崇祯元年（1628）六月，朝廷起复朱燮元为兵部尚书，总督云南、贵州、四川、湖广、广西军务兼贵州巡抚，他移驻贵竹司（治今贵州贵阳），招流移，广开垦，恢复经济；据险要，立营垒，充实军伍，用了一年多的时间消灭了叛军主力，奢崇明、安邦彦败死。
此次朱燮元所奏之事，即是安邦彦之侄安位率余部继续顽抗，朱燮元采取“四面迭攻，渐次荡涤”的方略，屯兵险要，四面包围，逐步压缩，绝其资储，在强大的军事、经济压力下，已经具备迫降安位的条件，他请求朝廷允许安位投降，并且提出不对当地进行“改土归流”，这是吸取万历年间平定播州土司杨应龙叛乱之后，搞改土归流效果不佳的教训。
崇祯提笔批示，对朱燮元的平叛功绩给予嘉奖慰勉，但对他提出的不在当地改土归流则予以否定。
第十三份公文是福建巡抚熊文灿的奏报，内容是调解郑芝龙与李魁奇之间的衅争。
郑芝龙，小字一官，号飞黄（或飞虹），明万历三十二年（1604）三月十八日，出生于福建南安县一个小官吏家庭。十七岁时，赴澳门依附舅父黄程谋求发展，他到过马尼拉，学会了卢西塔语和葡萄牙语，并接受天主教洗礼，取教名尼古拉斯·加斯巴德（nichs gaspard）。
大约在天启三年（1623）或更早一些，黄程派遣郑芝龙随日本平户华侨首领李旦的商船，押送一批白糖、奇楠、麝香、鹿皮等货物，从香山澳放洋，远赴日本，侨居长崎，在此期间郑芝龙得到了李旦的赏识（据说二人有龙阳之事），开始参与李旦集团的海贸业务。明末中日之间的直接贸易受到禁止，台湾和澎湖成为两国贸易的中转站，李旦是当时从事中日贸易的最大海商，那个时代的海商通常也兼为海盗。
十七世纪初，荷兰人就积极拓展对中国和日本的贸易，到了1622年（天启二年），荷兰逐渐成为海上霸主，取代了葡萄牙的香料垄断地位，在巴达维亚建立了亚洲贸易总部。当时荷兰东印度公司的总督是彼得逊·库恩，他的贸易构想是把美洲和日本的白银支付给印度的纺织工，把印尼群岛的香料、檀香、燕窝和其他热带产品，和大明的丝绸、瓷器交换。同时，他还想抢夺西班牙和葡萄牙在马尼拉和澳门的贸易，也就是用美洲和日本白银换取大明生丝和瓷器的贸易。
1622年7月，他派遣具有丰富作战经验的雷约兹（elis reijersz）率9艘船占据澎湖，并允许雷约兹和日本及明朝海盗合作，抢劫航行于厦门和马尼拉之间的商船，掳掠沿岸明朝百姓运到巴达维亚充当奴隶。
天启四年（1624）明朝增兵澎湖，准备歼灭或驱逐雷约兹，200艘战船和一万军士包围了荷兰人，双方对峙期间，荷兰人想到当时正在台南的李旦，于8月17日将他接到澎湖，在李旦的居中调解下，明荷双方达成口头协议，荷兰人于8月26日放弃澎湖，撤往台南建立贸易基地。
根据雷约兹和韦特（de witt）在1624年的书信显示，郑芝龙曾为荷兰人提供翻译服务，并奉荷兰人之命率帆船在海上劫夺大明与西班牙（马尼拉）之间的贸易商船。由此可见，这时的郑芝龙已经在大明、日本、西班牙、荷兰的多方较力之间崭露头角了。
郑芝龙曾赴日本骏府（今静冈县）晋谒已退隐的幕府将军德川秀忠，并敬献药品，德川秀忠是德川家康第三子，当时日本的实际统治者，他在长崎宾馆招待郑芝龙，赐赉优握，由此日本人视郑芝龙为光荣显赫人物，地方豪贵争相与之交游，称他为“老一官”。
平户藩是当时日本的对外贸易中心，各国商船云集，因郑芝龙熟悉海事，又善外交，被幕府看重，平户藩诸侯松浦氏为他在平户附近的河内浦千里滨（即今长崎县松浦郡千里滨）赐宅地建新居，并介绍家臣田川昱皇之女田川松与之联姻。
时田川氏年方十七，性情端淑，婚后于1624年8月27日（日本宽永元年，天启四年七月十四日）生长子郑森，即后来大名鼎鼎的郑成功，1629年（崇祯二年）生次子田川七左卫门（随母姓）。
在平户，郑芝龙结识了另一位日本华侨领袖颜思齐。颜思齐是福建漳州人，原是个裁缝，他生性豪爽，仗义疏财，身材魁梧，精熟武艺，万历三十一年（1603）因为杀了人，走投无路逃亡到日本。初到平户，颜思齐仍是干他的裁缝本行，但锥处囊中，自然会脱颖而出，没多久他又杀了一个日本武士，因此声名大噪，在华侨中树立了威望，还被日本地方官府任命为协调海上贸易纠纷的甲螺（头目之意）。
天启四年（1624）六月，也就是在田川氏生育郑成功之前一个月，颜思齐召集心腹骨干28人结拜盟誓，谋划推翻德川幕府统治，建立政权，接受明朝册封，郑芝龙便是其中最年轻的一员。
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