一个魁梧大汉带着一帮穿着制服的搜成员闯入实验室大门。顷刻，地下实验室周围一群身穿白大褂研究员跑出房间。一名身穿黑衣、背后有个鲜红的“R”字符号的中年男子跑进来说：“红莲博士，联盟格斗天王——希巴带人闯进来，请各位紧急撤退。”
“双蛋瓦斯，使用烟雾。”一个累似两个球状连接的精灵——双蛋瓦斯从身体喷出黑色烟雾，雾气一下填充满整个实验室大厅。红莲博士等人立马从紧急逃生通道撤离。
“艾比郎，使用真空波吹散烟雾。”魁梧大汉希巴身旁一个人形戴拳套精灵，一阵挥拳，道道真空波从拳头发出，击散了烟雾。希巴说到：“各小队成员请注意，检查四周，搜救实验室大厅的精灵。”希巴身后的搜成员立马分散开来，利用各自的精灵，打开牢笼。
突然，其中一个队员大喊道：“报告天王，这笼子里有一个小孩。”
“我马上过来，立马打开笼子，看看他是否还活着。”希巴匆匆跑过来。
该队员抱出小孩，放到大厅地上，伸手探了鼻息，顿感一阵气流吹过，立马报道：“希巴天王，该小孩还活着。”
希巴走到小孩身旁，一把抱起来，正在此时，实验室想起自毁警告，“60、59……”，希巴里面大喊：“立刻撤退。”各小队成员跟在希巴后面快速往外跑。
“轰隆隆、轰隆隆”，地下一阵塌陷，地面出现一个大坑。众人齐呼了一口气，心想：“捡回了一条命，这次任务之后可以获得什么奖励呢？”
希巴抱着的小孩突然动了一下，几个呼吸后，小孩睁开了双眼，眼中出现一片迷茫，轻声低语：“我是谁、我在哪？”
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